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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j9j | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Euglena gracilis complex I, NADH state | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Electron transport chain / respiratory complex / membrane protein / Euglena gracilis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 respiratory chain complex I / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Euglena gracilis (ミドリムシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, M.C. / He, Z.X. / Tian, H.T. / Hu, Y.Q. / Han, F.Z. / Zhou, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism. 著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou / 要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j9j.cif.gz | 5.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j9j.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8j9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36109MC 8iufC 8iujC 8j9hC 8j9iC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 58種, 59分子 1A1B2B4LA1A2A3A5A6A7A8A9ABACALAMANB2B3B4B5B6B7B8B9BLBMC4E1E2...
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 U1U2
#56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) |
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-非ポリマー , 12種, 65分子
#60: 化合物 | #61: 化合物 | ChemComp-SF4 / #62: 化合物 | ChemComp-K / | #63: 化合物 | ChemComp-PC1 / #64: 化合物 | ChemComp-CDL / #65: 化合物 | ChemComp-NDP / | #66: 化合物 | #67: 化合物 | ChemComp-3PE / #68: 化合物 | ChemComp-U10 / | #69: 化合物 | #70: 化合物 | ChemComp-FMN / | #71: 化合物 | ChemComp-NAI / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Euglena gracilis respiratory complex I, NADH state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#55, #57-#59 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.5 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: SEC-Q buffer (30 mM Tris pH 7.4, 200 mM NaCl, 1mM EDTA, 0.002% PMSF (w/v), 0.001% CHS (w/v), 0.007% LMNG (w/v)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 61.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2949 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 468732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76643 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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