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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p4o | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of a GroEL7-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx | ||||||
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![]() | CHAPERONE / Chaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / potassium ion binding ...methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / potassium ion binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / one-carbon metabolic process / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
![]() | Wagner, J. / Beck, F. / Bracher, A. / Caravajal, A.I. / Wan, W. / Bohn, S. / Koerner, R. / Baumeister, W. / Fernandez-Busnadiego, R. / Hartl, F.U. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Visualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography 著者: Wagner, J. / Caravajal, A.I. / Beck, F. / Bracher, A. / Wan, W. / Bohn, S. / Koerner, R. / Baumeister, W. / Fernandez-Busnadiego, R. / Hartl, F.U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 772.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 622.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 124.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 187.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17421MC ![]() 8p4mC ![]() 8p4nC ![]() 8p4pC ![]() 8p4rC ![]() 8qxsC ![]() 8qxtC ![]() 8qxuC ![]() 8qxvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 15分子 ABCDEFGOPQRSTU1
#1: タンパク質 | 分子量: 57260.504 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 41998.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 49分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-BEF / #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: GroEL14-GroES14-MetK2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: with bound ADP-BeF3 Mg2+ K+ / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.03 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 5.9 mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside were added before vitrification |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 454545 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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