[日本語] English

万見

- PDB-8oir: 55S human mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA -

+
データを開く

-
基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oir

タイトル

55S human mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA

要素

(28S ribosomal protein ...) x 27
(39S ribosomal protein ...) x 48
12S rRNA
16S rRNA
Aurora kinase A-interacting protein
CP Val-tRNA(Val)
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
E-site tRNA
Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
Large ribosomal subunit protein mL43
P-site Met-tRNA(Met)
Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
Peptide chain release factor 1, mitochondrial
Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
Ribosomal protein 63, mitochondrial
mRNA

キーワード

RIBOSOME / human mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon

機能・相同性

機能・相同性情報

translation release factor activity / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific ...translation release factor activity / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / double-stranded RNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cell population proliferation / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / cell cycle / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

Ribosomal protein L1, mitochondrial / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / 28S ribosomal protein S26 / PCRF domain / Mitochondrial ribosome subunit S26 / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / PPR repeat family / Peptide chain release factor class I superfamily ...Ribosomal protein L1, mitochondrial / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / 28S ribosomal protein S26 / PCRF domain / Mitochondrial ribosome subunit S26 / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / PPR repeat family / Peptide chain release factor class I superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性

ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / METHIONINE / VALINE / : / : / : / RNA ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / METHIONINE / VALINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Peptide chain release factor 1, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL12m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein uL1m / Small ribosomal subunit protein mS26 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40 / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Saurer, M. / Leibundgut, M. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ban, N.

資金援助

スイス, European Union, 3件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / ...
要旨: The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...

履歴

登録	2023年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.1	2024年4月24日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order
改定 3.0	2024年6月26日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code / _struct_ref_seq.seq_align_beg

-
構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oir.cif.gz	4.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oir.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oir_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oir_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8oir_validation.xml.gz	386.3 KB	表示
CIF形式データ	8oir_validation.cif.gz	640.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16897MC 16894C 16895C 16896C 16898C 16899C 8oinC 8oipC 8oiqC 8oisC 8oitC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (17) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (18) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (12) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (4) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (4) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (14) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (6) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (5) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (17)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (6)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (18)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (12)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (4)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (4)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (3)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (14)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (4)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (2)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (6)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (5)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#5 - 2000年5月
シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

B1: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B2: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B3: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B4: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B5: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B6: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial

B7: E-site tRNA

B8: 16S rRNA

B9: CP Val-tRNA(Val)

BA: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial

BB: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial

BC: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial

BD: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial

BE: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial

BF: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial

BG: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial

BH: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial

BI: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial

BJ: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial

BK: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial

BL: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial

BM: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial

BN: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial

BO: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial

BP: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial

BQ: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial

BR: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial

BS: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial

BT: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial

BU: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial

BV: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial

BW: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial

BX: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial

BY: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial

BZ: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial

Ba: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial

Bb: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial

Bc: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial

Bd: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial

Be: Ribosomal protein 63, mitochondrial

Bf: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial

Bg: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1

Bh: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial

Bi: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial

Bj: 39S ribosomal protein L1, mitochondrial

Bl: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial

Bm: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial

Bn: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial

Bo: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial

Bp: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial

Bq: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial

Br: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial

Bs: Large ribosomal subunit protein mL43

Bt: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial

Bu: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial

Bv: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial

Bw: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial

Bx: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial

By: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial

Bz: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial

AA: 12S rRNA

AB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial

AC: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

AD: Aurora kinase A-interacting protein

AE: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial

AF: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

AG: P-site Met-tRNA(Met)

AH: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial

AI: mRNA

AJ: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial

AK: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

AL: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

AM: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

AN: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial

AO: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

AP: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial

AQ: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

AR: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial

AS: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial

AT: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial

AU: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial

AV: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial

AW: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

AX: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial

AY: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

AZ: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial

Aa: Peptide chain release factor 1, mitochondrial

Ab: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

Ac: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1

Ad: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial

Ae: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial

Ag: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

Ai: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial

Aj: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial

ヘテロ分子

3.15 MDa, 94 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 B1B2B3B4B5B6BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX...

