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- PDB-8j9h: Cryo-EM structure of Euglena gracilis respiratory complex I, deac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j9h
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis respiratory complex I, deactive state
要素
  • NADH dehydrogenase subunit 5
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
  • ND1
  • ND2A
  • ND3
  • ND4L
  • ND5
  • NDUCA1
  • NDUCA2
  • NDUCA3
  • NDUEG1
  • NDUEG10
  • NDUEG11
  • NDUEG12
  • NDUEG13
  • NDUEG2
  • NDUEG3
  • NDUEG4
  • NDUEG5
  • NDUEG6
  • NDUEG7
  • NDUEG8
  • NDUFA1
  • NDUFA11
  • NDUFA12
  • NDUFA13
  • NDUFA2
  • NDUFA3
  • NDUFA5
  • NDUFA6
  • NDUFA7
  • NDUFA8
  • NDUFA9
  • NDUFAB1-alpha
  • NDUFAB1-beta
  • NDUFB10
  • NDUFB11
  • NDUFB2
  • NDUFB3
  • NDUFB4
  • NDUFB5
  • NDUFB6
  • NDUFB7
  • NDUFB8
  • NDUFB9
  • NDUFC2
  • NDUFS2
  • NDUFS3
  • NDUFS4
  • NDUFS5
  • NDUFS6
  • NDUFS7
  • NDUFS8
  • NDUFV1
  • NDUFV2
  • NDUFX
  • NDUS1A
  • NDUS1B
  • UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transport chain / complex / membrane protein / Euglena gracilis
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex I / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial membrane
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-10 / Chem-ZMP / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Wu, M.C. / He, Z.X. / Tian, H.T. / Hu, Y.Q. / Han, F.Z. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism.
著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou /
要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: NDUS1A
1B: NDUS1B
2B: NADH dehydrogenase subunit 5
4L: ND4L
A1: NDUFA1
A2: NDUFA2
A3: NDUFA3
A5: NDUFA5
A6: NDUFA6
A7: NDUFA7
A8: NDUFA8
A9: NDUFA9
AB: NDUFAB1-alpha
AL: NDUFA12
AM: NDUFA13
AN: NDUFA11
B2: NDUFB2
B3: NDUFB3
B4: NDUFB4
B5: NDUFB5
B6: NDUFB6
B7: NDUFB7
B8: NDUFB8
B9: NDUFB9
BL: NDUFB10
BM: NDUFB11
C4: NDUFC2
E1: NDUEG1
E2: NDUEG2
E3: NDUEG3
E4: NDUEG4
E5: NDUEG5
E6: NDUEG6
E8: NDUEG8
EA: NDUEG10
EB: NDUEG11
EC: NDUEG12
ED: NDUEG13
FX: NDUFX
G1: NDUCA1
G2: NDUCA2
G3: NDUCA3
N1: ND1
N2: ND2A
N3: ND3
N4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N5: ND5
N6: ND3
S2: NDUFS2
S3: NDUFS3
S4: NDUFS4
S5: NDUFS5
S6: NDUFS6
S7: NDUFS7
S8: NDUFS8
U1: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
U2: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
V1: NDUFV1
V2: NDUFV2
E7: NDUEG7
AC: NDUFAB1-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,793,322125
ポリマ－1,737,59961
非ポリマー55,72364
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 58種, 59分子 1A1B2B4LA1A2A3A5A6A7A8A9ABALAMANB2B3B4B5B6B7B8B9BLBMC4E1E2E3...

