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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pix | |||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of the type 3C polymorph of alpha-synuclein at low pH. | |||||||||
要素 | Alpha-synuclein | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / polymorphism | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of transporter activity / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / regulation of norepinephrine uptake / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of locomotion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / regulation of macrophage activation / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / positive regulation of receptor recycling / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / response to type II interferon / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of endocytosis / kinesin binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to magnesium ion / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / phospholipid metabolic process / supramolecular fiber organization / axon terminus / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / inclusion body / fatty acid metabolic process / cellular response to copper ion / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / adult locomotory behavior / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / long-term synaptic potentiation / phosphoprotein binding / protein tetramerization / regulation of transmembrane transporter activity / synapse organization / microglial cell activation / negative regulation of protein kinase activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / protein destabilization / ferrous iron binding / tau protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / PKR-mediated signaling / receptor internalization / phospholipid binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin cytoskeleton / actin binding / cellular response to oxidative stress / histone binding / cell cortex / growth cone / chemical synaptic transmission / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription cis-regulatory region binding / postsynapse / amyloid fibril formation / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / oxidoreductase activity / lysosome / response to xenobiotic stimulus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Frey, L. / Qureshi, B.M. / Kwiatkowski, W. / Rhyner, D. / Greenwald, J. / Riek, R. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: On the pH-dependence of alpha-synuclein amyloid polymorphism and the role of secondary nucleation in seed-based amyloid propagation 著者: Frey, L. / Ghosh, D. / Qureshi, B.M. / Rhyner, D. / Pokharna, A. / Guerrero-Ferreira, R. / Kwiatkowski, W. / Serdiuk, T. / Picotti, P. / Riek, R. / Greenwald, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pix.cif.gz | 150.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pix.ent.gz | 95.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pix_validation.pdf.gz | 997.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pix_full_validation.pdf.gz | 997.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pix_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pix_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pix | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17693MC 8pjoC 8pk2C 8pk4C 9fypC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14476.108 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: alpha-synuclein amyloid fibril / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 5.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 3127 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -0.995 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.772 Å / らせん対称軸の対称性: C2 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28022 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |