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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ppk
タイトルBat-Hp-CoV Nsp1 and eIF1 bound to the human 40S small ribosomal subunit
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 28
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 3
  • 18S rRNA
  • 60S ribosomal protein L41
  • Eukaryotic translation initiation factor 1
  • Nsp1
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
キーワードTRANSLATION / Nsp1 / MERS / SARS / SARS-CoV2 / ribosome / 40S ribosomal subunit / translation inhibition / coronavirus / 43S PIC / 43S pre-initiation complex / mRNA channel / initiation factor / eIF2 / eIF3 / eIF1 / eIF1A / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / : / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / : / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / eukaryotic 48S preinitiation complex / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / : / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of translational initiation / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / pigmentation / organelle membrane / mammalian oogenesis stage / positive regulation of mitochondrial depolarization / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / Protein hydroxylation / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / monocyte chemotaxis / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / phagocytic cup / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / ribosomal small subunit binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / host cell membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / erythrocyte development / Protein methylation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation regulator activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of cell cycle / signaling adaptor activity / cytosolic ribosome / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / AAA domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI ...Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / AAA domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ORF1ab polyprotein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ORF1ab polyprotein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schubert, K. / Karousis, E.D. / Ban, I. / Lapointe, C.P. / Leibundgut, M. / Baeumlin, E. / Kummerant, E. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ziegelmueller, J. ...Schubert, K. / Karousis, E.D. / Ban, I. / Lapointe, C.P. / Leibundgut, M. / Baeumlin, E. / Kummerant, E. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ziegelmueller, J. / Puglisi, J.D. / Muehlemann, O. / Ban, N.
資金援助 スイス, 米国, 13件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation182341 スイス
Swiss National Science Foundation182831 スイス
Swiss National Science Foundation204161 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40-182880 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40--205601 スイス
Other governmentETH-23 18-2 スイス
Other government スイス
Other private スイス
Other private スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM011378 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145306 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG064690 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM144678 米国
引用
ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Universal features of Nsp1-mediated translational shutdown by coronaviruses.
著者: Katharina Schubert / Evangelos D Karousis / Ivo Ban / Christopher P Lapointe / Marc Leibundgut / Emilie Bäumlin / Eric Kummerant / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Jana Ziegelmüller / ...著者: Katharina Schubert / Evangelos D Karousis / Ivo Ban / Christopher P Lapointe / Marc Leibundgut / Emilie Bäumlin / Eric Kummerant / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Jana Ziegelmüller / Joseph D Puglisi / Oliver Mühlemann / Nenad Ban /
要旨: Nonstructural protein 1 (Nsp1) produced by coronaviruses inhibits host protein synthesis. The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Nsp1 C-terminal domain was shown to bind the ...Nonstructural protein 1 (Nsp1) produced by coronaviruses inhibits host protein synthesis. The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Nsp1 C-terminal domain was shown to bind the ribosomal mRNA channel to inhibit translation, but it is unclear whether this mechanism is broadly used by coronaviruses, whether the Nsp1 N-terminal domain binds the ribosome, or how Nsp1 allows viral RNAs to be translated. Here, we investigated Nsp1 from SARS-CoV-2, Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV), and Bat-Hp-CoV coronaviruses using structural, biophysical, and biochemical experiments, revealing a conserved role for the C-terminal domain. Additionally, the N-terminal domain of Bat-Hp-CoV Nsp1 binds to the decoding center of the 40S subunit, where it would prevent mRNA and eIF1A accommodation. Structure-based experiments demonstrated the importance of decoding center interactions in all three coronaviruses and showed that the same regions of Nsp1 are necessary for the selective translation of viral RNAs. Our results provide a mechanistic framework to understand how Nsp1 controls preferential translation of viral RNAs.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Universal features of Nsp1-mediated translational shutdown by coronaviruses
著者: Schubert, K. / Karousis, E.D. / Ban, I. / Lapointe, C.P. / Leibundgut, M. / Baeumlin, E. / Kummerant, E. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ziegelmueller, J. / Puglisi, J.D. / Muehlemann, O. / Ban, N.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
p: Eukaryotic translation initiation factor 1
2: 18S rRNA
A: 40S ribosomal protein SA
B: 40S ribosomal protein S3a
C: 40S ribosomal protein S2
D: 40S ribosomal protein S3
E: 40S ribosomal protein S4, X isoform
F: 40S ribosomal protein S5
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: 40S ribosomal protein S9
K: 40S ribosomal protein S10
L: 40S ribosomal protein S11
M: 40S ribosomal protein S12
N: 40S ribosomal protein S13
O: 40S ribosomal protein S14
P: 40S ribosomal protein S15
Q: 40S ribosomal protein S16
R: 40S ribosomal protein S17
S: Small ribosomal subunit protein uS13
T: Small ribosomal subunit protein eS19
U: 40S ribosomal protein S20
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S15a
X: 40S ribosomal protein S23
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S25
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: Small ribosomal subunit protein eS30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: Receptor of activated protein C kinase 1
h: 60S ribosomal protein L41
j: Nsp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,271,012268
ポリマ－1,268,11837
非ポリマー2,894231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 pfgj

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1 / eIF1 / A121 / Protein translation factor SUI1 homolog / Sui1iso1


