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- PDB-8iuf: Cryo-EM structure of Euglena gracilis super-complex I+III2+IV, co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iuf
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis super-complex I+III2+IV, composite
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • (NDUEG11) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome- ...) x 2
  • COX4
  • COX5b-2
  • COX5c
  • COX6a
  • COX6b-1
  • COX7a
  • COX7c
  • COXEG1
  • COXEG10
  • COXEG3
  • COXEG4
  • COXEG5
  • COXEG6
  • COXEG7
  • COXEG8
  • COXEG9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein
  • MPP-beta
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
  • ND1
  • ND2a
  • ND2b
  • ND3
  • ND4L
  • ND5
  • NDUCA1
  • NDUCA2
  • NDUCA3
  • NDUEG1
  • NDUEG10
  • NDUEG13
  • NDUEG2
  • NDUEG3
  • NDUEG4
  • NDUEG5
  • NDUEG6
  • NDUEG7
  • NDUEG8
  • NDUEG9
  • NDUFA1
  • NDUFA11
  • NDUFA12
  • NDUFA13
  • NDUFA2
  • NDUFA3
  • NDUFA5
  • NDUFA6
  • NDUFA7
  • NDUFA8
  • NDUFA9
  • NDUFAB1-alpha
  • NDUFAB1-beta
  • NDUFB10
  • NDUFB11
  • NDUFB2
  • NDUFB3
  • NDUFB4
  • NDUFB5
  • NDUFB6
  • NDUFB7
  • NDUFB8
  • NDUFB9
  • NDUFC2
  • NDUFS1a
  • NDUFS1b
  • NDUFS2
  • NDUFS3
  • NDUFS4
  • NDUFS5
  • NDUFS6
  • NDUFS7
  • NDUFS8
  • NDUFV1
  • NDUFV2
  • NDUFX
  • Putative NADH dehydrogenase subunit 6
  • UQCR10
  • UQCR9
  • UQCRB
  • UQCRFS1
  • UQCRH
  • UQCRQ
  • poly(UNK)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transport chain / supercomplex / membrane protein / Euglena gracilis
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity ...cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. ...Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-NDP ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Chem-S12 / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-10 / Chem-ZMP / Cytochrome b / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Cytochrome c1, heme protein / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Putative NADH dehydrogenase subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Wu, M.C. / Tian, H.T. / He, Z.X. / Hu, Y.Q. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism.
著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou /
要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: NDUFS1a
1B: NDUFS1b
2B: ND2b
4A: COXEG1
4C: COXEG3
4D: COXEG4
4E: COXEG5
4F: COXEG6
4G: COXEG7
4H: COXEG8
4I: COXEG9
4J: COXEG10
4L: ND4L
5B: COX5b-2
5C: COX5c
6A: COX6a
6B: COX6b-1
7A: COX7a
7C: COX7c
A1: NDUFA1
A2: NDUFA2
A3: NDUFA3
A5: NDUFA5
A6: NDUFA6
A7: NDUFA7
A8: NDUFA8
A9: NDUFA9
AB: NDUFAB1-alpha
AC: NDUFAB1-beta
AL: NDUFA12
AM: NDUFA13
AN: NDUFA11
B2: NDUFB2
B3: NDUFB3
B4: NDUFB4
B5: NDUFB5
B6: NDUFB6
B7: NDUFB7
B8: NDUFB8
B9: NDUFB9
BL: NDUFB10
BM: NDUFB11
C1: Cytochrome c oxidase subunit 1
C2: Cytochrome c oxidase subunit 2
C3: Putative NADH dehydrogenase subunit 6
C4: NDUFC2
DC: COX4
E1: NDUEG1
E2: NDUEG2
E3: NDUEG3
E4: NDUEG4
E5: NDUEG5
E6: NDUEG6
E7: NDUEG7
E8: NDUEG8
E9: NDUEG9
EA: NDUEG10
EB: NDUEG11
EC: NDUEG11
ED: NDUEG13
FX: NDUFX
G1: NDUCA1
G2: NDUCA2
G3: NDUCA3
N1: ND1
N2: ND2a
N3: ND3
N4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N5: ND5
N6: ND3
QA: MPP-beta
QB: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
QC: Cytochrome b
QD: Cytochrome c1, heme protein
QE: UQCRFS1
QF: UQCRH
QG: UQCRB
QH: UQCRQ
QI: UQCR9
QJ: UQCR10
QK: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
Qa: MPP-beta
Qb: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
Qc: Cytochrome b
Qd: Cytochrome c1, heme protein
Qe: UQCRFS1
Qf: UQCRH
Qg: UQCRB
Qh: UQCRQ
Qi: UQCR9
Qj: UQCR10
Qk: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
S2: NDUFS2
S3: NDUFS3
S4: NDUFS4
S5: NDUFS5
S6: NDUFS6
S7: NDUFS7
S8: NDUFS8
V1: NDUFV1
V2: NDUFV2
A: poly(UNK)
B: poly(UNK)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,880,813219
ポリマ－2,782,294103
非ポリマー98,519116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 85種, 95分子 1A1B2B4A4C4D4E4F4G4H4I4J4L5B5C6A6B7A7CA1A2A3A5A6A7A8A9ABACAL...

#1: タンパク質 NDUFS1a


分子量: 43888.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#2: タンパク質 NDUFS1b


分子量: 59671.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#3: タンパク質 ND2b


分子量: 15756.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#4: タンパク質 COXEG1


分子量: 27278.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#5: タンパク質 COXEG3


分子量: 16394.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#6: タンパク質 COXEG4


分子量: 19359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#7: タンパク質 COXEG5


分子量: 19464.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#8: タンパク質 COXEG6


分子量: 8728.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#9: タンパク質 COXEG7


分子量: 35651.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#10: タンパク質 COXEG8


分子量: 24495.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#11: タンパク質 COXEG9


分子量: 31754.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#12: タンパク質 COXEG10


分子量: 10043.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#13: タンパク質 ND4L


分子量: 19673.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#14: タンパク質 COX5b-2


分子量: 19736.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#15: タンパク質 COX5c


分子量: 23788.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#16: タンパク質 COX6a


分子量: 13079.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#17: タンパク質 COX6b-1


分子量: 32995.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#18: タンパク質 COX7a


分子量: 20078.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#19: タンパク質 COX7c


分子量: 19897.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#20: タンパク質 NDUFA1


分子量: 15659.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#21: タンパク質 NDUFA2


分子量: 21331.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#22: タンパク質 NDUFA3


分子量: 14950.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#23: タンパク質 NDUFA5


分子量: 20961.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#24: タンパク質 NDUFA6


分子量: 48786.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#25: タンパク質 NDUFA7


分子量: 16358.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#26: タンパク質 NDUFA8


分子量: 25916.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#27: タンパク質 NDUFA9


分子量: 54983.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#28: タンパク質 NDUFAB1-alpha


分子量: 14936.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#29: タンパク質 NDUFAB1-beta


分子量: 14899.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#30: タンパク質 NDUFA12


分子量: 33338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#31: タンパク質 NDUFA13


分子量: 22683.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#32: タンパク質 NDUFA11


分子量: 32617.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#33: タンパク質 NDUFB2


分子量: 17202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#34: タンパク質 NDUFB3


分子量: 6831.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#35: タンパク質 NDUFB4


分子量: 19511.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#36: タンパク質 NDUFB5


分子量: 15815.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#37: タンパク質 NDUFB6


分子量: 10926.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#38: タンパク質 NDUFB7


分子量: 12247.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#39: タンパク質 NDUFB8


分子量: 20488.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#40: タンパク質 NDUFB9


分子量: 18347.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#41: タンパク質 NDUFB10


分子量: 17471.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#42: タンパク質 NDUFB11


分子量: 13048.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#45: タンパク質 Putative NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19414.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q9XN18
#46: タンパク質 NDUFC2


分子量: 22010.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#47: タンパク質 COX4


分子量: 20427.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#48: タンパク質 NDUEG1


分子量: 53351.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#49: タンパク質 NDUEG2


分子量: 51015.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#50: タンパク質 NDUEG3


分子量: 63096.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#51: タンパク質 NDUEG4


分子量: 41313.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#52: タンパク質 NDUEG5


分子量: 29182.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#53: タンパク質 NDUEG6


分子量: 43669.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#54: タンパク質 NDUEG7


分子量: 26818.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#55: タンパク質 NDUEG8


分子量: 23994.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#56: タンパク質 NDUEG9


分子量: 18272.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#57: タンパク質 NDUEG10


分子量: 14140.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#58: タンパク質 NDUEG11


分子量: 11472.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#59: タンパク質 NDUEG11


分子量: 11323.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#60: タンパク質 NDUEG13


分子量: 17731.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#61: タンパク質 NDUFX


分子量: 37196.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#62: タンパク質 NDUCA1


分子量: 48726.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#63: タンパク質 NDUCA2


分子量: 28857.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#64: タンパク質 NDUCA3


分子量: 28016.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#65: タンパク質 ND1


分子量: 79682.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#66: タンパク質 ND2a


分子量: 35864.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#67: タンパク質 ND3


分子量: 34504.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#68: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 56417.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: A0A0S2YRV6
#69: タンパク質 ND5


分子量: 68375.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#70: タンパク質 MPP-beta


分子量: 53520.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#72: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42476.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: A0A0S2YRT7
#73: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27889.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P20114, quinol-cytochrome-c reductase
#74: タンパク質 UQCRFS1


分子量: 27825.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#75: タンパク質 UQCRH


分子量: 8207.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#76: タンパク質 UQCRB


分子量: 27404.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#77: タンパク質 UQCRQ


分子量: 9948.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#78: タンパク質 UQCR9


分子量: 6939.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#79: タンパク質 UQCR10


分子量: 17577.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#81: タンパク質 NDUFS2


分子量: 45251.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#82: タンパク質 NDUFS3


分子量: 32466.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#83: タンパク質 NDUFS4


分子量: 23736.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#84: タンパク質 NDUFS5


分子量: 14244.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#85: タンパク質 NDUFS6


分子量: 17101.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#86: タンパク質 NDUFS7


分子量: 22837.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#87: タンパク質 NDUFS8


分子量: 24370.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#88: タンパク質 NDUFV1


分子量: 57940.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
#89: タンパク質 NDUFV2


分子量: 25189.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 C1C2

#43: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 55759.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q34463, cytochrome-c oxidase
#44: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 22443.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: Q9XN19

-
Ubiquinol-cytochrome- ... , 2種, 4分子 QBQbQKQk

#71: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial


分子量: 51132.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P43265
#80: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial


分子量: 11300.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
Plasmid details: Shanghai Guangyu Biological Technology Co., Ltd.
参照: UniProt: P43266

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#90: タンパク質・ペプチド poly(UNK)


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

-
非ポリマー , 18種, 116分子

#91: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#92: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#93: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#94: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#95: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#96: 化合物 ChemComp-S12 / O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine / 1-oleoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phospho-L-serine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 523.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46NO9P
#97: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#98: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#99: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#100: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#101: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#102: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#103: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#104: 化合物 ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O8P
#105: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#106: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#107: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#108: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Euglena gracilis respirasome supercomplex I+III2+IVCOMPLEX#1-#890NATURAL
2Euglena gracilis respirasome supercomplex I+III2+IVCOMPLEX#1-#891NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Euglena gracilis (ミドリムシ)3039
32Euglena gracilis (ミドリムシ)3039
緩衝液pH: 7.4
詳細: SEC buffer (30 mM Tris pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.002% PMSF, 0.1% GDN (w/v), 1mM EDTA)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMTrimethylsilylTris1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.002 %Phenylmethylsulfonyl fluoridePMSF1
40.1 %Glyco-diosgeninGDN1
51 mMEthylene diamine tetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.8 sec. / 電子線照射量: 51.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9807
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.6.0粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARCv3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv3.3.2分類
13v3.3.2３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3232325
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 345048 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.38 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056189880
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5714257268
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043427637
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004932427
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.407171423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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