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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tpw | |||||||||||||||
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タイトル | Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in complex with antibody fragment 1B2: cis-oriented 1B2 and ACP | |||||||||||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / polyketide synthase / antibody | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||||||||
![]() | Cogan, D.P. / Soohoo, A.M. / Chen, M. / Brodsky, K.L. / Liu, Y. / Khosla, C. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Intermodular Communication in Assembly-Line Polyketide Biosynthesis 著者: Cogan, D.P. / Soohoo, A.M. / Chen, M. / Liu, Y. / Brodsky, K.L. / Khosla, C. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 491.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 356.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 71.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41495MC ![]() 8tjnC ![]() 8tjoC ![]() 8tjpC ![]() 8tkoC ![]() 8tpxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 186489.578 Da / 分子数: 3 断片: DEBS Module 3,DEBS Module 3,DEBS Module 3,DEBS Module 3 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: eryAII, eryA / プラスミド: pRSG34 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | | 分子量: 26447.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | | 分子量: 25715.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.42 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30 s glow, 10 s hold, 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.79 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10480 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 573745 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59205 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 6C9U Accession code: 6C9U / Source name: PDB / タイプ: experimental model |
精密化 | 交差検証法: NONE |