分子量: 12752.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF1, SUI1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P41567
#34: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 1-76: ubiquitin zinc finger protein / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62979
#35: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P63244
#37: タンパク質 Nsp1


分子量: 21172.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-174 of Bat-Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013 polyprotein ORF1ab
由来: (組換発現) Bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013 (ウイルス)
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A0A088DIE1

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40S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRUVWXYZabcd

#3: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 32925.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S2: acetylserine (SAC) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P08865
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P61247
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P15880
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62701
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P46782
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62753
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62081
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62241
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P46781
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P46783
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62280
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P25398
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62277
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: D138: isoaspartate (IAS) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62263
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62841
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62249
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P08708
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9166.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: M1: acetylmethionine (AME) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P63220
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62244
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P62: hydroxyproline (HY3) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: A0A4W2DI10
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62847
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62851
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: zinc finger protein / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62854
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P42677
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62857
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: zinc finger protein / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62273

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Small ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 STe

#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S2: acetylserine (SAC) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62269
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: R67: omega-methylarginine (NMM) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P39019
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 14415.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 1-74: ubiquitin / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62861

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RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 2h

#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603609.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: unmodified rRNA sequence: >18S_rRNA_taoka_unmodified UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUaUGCUUGuCuCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUA AGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAuGGCUCaUUAAAuCAGuUAUGGUuCCuU ...詳細: unmodified rRNA sequence: >18S_rRNA_taoka_unmodified UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUaUGCUUGuCuCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUA AGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAuGGCUCaUUAAAuCAGuUAUGGUuCCuU uGGUCGCUCGCUCCUCUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAaUUCUAGaGCUAAuAcAUGCCG ACGGGCGCUGACCCCCUUCGCGGGGGGGAuGCGUGCAuUUAUCAGAUCAAAACCAACCCG GUCAGCCCCUCUCCGGCCCCGGCCGGGGGGCGGGCGCCGGCGGCUUUGGUGACUCuAGAU AACCUCGGGCCGAUCGCACGCCCCCCGUGGCGGCGACGACCCAUUCGAACGUCuGCCCUA UCAACUUUCGAUGGUAGUCGCCGUGCCUACCAUGGUGACCACGGGuGACGGGGAAUCAGG GUUCGAUuCCGGAGAgGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUcCAAGGaAGGCAGCAGGCG CGCaAAUUACCCACUCCCGACCCGGGGAgGUaGUGAcGAAAAAUAACAAUACAGGACUCU UUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUCCACUuUAAaUCCUUUAACGAGGaUCCAUUGGAG gGCAAGUCuGGUGCCAGCAGcCGCGGuAAUUCCAGCUCCAAUAgCGUAuAuUAAAGUUGC UGCAGUUaAAAAGCUCGUAGuUgGAuCUUGGGAGCGGGCGGGCGGUCCGCCGCGAGGCGA GCCACCGCCCGUCCCCGCCCCUUGCCUCUCGGCGCCCCCUCGAUGCUCUUAGCUGAGUGU CCCGCGGGGCCCGAAGcGuUuACUUUGAAAAAAuuAGAGUGuUCAAAGCAGGCCCGAGCC GCCUGGAUACCGCAGCUAGGAAuAAugGAAUAGGACCGCGGUUCUAUUUUGUUGGUuUUC GGAACUGAGGCCAUGAUuAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGCGCCGCUAGAGGU GAAAUuCUUGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCAUUuGCCAAGAAUGUUUUCA UUAAUCAAGAaCGAAAGUCGGAGGuuCGAAGACGAuCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCA uAAACGAUGCCGACCGGCGAUGCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGGGCAGCuUCCG GGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAuGGuUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAA UUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCuGCGGCuUAAUUuGACuCAACACGGGAAA CCUCACCCGGCcCGGACACGGACAGGAuUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCCGUG GGUGGuGgUGCAUGGCcGUUCUUAGUuGGUGGAGCGAUUUGUCUGGuUAAUUCCGAUAAC GAaCGAGACUcUGGCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGAGCGGUCGGCGUCCCCCAAC UuCUuAgAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACCCGAGAUUGAGCAAUAACAgGUCUGUGAUG CCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACUGGCUCAGCGUGUGCCUACCCU ACGCCGGCAGGCGCGGGUAACCCGUUGAACCCCAUUCGUGAUGGGGAUCGGGGAUUGCAA UUAUuCCCCAUGAACGAGgAAUuCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUuGCGUUGAUUaAG UCCCUGCCCUUuGUACACACCGcCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCC UCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGA ACUuGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAaCAAGGUUUCcGUAGGUGaaCCUGCGGAA GGAUCAUUA
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E
#36: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: large subunit protein associated with small subunit / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293E / 参照: UniProt: P62945

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非ポリマー , 3種, 231分子

#38: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 117 / 由来タイプ: 合成
#39: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bat-Hp-CoV Nsp1 - eIF1 - 40S complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#37 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHEPES-KOH1
2100 mMKOAc1
310 mMMg(OAc)21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: f.c. 80 nM
試料支持詳細: 15 mA easiGlow Discharge cleaning system (PELCO) / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 12607

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7Coot0.9.8.5モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98750 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refine
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-ID
16ZOK

6zok

6ZOK40S body1
26ZOL

6zol

6ZOL40S head2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00284487
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.409122520
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.28237709
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0315025
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0038979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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