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- PDB-8i7o: In situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i7o
タイトルIn situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat
要素
  • (Cilia- and flagella-associated protein ...) x 3
  • (EF-hand domain-containing ...) x 2
  • Cilia and flagella-associated protein 77
  • Coiled-coil domain-containing protein 105
  • Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
  • Dual specificity phosphatase 21
  • EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
  • Enkurin
  • Parkin coregulated gene protein homolog
  • Protein FAM166A
  • Protein FAM166C
  • Protein Flattop
  • Sperm acrosome-associated protein 9
  • Tektin bundle-interacting protein 1
  • Tektin-1
  • Tektin-2
  • Tektin-3
  • Tektin-4
  • Tektin-5
  • Testis-expressed protein 43
  • Tubulin beta-4B chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microtubules / axoneme / sperm / filament
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule doublet inner sheath / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III ...axonemal microtubule doublet inner sheath / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein polyglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / positive regulation of feeding behavior / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / 9+2 motile cilium / COPI-mediated anterograde transport / cilium movement involved in cell motility / Kinesins / Aggrephagy / PKR-mediated signaling / acrosomal membrane / axoneme assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule sliding / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Recycling pathway of L1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / axonemal microtubule / Separation of Sister Chromatids / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / cilium organization / AURKA Activation by TPX2 / manchette / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MHC class II antigen presentation / flagellated sperm motility / motile cilium / extrinsic component of membrane / protein targeting to membrane / : / positive regulation of cell motility / tubulin complex / protein-serine/threonine phosphatase / ciliary base / regulation of neuron projection development / protein serine/threonine phosphatase activity / cerebral cortex cell migration / phosphatase activity / mitotic cytokinesis / microtubule organizing center / regulation of cell division / cilium assembly / cellular response to unfolded protein / spermatid development / axoneme / single fertilization / sperm flagellum / alpha-tubulin binding / microtubule-based process / beta-tubulin binding / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / heat shock protein binding / phosphoprotein phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / Neutrophil degranulation / protein tyrosine phosphatase activity / Hsp70 protein binding / acrosomal vesicle / mitotic spindle organization / cellular response to leukemia inhibitory factor / centriole / Hsp90 protein binding / SH3 domain binding / mitochondrial intermembrane space / G protein-coupled receptor binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / calcium-dependent protein binding / mitotic spindle / intracellular protein localization / myelin sheath / mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Protein of unknown function DUF4513 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / Tektin bundle interacting protein 1 / Coiled-coil domain-containing protein 105 / Tektin bundle interacting protein 1 / : / DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain ...: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Protein of unknown function DUF4513 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / Tektin bundle interacting protein 1 / Coiled-coil domain-containing protein 105 / Tektin bundle interacting protein 1 / : / DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / Tektin / Cilia- and flagella-associated protein 276 / Sperm acrosome-associated protein 9 / : / Tektin family / Protein of unknown function (DUF3695) / Sperm acrosome-associated protein 9 / Uncharacterised protein FAM166/UPF0605 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Protein Flattop / Ciliary microtubule inner protein 2B-like / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Flattop / : / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / EF hand / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / EF-hand domain pair / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Beta tubulin / Protein-tyrosine phosphatase-like / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Tektin bundle-interacting protein 1 / Tektin-5 / Tubulin alpha-3 chain / Tubulin beta-4B chain / Tektin-4 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / Protein Flattop ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Tektin bundle-interacting protein 1 / Tektin-5 / Tubulin alpha-3 chain / Tubulin beta-4B chain / Tektin-4 / Cilia- and flagella-associated protein 52 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / Protein Flattop / Enkurin / Tektin-3 / Sperm acrosome-associated protein 9 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Tektin-2 / EF-hand domain-containing family member C2 / Ciliary microtubule inner protein 2A / Tektin-like protein 1 / Dual specificity phosphatase 21 / Sperm-associated microtubule inner protein 10 / EF-hand domain-containing protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 276 / Tektin-1 / Parkin coregulated gene protein homolog / Ciliary microtubule inner protein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhu, Y. / Yin, G.L. / Tai, L.H. / Sun, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925026 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: In-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet.
著者: Linhua Tai / Guoliang Yin / Xiaojun Huang / Fei Sun / Yun Zhu /
要旨: The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. ...The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. However, the intricate molecular architecture of intact sperm DMT remains elusive. Here, by in situ cryo-electron tomography, we solved the in-cell structure of mouse sperm DMT at 4.5-7.5 Å resolutions, and built its model with 36 kinds of MIPs in 48 nm periodicity. We identified multiple copies of Tektin5 that reinforce Tektin bundle, and multiple MIPs with different periodicities that anchor the Tektin bundle to tubulin wall. This architecture contributes to a superior stability of A-tubule than B-tubule of DMT, which was revealed by structural comparison of DMTs from the intact and deformed axonemes. Our work provides an overall molecular picture of intact sperm DMT in 48 nm periodicity that is essential to understand the molecular mechanism of sperm motility as well as the related ciliopathies.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details ...em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A2: Tektin-1
A3: Tektin-1
