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万見
- PDB-8odv: Chaetomium thermophilum Get1/Get2 heterotetramer in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8odv
タイトルChaetomium thermophilum Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer (nanodisc)
要素
  • ATPase GET3
  • Protein GET2,Protein GET1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane protein insertion / GET pathway / tail anchored membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / protein-membrane adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GET complex subunit Get2/sif1 / GET complex subunit GET2 / Get 1, fungi / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Helix hairpin bin domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Protein GET1 / Arsenite translocating ATPase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者McDowell, M.A. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR83 TP22 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The GET insertase exhibits conformational plasticity and induces membrane thinning.
著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Giray Enkavi / Ákos Farkas / Daniel Saar / Klemens Wild / Blanche Schwappach / Ilpo Vattulainen / Irmgard Sinning /
要旨: The eukaryotic guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway mediates the biogenesis of tail-anchored (TA) membrane proteins at the endoplasmic reticulum. In the cytosol, the Get3 chaperone ...The eukaryotic guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway mediates the biogenesis of tail-anchored (TA) membrane proteins at the endoplasmic reticulum. In the cytosol, the Get3 chaperone captures the TA protein substrate and delivers it to the Get1/Get2 membrane protein complex (GET insertase), which then inserts the substrate via a membrane-embedded hydrophilic groove. Here, we present structures, atomistic simulations and functional data of human and Chaetomium thermophilum Get1/Get2/Get3. The core fold of the GET insertase is conserved throughout eukaryotes, whilst thinning of the lipid bilayer occurs in the vicinity of the hydrophilic groove to presumably lower the energetic barrier of membrane insertion. We show that the gating interaction between Get2 helix α3' and Get3 drives conformational changes in both Get3 and the Get1/Get2 membrane heterotetramer. Thus, we provide a framework to understand the conformational plasticity of the GET insertase and how it remodels its membrane environment to promote substrate insertion.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase GET3
B: ATPase GET3
C: Protein GET2,Protein GET1
D: Protein GET2,Protein GET1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,4685
ポリマ－165,4024
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6130 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area63450 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ATPase GET3 / Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided ...Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided entry of tail-anchored proteins 3


分子量: 37127.391 Da / 分子数: 2 / 変異: Truncation of 13 N-terminal residues / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: GET3, CTHT_0061710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G0SFE0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質 Protein GET2,Protein GET1 / Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG / CAMLG / CAML / GET2 / Guided entry of tail- ...Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG / CAMLG / CAML / GET2 / Guided entry of tail-anchored proteins 1 / GET1


分子量: 45573.727 Da / 分子数: 2 / 変異: Truncation of 184 N-terminal residues. / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0002670, GET1, CTHT_0013590 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G0RZE4, UniProt: G0S1H2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Chaetomium thermophilum Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimerCOMPLEXGet2-Get1 was expressed as a fusion protein in S. cerevisiae and Get3 was expressed in E. coli. The complex components were purified and reconstituted in vitro.#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Tail-anchored protein insertase Get1 and Get2COMPLEX#21RECOMBINANT
3Dimeric ATPase Get3COMPLEX#11RECOMBINANT
分子量値: 0.165 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Thermochaetoides thermophila (菌類)209285
33Thermochaetoides thermophila (菌類)209285
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium Chloride1
試料濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Complex stabilised in a Msp1E3D1 bound nanodisc
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 60.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11997

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.2CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5218800
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 259692 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0078412
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.09511384
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.2865050
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521286
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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