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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8so3 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOSUPPRESSANT / Lymphocyte activation gene 3 protein / favezelimab-LAG3 complex / cryoEM / Single particle reconstruction. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell activation / MHC class II antigen presentation / antigen binding / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, A.K. / Shahid, S. / Karade, S.S. / Mariuzza, R.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 determined using a bivalent Fab as fiducial marker. 著者: Arjun K Mishra / Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / Pragati Agnihotri / Alexander Kolesnikov / S Saif Hasan / Roy A Mariuzza / 要旨: Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 ...Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 antibodies in clinical trials. However, there is no structural information on the epitopes recognized by these antibodies. We determined the single-particle cryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to LAG3 to 3.5 Å resolution, revealing that favezelimab targets the LAG3-binding site for MHC class II, its canonical ligand. The small size of the complex between the conventional (monovalent) Fab of favezelimab and LAG3 (∼100 kDa) presented a challenge for cryoEM. Accordingly, we engineered a bivalent version of Fab favezelimab that doubled the size of the Fab-LAG3 complex and conferred a highly identifiable shape to the complex that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study establishes bivalent Fabs as new fiducial markers for cryoEM analysis of small proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8so3.cif.gz | 377.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8so3.ent.gz | 299.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8so3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8so3_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8so3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8so3_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8so3_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8so3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8so3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57508.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAG3, FDC / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18627 #2: 抗体 | 分子量: 27245.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 25915.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi-HEK293 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 3.2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9508 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171144 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7TZG PDB chain-ID: C / Accession code: 7TZG / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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