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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u72 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SPARTA oligomer with guide RNA and target DNA | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA / DNA / Argonaute / TIR / immune system / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
![]() | Malik, R. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nucleic acid mediated activation of a short prokaryotic Argonaute immune system. 著者: Jithesh Kottur / Radhika Malik / Aneel K Aggarwal / ![]() ![]() 要旨: A short prokaryotic Argonaute (pAgo) TIR-APAZ (SPARTA) defense system, activated by invading DNA to unleash its TIR domain for NAD(P) hydrolysis, was recently identified in bacteria. We report the ...A short prokaryotic Argonaute (pAgo) TIR-APAZ (SPARTA) defense system, activated by invading DNA to unleash its TIR domain for NAD(P) hydrolysis, was recently identified in bacteria. We report the crystal structure of SPARTA heterodimer in the absence of guide-RNA/target-ssDNA (2.66 Å) and a cryo-EM structure of the SPARTA oligomer (tetramer of heterodimers) bound to guide-RNA/target-ssDNA at nominal 3.15-3.35 Å resolution. The crystal structure provides a high-resolution view of SPARTA, revealing the APAZ domain as equivalent to the N, L1, and L2 regions of long pAgos and the MID domain containing a unique insertion (insert57). Cryo-EM structure reveals regions of the PIWI (loop10-9) and APAZ (helix αN) domains that reconfigure for nucleic-acid binding and decrypts regions/residues that reorganize to expose a positively charged pocket for higher-order assembly. The TIR domains amass in a parallel-strands arrangement for catalysis. We visualize SPARTA before and after RNA/ssDNA binding and uncover the basis of its active assembly leading to abortive infection. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 689.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 547.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 950 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 986.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 90.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 145.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41966MC ![]() 8u7bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 HDBFIECG
#3: タンパク質 | 分子量: 53256.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05660895_1670 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 58304.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05660895_1671 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 8分子 UMSXVNTY
#1: RNA鎖 | 分子量: 6812.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA鎖 | 分子量: 13703.841 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 61分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SPARTA complex with gRNA/tDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
EM embedding | Material: Vitreous ice |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.11 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238432 / 詳細: Composite cryo-EM map / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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