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万見
- PDB-8tvu: In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tvu
タイトルIn situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: head-to-tail protein complex at 3.0A resolution
要素
  • Peptidoglycan hydrolase gp4
  • Portal protein
キーワードVIRAL PROTEIN / phage / bacteriophage / portal protein / head-to-tail protein / gene product 1 (gp1) / gene product 4 (gp4 / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome packaging, headful / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / virion assembly / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Tail accessory factor GP4 / Phage P22-like portal protein / Peptidoglycan hydrolase Gp4 superfamily / P22 tail accessory factor / Phage P22-like portal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Peptidoglycan hydrolase gp4
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage P22 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Iglesias, S.M. / Cingolani, G. / Feng-Hou, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular Architecture of Salmonella Typhimurium Virus P22 Genome Ejection Machinery.
著者: Stephano M Iglesias / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Fenglin Li / Daniel P Yeggoni / Chun-Feng David Hou / Makayla N Leroux / Juliana R Cortines / Justin C Leavitt / Mary Bird / Sherwood R ...著者: Stephano M Iglesias / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Fenglin Li / Daniel P Yeggoni / Chun-Feng David Hou / Makayla N Leroux / Juliana R Cortines / Justin C Leavitt / Mary Bird / Sherwood R Casjens / Simon White / Carolyn M Teschke / Gino Cingolani /
要旨: Bacteriophage P22 is a prototypical member of the Podoviridae superfamily. Since its discovery in 1952, P22 has become a paradigm for phage transduction and a model for icosahedral viral capsid ...Bacteriophage P22 is a prototypical member of the Podoviridae superfamily. Since its discovery in 1952, P22 has become a paradigm for phage transduction and a model for icosahedral viral capsid assembly. Here, we describe the complete architecture of the P22 tail apparatus (gp1, gp4, gp10, gp9, and gp26) and the potential location and organization of P22 ejection proteins (gp7, gp20, and gp16), determined using cryo-EM localized reconstruction, genetic knockouts, and biochemical analysis. We found that the tail apparatus exists in two equivalent conformations, rotated by ∼6° relative to the capsid. Portal protomers make unique contacts with coat subunits in both conformations, explaining the 12:5 symmetry mismatch. The tail assembles around the hexameric tail hub (gp10), which folds into an interrupted β-propeller characterized by an apical insertion domain. The tail hub connects proximally to the dodecameric portal protein and head-to-tail adapter (gp4), distally to the trimeric tail needle (gp26), and laterally to six trimeric tailspikes (gp9) that attach asymmetrically to gp10 insertion domain. Cryo-EM analysis of P22 mutants lacking the ejection proteins gp7 or gp20 and biochemical analysis of purified recombinant proteins suggest that gp7 and gp20 form a molecular complex associated with the tail apparatus via the portal protein barrel. We identified a putative signal transduction pathway from the tailspike to the tail needle, mediated by three flexible loops in the tail hub, that explains how lipopolysaccharide (LPS) is sufficient to trigger the ejection of the P22 DNA in vitro.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Portal protein
a: Peptidoglycan hydrolase gp4
B: Portal protein
C: Peptidoglycan hydrolase gp4
D: Portal protein
E: Peptidoglycan hydrolase gp4
F: Portal protein
G: Peptidoglycan hydrolase gp4
H: Portal protein
I: Peptidoglycan hydrolase gp4
J: Portal protein
K: Peptidoglycan hydrolase gp4
L: Portal protein
M: Peptidoglycan hydrolase gp4
N: Portal protein
O: Peptidoglycan hydrolase gp4
P: Portal protein
Q: Peptidoglycan hydrolase gp4
R: Portal protein
S: Peptidoglycan hydrolase gp4
T: Portal protein
V: Peptidoglycan hydrolase gp4
W: Portal protein
X: Peptidoglycan hydrolase gp4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,210,49224
ポリマ－1,210,49224
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Portal protein


分子量: 82829.375 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella phage P22 (ファージ) / 参照: UniProt: P26744
#2: タンパク質
Peptidoglycan hydrolase gp4


分子量: 18044.959 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella phage P22 (ファージ) / 参照: UniProt: P26746

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Salmonella phage P22 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Salmonella enterica
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.08 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
10RELION3.1.2初期オイラー角割当
11RELION3.1.2最終オイラー角割当
12RELION3.1.2分類
13RELION3.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C12 (12回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38151 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00474340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.669100800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8889972
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04210908
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00513344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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