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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k9q | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the GPI inositol-deacylase (PGAP1/Bst1) from Chaetomium thermophilum | ||||||
要素 | GPI inositol-deacylase,fused thermostable green fluorescent protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Bst1 / Glycosylphosphatidylinositol / GPI anchoring / GPI-AP / GPI-AP remodelase / Integral membrane enzyme / Lipase / Lipid remodeling / Membrane enzyme / Nanodisc / PGAP1 / Transmembrane enzyme / Triad enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GPI anchor metabolic process / phosphatidylinositol deacylase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, J. / Li, T. / Qu, Q. / Li, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of the inositol deacylase PGAP1 involved in quality control of GPI-AP biogenesis. 著者: Jingjing Hong / Tingting Li / Yulin Chao / Yidan Xu / Zhini Zhu / Zixuan Zhou / Weijie Gu / Qianhui Qu / Dianfan Li / 要旨: The secretion and quality control of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins (GPI-APs) necessitates post-attachment remodeling initiated by the evolutionarily conserved PGAP1, which deacylates ...The secretion and quality control of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins (GPI-APs) necessitates post-attachment remodeling initiated by the evolutionarily conserved PGAP1, which deacylates the inositol in nascent GPI-APs. Impairment of PGAP1 activity leads to developmental diseases in humans and fatality and infertility in animals. Here, we present three PGAP1 structures (2.66-2.84 Å), revealing its 10-transmembrane architecture and product-enzyme interaction details. PGAP1 holds GPI-AP acyl chains in an optimally organized, guitar-shaped cavity with apparent energetic penalties from hydrophobic-hydrophilic mismatches. However, abundant glycan-mediated interactions in the lumen counterbalance these repulsions, likely conferring substrate fidelity and preventing off-target hydrolysis of bulk membrane lipids. Structural and biochemical analyses uncover a serine hydrolase-type catalysis with atypical features and imply mechanisms for substrate entrance and product release involving a drawing compass movement of GPI-APs. Our findings advance the mechanistic understanding of GPI-AP remodeling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k9q.cif.gz | 192.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k9q.ent.gz | 142.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k9q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k9q_validation.pdf.gz | 635.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k9q_full_validation.pdf.gz | 658.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8k9q_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k9q_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k9q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36995MC 8k9rC 8k9tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 163153.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1187-1196 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 1197-1427 is a fused thermostable green fluorescent protein ...詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1187-1196 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 1197-1427 is a fused thermostable green fluorescent protein (PDB entry 4TZA, residue 5-229). Residues 1428-1469 is the linker a Strep II tag and a His tag. 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類), (組換発現) synthetic construct (人工物) 遺伝子: CTHT_0034210 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: G0S652, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GPI inositol-deacylase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.163 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot for 4.5s before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 407921 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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