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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j86 | ||||||
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タイトル | Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Monkeypox virus (エムポックスウイルス) / DNA replication holoenzyme (DNA複製) / DNA replication machinery / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae (ポックスウイルス科) / DNA processivity factor / DNA (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA recombination / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) DNA molecule (デオキシリボ核酸) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Y. / Wu, Y. / Wu, X. / Zhang, Y. / Yang, Y. / Li, D. / Yang, B. / Gao, K. / Zhang, Z. / Dong, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of DNA replication machinery from human monkeypox virus in complex with a DNA duplex 著者: Xu, Y.X. / Wu, Y.Q. / Wu, X.Y. / Zhang, Y.Y. / Yang, Y.X. / Li, D.Y. / Yang, B. / Gao, K. / Zhang, Z.Y. / Dong, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j86.cif.gz | 350 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j86.ent.gz | 271.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/8j86 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36061MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 120041.156 Da / 分子数: 1 / 変異: L108F, W411L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: F8L 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXW8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27883.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: E4R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase |
#3: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A22R 発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) 参照: UniProt: Q5IXP2 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: DNA鎖 | 分子量: 7438.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 11605.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸) |
-非ポリマー , 1種, 3分子
#6: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA duplex only タイプ: COMPLEX / 詳細: F8-A22-E4 complex with DNA duplex only / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 191 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 25 mM MOPS, pH 7.0, 200 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, 1 mM TCEP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This is a complex of F8-A22-E4 and DNA duplex only |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected movies are corrected with motion correct | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: 15,300,849 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 960549 / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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