AE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
AF: Tubulin beta-4B chain
AG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
AH: Tubulin beta-4B chain
AI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
B2: Tektin-2
B3: Tektin-2
B7: Tektin-2
B8: Tektin-2
BE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
BF: Tubulin beta-4B chain
BG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
BH: Tubulin beta-4B chain
BI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
C2: Tektin-3
C3: Tektin-3
C4: Tektin-3
C7: Tektin-3
C8: Tektin-3
CF: Tubulin beta-4B chain
CG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
CH: Tubulin beta-4B chain
CI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
CJ: Tubulin beta-4B chain
Cb: Tektin-3
Cc: Tektin-3
D2: Tektin-4
D3: Tektin-4
D4: Tektin-4
D7: Tektin-4
D8: Tektin-4
D9: Tektin-4
DD: Tubulin beta-4B chain
DE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
DF: Tubulin beta-4B chain
DG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
DH: Tubulin beta-4B chain
E2: Tektin bundle-interacting protein 1
E3: Tektin bundle-interacting protein 1
ED: Tubulin beta-4B chain
EE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
EF: Tubulin beta-4B chain
EG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
EH: Tubulin beta-4B chain
F2: Tektin-5
F3: Tektin-5
F6: Tektin-5
F7: Tektin-5
FD: Tubulin beta-4B chain
FE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
FF: Tubulin beta-4B chain
FG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
FH: Tubulin beta-4B chain
Fa: Tektin-5
Fb: Tektin-5
Fc: Tektin-5
Fl: Tektin-5
G1: EF-hand domain-containing protein 1
G2: EF-hand domain-containing protein 1
G5: EF-hand domain-containing family member C2
GD: Tubulin beta-4B chain
GE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
GF: Tubulin beta-4B chain
GG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
GH: Tubulin beta-4B chain
GI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
H3: Protein FAM166A
H4: Protein FAM166A
HD: Tubulin beta-4B chain
HE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
HF: Tubulin beta-4B chain
HG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
HH: Tubulin beta-4B chain
HI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
I2: Protein FAM166C
I3: Protein FAM166C
IE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
IF: Tubulin beta-4B chain
IG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
IH: Tubulin beta-4B chain
II: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
J2: Dual specificity phosphatase 21
J3: Dual specificity phosphatase 21
JD: Tubulin beta-4B chain
JE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
JF: Tubulin beta-4B chain
JG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
JH: Tubulin beta-4B chain
K2: Coiled-coil domain-containing protein 105
K3: Coiled-coil domain-containing protein 105
K4: Coiled-coil domain-containing protein 105
KD: Tubulin beta-4B chain
KE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
KF: Tubulin beta-4B chain
KG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
KH: Tubulin beta-4B chain
KI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
L2: Enkurin
L3: Enkurin
LD: Tubulin beta-4B chain
LE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
LF: Tubulin beta-4B chain
LG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
LH: Tubulin beta-4B chain
LI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
M2: Testis-expressed protein 43
M3: Testis-expressed protein 43
ME: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
MF: Tubulin beta-4B chain
MG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
MH: Tubulin beta-4B chain
MI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
N2: Cilia- and flagella-associated protein 276
N3: Cilia- and flagella-associated protein 276
ND: Tubulin beta-4B chain
NE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
NF: Tubulin beta-4B chain
NG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
NH: Tubulin beta-4B chain
NI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
O1: Protein Flattop
O2: Protein Flattop
OD: Tubulin beta-4B chain
OE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
OF: Tubulin beta-4B chain
OG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
OH: Tubulin beta-4B chain
OI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
P1: Cilia- and flagella-associated protein 52
P2: Cilia- and flagella-associated protein 52
PE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
PF: Tubulin beta-4B chain
PG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
PH: Tubulin beta-4B chain
PI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
Q1: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
Q2: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
QE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
QF: Tubulin beta-4B chain
QG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
QH: Tubulin beta-4B chain
QI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
R2: Cilia and flagella-associated protein 77
RE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
RF: Tubulin beta-4B chain
RG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
RH: Tubulin beta-4B chain
RI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
RJ: Tubulin beta-4B chain
SE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
SF: Tubulin beta-4B chain
SG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
SH: Tubulin beta-4B chain
SI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
SJ: Tubulin beta-4B chain
TF: Tubulin beta-4B chain
TG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
TH: Tubulin beta-4B chain
TI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
TJ: Tubulin beta-4B chain
UD: Tubulin beta-4B chain
UE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
UF: Tubulin beta-4B chain
UG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
UH: Tubulin beta-4B chain
VD: Tubulin beta-4B chain
VE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
VF: Tubulin beta-4B chain
VG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
VH: Tubulin beta-4B chain
WE: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
WF: Tubulin beta-4B chain
WG: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
WH: Tubulin beta-4B chain
WI: Detyrosinated tubulin alpha-3 chain
XC: Cilia- and flagella-associated protein 20
XD: Cilia- and flagella-associated protein 20
XE: Cilia- and flagella-associated protein 20
XJ: Parkin coregulated gene protein homolog
XK: Parkin coregulated gene protein homolog
XL: Parkin coregulated gene protein homolog
YI: Sperm acrosome-associated protein 9
YJ: Sperm acrosome-associated protein 9
YK: Sperm acrosome-associated protein 9
YL: Sperm acrosome-associated protein 9
YM: Sperm acrosome-associated protein 9
YN: Sperm acrosome-associated protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,097,620312
ポリマ－9,033,269189
非ポリマー64,351123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 19種, 179分子 A2A3AEAGAIBEBGBICGCIDEDGEEEGFEFGGEGGGIHEHGHIIEIGIIJEJGKEKGKI...