#1: タンパク質	39S ribosomal protein L12, mitochondrial / L12mt / MRP-L12 / 5c5-2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL12m 分子量: 21378.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P52815
#5: タンパク質	39S ribosomal protein L22, mitochondrial / L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ...L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m 分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NWU5
#6: タンパク質	39S ribosomal protein L23, mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein ...L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like 分子量: 17849.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q16540
#7: タンパク質	39S ribosomal protein L24, mitochondrial / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m 分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96A35
#8: タンパク質	39S ribosomal protein L27, mitochondrial / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m 分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9P0M9
#9: タンパク質	39S ribosomal protein L28, mitochondrial / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m 分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q13084
#10: タンパク質	39S ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1 分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9HD33
#11: タンパク質	39S ribosomal protein L30, mitochondrial / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m 分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q8TCC3
#12: タンパク質	39S ribosomal protein L32, mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m 分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYC8
#13: タンパク質	39S ribosomal protein L33, mitochondrial / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m 分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O75394
#14: タンパク質	39S ribosomal protein L34, mitochondrial / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m 分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BQ48
#15: タンパク質	39S ribosomal protein L35, mitochondrial / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m 分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NZE8
#16: タンパク質	39S ribosomal protein L2, mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m 分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q5T653
#17: タンパク質	39S ribosomal protein L3, mitochondrial / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m 分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P09001
#18: タンパク質	39S ribosomal protein L4, mitochondrial / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m 分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYD3
#19: タンパク質	39S ribosomal protein L9, mitochondrial / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m 分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYD2
#20: タンパク質	39S ribosomal protein L10, mitochondrial / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m 分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#21: タンパク質	39S ribosomal protein L11, mitochondrial / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m 分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#22: タンパク質	39S ribosomal protein L13, mitochondrial / L13mt / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m 分子量: 20765.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYD1
#23: タンパク質	39S ribosomal protein L14, mitochondrial / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m 分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q6P1L8
#24: タンパク質	39S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m 分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9P015
#25: タンパク質	39S ribosomal protein L16, mitochondrial / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m 分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NX20
#26: タンパク質	39S ribosomal protein L17, mitochondrial / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m 分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NRX2
#27: タンパク質	39S ribosomal protein L18, mitochondrial / L18mt / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m 分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9H0U6
#28: タンパク質	39S ribosomal protein L19, mitochondrial / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m 分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P49406
#29: タンパク質	39S ribosomal protein L20, mitochondrial / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m 分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYC9
#30: タンパク質	39S ribosomal protein L21, mitochondrial / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m 分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#31: タンパク質	39S ribosomal protein L52, mitochondrial / L52mt / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52 分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q86TS9
#32: タンパク質	39S ribosomal protein L53, mitochondrial / L53mt / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53 分子量: 12167.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96EL3
#33: タンパク質	39S ribosomal protein L54, mitochondrial / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54 分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q6P161
#34: タンパク質	39S ribosomal protein L55, mitochondrial / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55 分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#38: タンパク質	39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal ...S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66 分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NVS2
#39: タンパク質	39S ribosomal protein S30, mitochondrial / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9 分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NP92
#40: タンパク質	39S ribosomal protein L1, mitochondrial / L1mt / MRP-L1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL1m 分子量: 36967.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYD6
#41: タンパク質	39S ribosomal protein L36, mitochondrial / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL36m 分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9P0J6
#42: タンパク質	39S ribosomal protein L37, mitochondrial / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37 分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BZE1
#43: タンパク質	39S ribosomal protein L38, mitochondrial / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38 分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96DV4
#44: タンパク質	39S ribosomal protein L39, mitochondrial / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39 分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NYK5
#45: タンパク質	39S ribosomal protein L40, mitochondrial / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal- ...MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis 分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NQ50
#46: タンパク質	39S ribosomal protein L41, mitochondrial / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 ...MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41 分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q8IXM3
#47: タンパク質	39S ribosomal protein L42, mitochondrial / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42 分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#49: タンパク質	39S ribosomal protein L44, mitochondrial / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44 分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA 参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#50: タンパク質	39S ribosomal protein L45, mitochondrial / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45 分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#51: タンパク質	39S ribosomal protein L46, mitochondrial / MRP-L46 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL46 / P2ECSL 分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9H2W6
#52: タンパク質	39S ribosomal protein L48, mitochondrial / L48mt / MRP-L48 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL48 分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96GC5
#53: タンパク質	39S ribosomal protein L49, mitochondrial / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1 分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q13405
#54: タンパク質	39S ribosomal protein L50, mitochondrial / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50 分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q8N5N7
#55: タンパク質	39S ribosomal protein L51, mitochondrial / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64 分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q4U2R6

