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万見
- PDB-8r7l: Cryo-EM structure of the human TREX complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7l
タイトルCryo-EM structure of the human TREX complex
要素
  • Spliceosome RNA helicase DDX39B
  • THO complex subunit 1
  • THO complex subunit 2
  • THO complex subunit 3
  • THO complex subunit 4
キーワードGENE REGULATION / mRNA export
機能・相同性
機能・相同性情報


THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / U4 snRNA binding / ATP-dependent protein binding / RNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / stem cell division / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / blastocyst development / U6 snRNA binding / neuron development / mRNA export from nucleus / RHOBTB2 GTPase cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / mRNA processing / cell morphogenesis / osteoblast differentiation / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear speck / RNA helicase / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
THOC3 beta-propeller domain / Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / : / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 ...THOC3 beta-propeller domain / Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / : / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / G-protein beta WD-40 repeat / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Spliceosome RNA helicase DDX39B / THO complex subunit 4 / THO complex subunit 2 / THO complex subunit 1 / THO complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Hohmann, U. / Pacheco-Fiallos, B. / Plaschka, C.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)949081European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission896416European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF_1175-2019European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A molecular switch orchestrates the export of human messenger RNA
著者: Hohmann, U. / Pacheco-Fiallos, B. / Brennecke, J. / Plaschka, C.
履歴
登録2023年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Spliceosome RNA helicase DDX39B
A: THO complex subunit 1
B: THO complex subunit 2
C: THO complex subunit 3
D: THO complex subunit 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,9475
ポリマ－365,9475
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Spliceosome RNA helicase DDX39B / 56 kDa U2AF65-associated protein / ATP-dependent RNA helicase p47 / DEAD box protein UAP56 / HLA-B- ...56 kDa U2AF65-associated protein / ATP-dependent RNA helicase p47 / DEAD box protein UAP56 / HLA-B-associated transcript 1 protein


分子量: 49056.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX39B, BAT1, UAP56 / プラスミド: plasmid 006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13838, RNA helicase
#2: タンパク質 THO complex subunit 1 / Tho1 / Nuclear matrix protein p84 / p84N5 / hTREX84


分子量: 75752.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC1, HPR1 / プラスミド: CP009 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96FV9
#3: タンパク質 THO complex subunit 2 / Tho2 / hTREX120


分子量: 183087.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC2, CXorf3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NI27
#4: タンパク質 THO complex subunit 3 / Tho3 / TEX1 homolog / hTREX45


分子量: 38817.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96J01
#5: タンパク質 THO complex subunit 4 / Tho4 / Ally of AML-1 and LEF-1 / Aly/REF export factor / Transcriptional coactivator Aly/REF / bZIP- ...Tho4 / Ally of AML-1 and LEF-1 / Aly/REF export factor / Transcriptional coactivator Aly/REF / bZIP-enhancing factor BEF


分子量: 19233.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALYREF, ALY, BEF, THOC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V81
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human TREX complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 39 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204147 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00815247
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.61420581
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.4931989
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0832322
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0122619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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