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万見
- PDB-8sun: TMEM16F 1PBC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sun
タイトルTMEM16F 1PBC
要素Anoctamin-6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ca2+-activated ion channels / lipid scramblases
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity / bone mineralization involved in bone maturation / intracellularly calcium-gated chloride channel activity ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity / bone mineralization involved in bone maturation / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / negative regulation of cell volume / voltage-gated monoatomic ion channel activity / bleb assembly / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Stimuli-sensing channels / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / chloride transport / dendritic cell chemotaxis / phospholipid translocation / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride channel complex / positive regulation of bone mineralization / Neutrophil degranulation / chloride transmembrane transport / establishment of localization in cell / synaptic membrane / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JRF / Anoctamin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Wu, H. / Feng, S. / Cheng, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Identification of a drug binding pocket in TMEM16F calcium-activated ion channel and lipid scramblase.
著者: Shengjie Feng / Cristina Puchades / Juyeon Ko / Hao Wu / Yifei Chen / Eric E Figueroa / Shuo Gu / Tina W Han / Brandon Ho / Tong Cheng / Junrui Li / Brian Shoichet / Yuh Nung Jan / Yifan Cheng / Lily Yeh Jan /
要旨: The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug ...The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug niclosamide to inhibit TMEM16F-dependent syncytia formation induced by SARS-CoV-2, we examined cryo-EM structures of TMEM16F with or without bound niclosamide or 1PBC, a known blocker of TMEM16A Ca-activated Cl channel. Here, we report evidence for a lipid scrambling pathway along a groove harboring a lipid trail outside the ion permeation pore. This groove contains the binding pocket for niclosamide and 1PBC. Mutations of two residues in this groove specifically affect lipid scrambling. Whereas mutations of some residues in the binding pocket of niclosamide and 1PBC reduce their inhibition of TMEM16F-mediated Ca influx and PS exposure, other mutations preferentially affect the ability of niclosamide and/or 1PBC to inhibit TMEM16F-mediated PS exposure, providing further support for separate pathways for ion permeation and lipid scrambling.
履歴
登録2023年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details ...em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anoctamin-6
B: Anoctamin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,57412
ポリマ－191,8502
非ポリマー1,72510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Anoctamin-6 / Small-conductance calcium-activated nonselective cation channel / SCAN channel / Transmembrane protein 16F


分子量: 95924.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano6, Tmem16f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9J9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-JRF / 1-Hydroxy-3-(trifluoromethyl)pyrido[1,2-a]benzimidazole-4-carbonitrile / 1-Hydroxy-3-trifluoromethyl-benzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyridine-4-carbonitrile


分子量: 277.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H6F3N3O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 16F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo (哺乳類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 粒子像の数: 186223 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.12 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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