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B7B8B9AAAGAI

#2: RNA鎖	E-site tRNA 分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA
#3: RNA鎖	16S rRNA 分子量: 500727.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 added 3' GU (encoded on genome but not annotated as part of the 16S rRNA), N1437>U as in MT079070.1 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: 1563835895
#4: RNA鎖	CP Val-tRNA(Val) 分子量: 22989.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 + aminoacylated CCA-end 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: NC_012920.1
#56: RNA鎖	12S rRNA 分子量: 306547.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 + one C at 3'-end (encoded but not annotated as part of the sequence), a A103>G and A791>G as found in e.g. GenBank: OM714795.1 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: OM714795.1
#62: RNA鎖	P-site Met-tRNA(Met) 分子量: 22692.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 + aminoacylated CCA-end 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: NC_012920.1
#64: RNA鎖	mRNA 分子量: 7329.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence as observed in the cryo-EM density map. / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA

-
タンパク質 , 8種, 8分子 BeBfBgBsADAaAcAe

#35: タンパク質	Ribosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BQC6
#36: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#37: タンパク質	Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q8TAE8
#48: タンパク質	Large ribosomal subunit protein mL43 / 39S ribosomal protein L43 / mitochondrial / L43mt / MRP-L43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a 分子量: 23352.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q8N983
#59: タンパク質	Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial ...AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NWT8
#82: タンパク質	Peptide chain release factor 1, mitochondrial / MRF-1 / MtRF-1 分子量: 56258.391 Da / 分子数: 1 / Mutation: 311GGQ313 > AAQ / 由来タイプ: 組換発現詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), containing a 311GGQ>AAQ mutation, a C-terminal linker (GGSGGSGGSGGSGGSGG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) ...詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), containing a 311GGQ>AAQ mutation, a C-terminal linker (GGSGGSGGSGGSGGSGG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTRF1 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75570
#84: タンパク質	Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS37 / Nuclear protein C2360 分子量: 13540.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96BP2
#86: タンパク質	Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS39 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15 分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96EY7

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAFAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAbAdAgAiAj

#57: タンパク質	28S ribosomal protein S35, mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ...MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35 分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82673
#58: タンパク質	28S ribosomal protein S24, mitochondrial / MRP-S24 / S24mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m / bMRP-47 / bMRP47 分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96EL2
#60: タンパク質	28S ribosomal protein S6, mitochondrial / MRP-S6 / S6mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m 分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82932
#61: タンパク質	28S ribosomal protein S7, mitochondrial / MRP-S7 / S7mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m / bMRP-27a / bMRP27a 分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#63: タンパク質	28S ribosomal protein S10, mitochondrial / MRP-S10 / S10mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m 分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82664
#65: タンパク質	28S ribosomal protein S12, mitochondrial / MRP-S12 / S12mt / MT-RPS12 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m 分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O15235
#66: タンパク質	28S ribosomal protein S14, mitochondrial / MRP-S14 / S14mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m 分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O60783
#67: タンパク質	28S ribosomal protein S15, mitochondrial / MRP-S15 / S15mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m 分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82914
#68: タンパク質	28S ribosomal protein S16, mitochondrial / MRP-S16 / S16mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m 分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#69: タンパク質	28S ribosomal protein S17, mitochondrial / MRP-S17 / S17mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m 分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#70: タンパク質	28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / ...MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18b / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS40 分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y676
#71: タンパク質	28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / ...MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18c / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m 分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#72: タンパク質	28S ribosomal protein S21, mitochondrial / MRP-S21 / S21mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m 分子量: 10806.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank: AAH04566.2 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82921
#73: タンパク質	28S ribosomal protein S22, mitochondrial / MRP-S22 / S22mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS22 分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82650
#74: タンパク質	28S ribosomal protein S23, mitochondrial / MRP-S23 / S23mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23 分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#75: タンパク質	28S ribosomal protein S25, mitochondrial / MRP-S25 / S25mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS25 分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82663
#76: タンパク質	28S ribosomal protein S26, mitochondrial / MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ...MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26 分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYN8
#77: タンパク質	28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRP-S27 / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS27 分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q92552
#78: タンパク質	28S ribosomal protein S28, mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ...MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m 分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#79: タンパク質	28S ribosomal protein S29, mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring ...MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29 分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P51398
#80: タンパク質	28S ribosomal protein S31, mitochondrial / MRP-S31 / S31mt / Imogen 38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS31 分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q92665
#81: タンパク質	28S ribosomal protein S33, mitochondrial / MRP-S33 / S33mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33 分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y291
#83: タンパク質	28S ribosomal protein S2, mitochondrial / MRP-S2 / S2mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m 分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y399
#85: タンパク質	28S ribosomal protein S5, mitochondrial / MRP-S5 / S5mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m 分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82675
#87: タンパク質	28S ribosomal protein S9, mitochondrial / MRP-S9 / S9mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m 分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82933
#88: タンパク質	28S ribosomal protein S11, mitochondrial / MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal ...MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m 分子量: 20663.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82912
#89: タンパク質	28S ribosomal protein S34, mitochondrial / S34mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS34 分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82930

