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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tpu | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / malaria / cryoET / in situ / Plasmodium falciparum / translation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs ...RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Aggrephagy / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anton, L. / Cheng, W. / Zhu, X. / Ho, C.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Divergent translational landscape reflects adaptation to biased codon usage in malaria parasites 著者: Anton, L. / Cheng, W. / Haile, M. / Cobb, D.W. / Zhu, X. / Han, L. / Li, E. / Nair, A. / Lee, C.L. / Ho, C.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tpu.cif.gz | 4.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tpu.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8tpu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tpu_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tpu_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tpu_validation.xml.gz | 290.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tpu_validation.cif.gz | 530.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/8tpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/8tpu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41485MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 S1S2S3S4SBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZ
+60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 S5S7ALA1A2A4A6A7ANA8A9AaAbAdAeAIAJAKAMASAOAQARAWAYATAZA3A5AD...
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 S6
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4925.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: O96269 |
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-RNA鎖 , 4種, 4分子 SAAAACAB
#8: RNA鎖 | 分子量: 669744.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: GenBank: 1013064538 |
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#34: RNA鎖 | 分子量: 1216212.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
#35: RNA鎖 | 分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: GenBank: 1162436939 |
#36: RNA鎖 | 分子量: 38410.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AfS8
#50: タンパク質 | 分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8ID50 |
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#79: タンパク質 | 分子量: 35726.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8IBA0 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 APAc
#51: タンパク質 | 分子量: 23985.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
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#56: タンパク質 | 分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 参照: UniProt: C0H4L5 |
-Large ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 AhAi
#52: タンパク質 | 分子量: 10755.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
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#53: タンパク質 | 分子量: 12065.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure タイプ: RIBOSOME 詳細: Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes Entity ID: #1-#4, #51-#75, #5-#8 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 2.93 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 500.24002 Å / B: 500.24002 Å / C: 500.24002 Å / 空間群名: C1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120226 / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 848 / Num. of volumes extracted: 129617 | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 136.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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