#1: タンパク質 NDUS1A


分子量: 43888.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#2: タンパク質 NDUS1B


分子量: 59671.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 15756.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#4: タンパク質 ND4L


分子量: 19673.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#5: タンパク質 NDUFA1


分子量: 15659.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#6: タンパク質 NDUFA2


分子量: 21331.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#7: タンパク質 NDUFA3


分子量: 14950.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#8: タンパク質 NDUFA5


分子量: 20961.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#9: タンパク質 NDUFA6


分子量: 48786.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#10: タンパク質 NDUFA7


分子量: 16358.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#11: タンパク質 NDUFA8


分子量: 25916.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#12: タンパク質 NDUFA9


分子量: 54983.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#13: タンパク質 NDUFAB1-alpha


分子量: 14936.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#14: タンパク質 NDUFA12


分子量: 33338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#15: タンパク質 NDUFA13


分子量: 22683.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#16: タンパク質 NDUFA11


分子量: 32617.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#17: タンパク質 NDUFB2


分子量: 17202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#18: タンパク質 NDUFB3


分子量: 6831.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#19: タンパク質 NDUFB4


分子量: 19511.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#20: タンパク質 NDUFB5


分子量: 15815.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#21: タンパク質 NDUFB6


分子量: 10926.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#22: タンパク質 NDUFB7


分子量: 12247.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#23: タンパク質 NDUFB8


分子量: 20488.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#24: タンパク質 NDUFB9


分子量: 18347.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#25: タンパク質 NDUFB10


分子量: 17471.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#26: タンパク質 NDUFB11


分子量: 13048.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#27: タンパク質 NDUFC2


分子量: 22010.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#28: タンパク質 NDUEG1


分子量: 53351.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#29: タンパク質 NDUEG2


分子量: 50515.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#30: タンパク質 NDUEG3


分子量: 46409.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#31: タンパク質 NDUEG4


分子量: 41313.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#32: タンパク質 NDUEG5


分子量: 29182.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#33: タンパク質 NDUEG6


分子量: 43669.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#34: タンパク質 NDUEG8


分子量: 23994.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#35: タンパク質 NDUEG10


分子量: 14140.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#36: タンパク質 NDUEG11


分子量: 11472.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#37: タンパク質 NDUEG12


分子量: 11323.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#38: タンパク質 NDUEG13


分子量: 17731.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#39: タンパク質 NDUFX


分子量: 37196.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#40: タンパク質 NDUCA1


分子量: 48726.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#41: タンパク質 NDUCA2


分子量: 28857.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#42: タンパク質 NDUCA3


分子量: 28016.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#43: タンパク質 ND1


分子量: 79682.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#44: タンパク質 ND2A


分子量: 35864.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#45: タンパク質 ND3


分子量: 34504.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#46: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 56417.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: A0A0S2YRV6
#47: タンパク質 ND5


分子量: 68375.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#48: タンパク質 NDUFS2


分子量: 45251.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#49: タンパク質 NDUFS3


分子量: 32466.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#50: タンパク質 NDUFS4


分子量: 23736.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#51: タンパク質 NDUFS5


分子量: 14244.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#52: タンパク質 NDUFS6


分子量: 17101.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#53: タンパク質 NDUFS7


分子量: 22837.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#54: タンパク質 NDUFS8


分子量: 24370.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#56: タンパク質 NDUFV1


分子量: 57940.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#57: タンパク質 NDUFV2


分子量: 25189.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#58: タンパク質 NDUEG7


分子量: 26818.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#59: タンパク質 NDUFAB1-beta


分子量: 14899.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 U1U2

#55: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

-
非ポリマー , 11種, 64分子

#60: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#61: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#63: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#64: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#65: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#66: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#67: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#68: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#69: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#70: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Euglena gracilis respiratory complex I, deactive state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13, #59, #14-#54, #56-#58 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: SEC-Q buffer (30 mM Tris pH 7.4, 200 mM NaCl, 1mM EDTA, 0.002% PMSF (w/v), 0.001% CHS (w/v), 0.007% LMNG (w/v))
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMTrimethylsilylTris1
2200 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMEthylene diamine tetraacetic acidEDTA1
40.002 %Phenylmethylsulfonyl fluoridePMSF1
50.001 %Cholesteryl hemisuccinateCHS1
60.007 %Lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 61.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2702
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.6.0粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARCv3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv3.3.2分類
13cryoSPARCv3.3.2３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 460135
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68660 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037116468
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5148157729
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040716939
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003919966
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.221443927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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