-
非ポリマー , 9種, 418分子

#90: 化合物	... ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#91: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#92: 化合物	ChemComp-VAL / VALINE / バリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂
#93: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#94: 化合物	ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER 分子量: 335.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄O₃S₂
#95: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#96: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#97: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#98: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: 55S human mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME
詳細: 55S human mitochondrial ribosome in complex with mtRF1(AAQ)-3xFLAG, human methionine-tRNA(Met), and an mRNA containing a non-canonical stop codon, purified from HEK293 EBNA cells.
Entity ID: #1-#47, #49-#89 / 由来: NATURAL

分子量

ID	Entity assembly-ID	値 (°)	実験値
1	1	2.6 MDa	NO
2	1	1.5 MDa	NO
3	1	1.0 MDa	NO
4	1	0.03 MDa	NO
5	1	0.05 MDa	YES

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID	細胞内の位置	Organelle
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606	Mitochondrial matrix	Mitochondrion
4	1	Homo sapiens (ヒト)	9606	Mitochondrial matrix	Mitochondrion
5	1	Homo sapiens (ヒト)	9606	Mitochondrial matrix	Mitochondria
6	1	Homo sapiens (ヒト)	9606	Mitochondrial matrix	Mitochondrion

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 EBNA / 細胞: HEK293 EBNA / プラスミド: pcDNA3.1(+)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	C₈H₁₈N₂O₄S	1
2	100 mM	potassium chloride	KCl	1
3	20 mM	magnesium chloride	MgCl₂	1
4	1 mM	DTT	HSCH₂CH(OH)CH(OH)CH₂SH	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Affinity-purified 55S mitoribosome.

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 43882
電子光学装置	エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	4	CTF補正
7	Coot	0.9.8.4	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	4	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	4	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4	３次元再構成
13	PHENIX	1.20.1	モデル精密化

画像処理

詳細: Micrographs were motion corrected and CTF parameters were estimated using Cryosparc.

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 5423665
詳細: Particles were picked with blob picker in Cryosparc.

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41288 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

ID	PDB-ID	Accession code	詳細	Initial refinement model-ID	Source name	タイプ
1	7QI4 7qi4	7QI4	High-res mammalian mitoribosome	1	PDB	experimental model
2		UniProt AF-O75570-F1	human mtRF1 model prediction	2	AlphaFold	in silico model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 B1B2B3B4B5B6BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX...

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B7B8B9AAAGAI

-
タンパク質 , 8種, 8分子 BeBfBgBsADAaAcAe

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAFAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAbAdAgAiAj

-
非ポリマー , 9種, 418分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

+39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 B1B2B3B4B5B6BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX...

-RNA鎖 , 6種, 6分子 B7B8B9AAAGAI

-タンパク質 , 8種, 8分子 BeBfBgBsADAaAcAe

+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAFAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAbAdAgAiAj

-非ポリマー , 9種, 418分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 B1B2B3B4B5B6BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX...

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B7B8B9AAAGAI

-
タンパク質 , 8種, 8分子 BeBfBgBsADAaAcAe

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAFAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAbAdAgAiAj

-
非ポリマー , 9種, 418分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)