+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s4g | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to co-activator Cdh1 at 3.2 Angstrom resolution | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | CELL CYCLE / APC/C / cyclosome / Cdc20 / Cdh1 / ubiquitination / Emi1 / mitosis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of biomineral tissue development / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...negative regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of biomineral tissue development / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / vesicle organization / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / lens fiber cell differentiation / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / spindle assembly involved in female meiosis I / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / meiotic spindle / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / oocyte maturation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic nuclear division / mitotic metaphase chromosome alignment / molecular function inhibitor activity / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / microtubule polymerization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of cellular senescence / cullin family protein binding / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin ligase inhibitor activity / Transcriptional Regulation by VENTX / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of osteoblast differentiation / heterochromatin / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / nervous system development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / nuclear membrane / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein ubiquitination / cell division / negative regulation of gene expression / DNA repair / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / protein kinase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoefler, A. / Yu, J. / Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Boland, A. / Barford, D. | |||||||||
資金援助 | スイス, 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: New structural features of the APC/C revealed by high resolution cryo-EM structures of apo-APC/C and the APC/C-CDH1-EMI1 complex 著者: Hoefler, A. / Yu, J. / Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Boland, A. / Barford, D. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s4g.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8s4g.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4g | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 LDANIOGWMHYZC
#1: タンパク質 | 分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006 | ||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4 | ||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6 | ||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 93014.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5 | ||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4 | ||||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8 #10: タンパク質 | | 分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18 #11: タンパク質 | | 分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5 #13: タンパク質 | 分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3 #16: タンパク質 | | 分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 SR
#7: タンパク質 | 分子量: 50227.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXO5, EMI1, FBX5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKT4 |
---|---|
#15: タンパク質 | 分子量: 55253.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZR1, CDH1, FYR, FZR, KIAA1242 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM11 |
-Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 KQJPUV
#8: タンパク質 | 分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042 #12: タンパク質 | 分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260 #14: タンパク質 | 分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2 |
---|
-非ポリマー , 1種, 6分子
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anaphase-promoting complex (APC/C) bound to co-activator Cdh1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 1.2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 8297 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1800000 / 詳細: The particles were automatically selected | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54395 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 80 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4UI9 Accession code: 4UI9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |