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万見
- PDB-8hdz: Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hdz
タイトルMonkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in an apo form
要素
  • A22 DNA replication processivity factor
  • E4 uracil-DNA glycosylase
  • F8 DNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA replication machinery / F8 / A22 / E4 / DNA polymerase / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae / DNA processivity factor
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / viral DNA genome replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Xu, Y. / Wu, Y. / Zhang, Y. / Fan, R. / Yang, Y. / Li, D. / Yang, B. / Zhang, Z. / Dong, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250710142 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of human monkeypox viral replication complexes with and without DNA duplex.
著者: Yunxia Xu / Yaqi Wu / Yuanyuan Zhang / Ruixin Fan / Yaxue Yang / Danyang Li / Shimin Zhu / Biao Yang / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong /
履歴
登録2022年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F8 DNA polymerase
C: A22 DNA replication processivity factor
B: E4 uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,1293
ポリマ－197,1293
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 F8 DNA polymerase


分子量: 120041.156 Da / 分子数: 1 / 変異: L108F, M411L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: F8L
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5IXW8, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 A22 DNA replication processivity factor


分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: A22R
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5IXP2
#3: タンパク質 E4 uracil-DNA glycosylase


分子量: 27883.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: E4R
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex
タイプ: COMPLEX / 詳細: F8-A22-E4 complex / Entity ID: #1, #3, #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 191 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
緩衝液pH: 8
詳細: 25mM HEPES pH 8.0, 300mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, and 1 mM TCEP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This is a complex of F8-A22-E4
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU9.03画像取得
4cryoSPARCCTF補正
8PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
画像処理詳細: The selected movies are corrected with motion correct
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択詳細: 19,555,002
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 632071 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42616387
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.3821604
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041817
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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