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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tag | ||||||
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タイトル | TMEM16F, with Calcium and PIP2, no inhibitor | ||||||
要素 | Anoctamin-6 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Calcium-activated / ion channels / lipid scramblases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bone mineralization involved in bone maturation / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / voltage-gated monoatomic ion channel activity / bleb assembly / Stimuli-sensing channels / positive regulation of phagocytosis, engulfment / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / chloride transport / phospholipid translocation / dendritic cell chemotaxis / chloride channel activity / chloride channel complex / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of bone mineralization / chloride transmembrane transport / Neutrophil degranulation / synaptic membrane / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, S. / Cheng, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Identification of a drug binding pocket in TMEM16F calcium-activated ion channel and lipid scramblase. 著者: Shengjie Feng / Cristina Puchades / Juyeon Ko / Hao Wu / Yifei Chen / Eric E Figueroa / Shuo Gu / Tina W Han / Brandon Ho / Tong Cheng / Junrui Li / Brian Shoichet / Yuh Nung Jan / Yifan Cheng / Lily Yeh Jan / 要旨: The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug ...The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug niclosamide to inhibit TMEM16F-dependent syncytia formation induced by SARS-CoV-2, we examined cryo-EM structures of TMEM16F with or without bound niclosamide or 1PBC, a known blocker of TMEM16A Ca-activated Cl channel. Here, we report evidence for a lipid scrambling pathway along a groove harboring a lipid trail outside the ion permeation pore. This groove contains the binding pocket for niclosamide and 1PBC. Mutations of two residues in this groove specifically affect lipid scrambling. Whereas mutations of some residues in the binding pocket of niclosamide and 1PBC reduce their inhibition of TMEM16F-mediated Ca influx and PS exposure, other mutations preferentially affect the ability of niclosamide and/or 1PBC to inhibit TMEM16F-mediated PS exposure, providing further support for separate pathways for ion permeation and lipid scrambling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tag.cif.gz | 493.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tag.ent.gz | 408.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tag_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tag_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tag_validation.xml.gz | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tag_validation.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tag | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41134MC 8sunC 8surC 8taiC 8talC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95924.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano6, Tmem16f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9J9 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 16F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 18000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 10000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32295 / 対称性のタイプ: POINT |