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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t4y | |||||||||
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タイトル | Human HCN1 F186C S264C C309A bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL | |||||||||
要素 | Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ion Channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / regulation of membrane depolarization / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity ...intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / HCN channels / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / regulation of membrane depolarization / apical protein localization / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / presynaptic active zone membrane / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / axon / glutamatergic synapse / dendrite / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Burtscher, V. / Mount, J. / Cowgill, J. / Chang, Y. / Bickel, K. / Yuan, P. / Chanda, B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for hyperpolarization-dependent opening of human HCN1 channel. 著者: Verena Burtscher / Jonathan Mount / Jian Huang / John Cowgill / Yongchang Chang / Kathleen Bickel / Jianhan Chen / Peng Yuan / Baron Chanda / 要旨: Hyperpolarization and cyclic nucleotide (HCN) activated ion channels are critical for the automaticity of action potentials in pacemaking and rhythmic electrical circuits in the human body. Unlike ...Hyperpolarization and cyclic nucleotide (HCN) activated ion channels are critical for the automaticity of action potentials in pacemaking and rhythmic electrical circuits in the human body. Unlike most voltage-gated ion channels, the HCN and related plant ion channels activate upon membrane hyperpolarization. Although functional studies have identified residues in the interface between the voltage-sensing and pore domain as crucial for inverted electromechanical coupling, the structural mechanisms for this unusual voltage-dependence remain unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human HCN1 corresponding to Closed, Open, and a putative Intermediate state. Our structures reveal that the downward motion of the gating charges past the charge transfer center is accompanied by concomitant unwinding of the inner end of the S4 and S5 helices, disrupting the tight gating interface observed in the Closed state structure. This helix-coil transition at the intracellular gating interface accompanies a concerted iris-like dilation of the pore helices and underlies the reversed voltage dependence of HCN channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t4y.cif.gz | 351.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t4y.ent.gz | 253.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t4y_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t4y_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t4y_validation.xml.gz | 61.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t4y_validation.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t4y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41040MC 8t4mC 8t50C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98839.758 Da / 分子数: 4 / 変異: F186C, S264C, C309A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCN1, BCNG1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60741 #2: 化合物 | ChemComp-CMP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human HCN1 Channel / タイプ: COMPLEX / 詳細: Homomeric Tetramer / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 167527 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122422 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8T4M Accession code: 8T4M / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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