#1: タンパク質 Tektin-1


分子量: 48713.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAJ2
#2: タンパク質 ...
Detyrosinated tubulin alpha-3 chain


分子量: 48689.090 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P05214
#3: タンパク質 ...
Tubulin beta-4B chain / Tubulin beta-2C chain


分子量: 47897.918 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68372
#4: タンパク質
Tektin-2 / Tektin-t / Testicular tektin


分子量: 50385.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q922G7
#5: タンパク質
Tektin-3


分子量: 56754.777 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6X6Z7
#6: タンパク質
Tektin-4 / Testicular microtubules-related protein 4


分子量: 52121.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q149S1
#7: タンパク質 Tektin bundle-interacting protein 1


分子量: 23987.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A6H6Q4
#8: タンパク質
Tektin-5


分子量: 62817.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G5E8A8
#11: タンパク質 Protein FAM166A


分子量: 36659.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D4K5
#12: タンパク質 Protein FAM166C


分子量: 23097.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAS2
#13: タンパク質 Dual specificity phosphatase 21


分子量: 21527.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9D9D8, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#14: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 105


分子量: 57406.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D4K7
#15: タンパク質 Enkurin


分子量: 29587.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6SP97
#16: タンパク質 Testis-expressed protein 43


分子量: 16305.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D9I1
#18: タンパク質 Protein Flattop / Cilia- and flagella-associated protein 126


分子量: 20575.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6P8X9
#20: タンパク質 EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / DJ-1-binding protein / DJBP


分子量: 176028.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6P1E8
#21: タンパク質 Cilia and flagella-associated protein 77


分子量: 32786.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A087WRI3
#23: タンパク質 Parkin coregulated gene protein homolog / Hypertension-related protein 1-like protein / PARK2 coregulated gene protein


分子量: 27763.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAK2
#24: タンパク質
Sperm acrosome-associated protein 9 / Acrosome and sperm tail protein / MAST


分子量: 19512.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q7TPM5

-
EF-hand domain-containing ... , 2種, 3分子 G1G2G5

#9: タンパク質 EF-hand domain-containing protein 1 / Myoclonin-1


分子量: 75235.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D9T8
#10: タンパク質 EF-hand domain-containing family member C2


分子量: 87758.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D485

-
Cilia- and flagella-associated protein ... , 3種, 7分子 N2N3P1P2XCXDXE

#17: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 276


分子量: 18960.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAD0
#19: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 52 / WD repeat-containing protein 16


分子量: 68322.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5F201
#22: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 20 / Gene trap locus 3 protein


分子量: 22781.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BTU1

-
非ポリマー , 1種, 123分子

#25: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: mouse sperm / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#24 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 117 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.6/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37018 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 689 / Num. of volumes extracted: 37018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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