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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hoy | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex without DNA at 2.76 angostram | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / DNA replication machinery / DNA polymerase / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae / DNA processivity factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase ...viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Y. / Wu, Y. / Zhang, Y. / Fan, R. / Yang, Y. / Li, D. / Yang, B. / Zhang, Z. / Dong, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of DNA replication machinery from human monkeypox virus 著者: Xu, Y.X. / Wu, Y.Q. / Zhang, Y.Y. / Fan, R.X. / Yang, Y.X. / Li, D.Y. / Yang, B. / Zhang, Z.Y. / Dong, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hoy.cif.gz | 341.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hoy.ent.gz | 270.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hoy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hoy_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hoy_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hoy_validation.xml.gz | 55.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hoy_validation.cif.gz | 80.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/8hoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/8hoy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34927MC 8hpaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120041.156 Da / 分子数: 1 / 変異: L108F, W411L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MPXV DNA replication machinery catalytic subunit F8 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: F8L 発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他) 参照: UniProt: Q5IXW8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A22R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXP2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 27883.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: E4R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex without DNA タイプ: COMPLEX / 詳細: F8-A22-E4 complex / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 191 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 25mM HEPES pH 8.0, 300mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, and 1 mM TCEP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This is a complex of F8-A22-E4 |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected movies are corrected with motion correct | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: 11,662,000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343570 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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