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- PDB-8grq: Cryo-EM structure of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grq
タイトルCryo-EM structure of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • BRCA1-associated RING domain protein 1
  • Breast cancer type 1 susceptibility protein
  • H2B
  • Histone H2A type 1-H
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nucleosome / BRCA1/BARD1 / BRCA1 / BARD1 / H2AK127 / H2AK127-UbcH5c-Ub
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of DNA recombination at telomere / negative regulation of mRNA 3'-end processing / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Condensation of Prophase Chromosomes / Metalloprotease DUBs / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function ...Inhibition of DNA recombination at telomere / negative regulation of mRNA 3'-end processing / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Condensation of Prophase Chromosomes / Metalloprotease DUBs / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / HDACs deacetylate histones / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / PRC2 methylates histones and DNA / BRCA1-B complex / UCH proteinases / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / gamma-tubulin ring complex / RMTs methylate histone arginines / nuclear ubiquitin ligase complex / DNA strand resection involved in replication fork processing / chordate embryonic development / cellular response to indole-3-methanol / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / lateral element / homologous recombination / tissue homeostasis / protein K6-linked ubiquitination / regulation of DNA damage checkpoint / Ub-specific processing proteases / regulation of phosphorylation / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / postreplication repair / DNA repair complex / RNA polymerase binding / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / intracellular non-membrane-bounded organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA-binding transcription activator activity / response to ionizing radiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / localization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein autoubiquitination / regulation of DNA repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ubiquitin ligase complex / nucleosomal DNA binding / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / tubulin binding / male germ cell nucleus / chromosome segregation / cellular response to ionizing radiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / heterochromatin formation / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / negative regulation of cell growth / Metalloprotease DUBs / Meiotic recombination / kinase binding / fatty acid biosynthetic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein catabolic process / structural constituent of chromatin / positive regulation of angiogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / UCH proteinases / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / KEAP1-NFE2L2 pathway / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ring finger / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Histone H3 signature 1. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H4 / Histone H3 / Breast cancer type 1 susceptibility protein / Histone H2A type 1-H / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Ai, H.S. / Zebin, T. / Zhiheng, D. / Jiakun, T. / Liying, Z. / Jia-Bin, L. / Man, P. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 81621002 and 21977090 中国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2023
タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination.
著者: Ai, H.S. / Tong, Z. / Deng, Z. / Tian, J. / Zhang, L. / Sun, M. / Du, Y. / Xu, Z. / Shi, Q. / Liang, L. / Zheng, Q. / Li, J.B. / Pan, M. / Liu, L.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1-H
D: H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-H
H: H2B
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)
K: Breast cancer type 1 susceptibility protein
M: BRCA1-associated RING domain protein 1
N: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,96117
ポリマ－235,69913
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 11分子 AEBFCGDHKMN

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 11530.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALMAC_LOCUS17614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A653DHJ5
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 9123.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Dana\GF27365, Dana_GF27365, GF27365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P9AXL3
#3: タンパク質 Histone H2A type 1-H / H2A-clustered histone 12


分子量: 12066.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2ac12, Hist1h2ah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CGP6
#4: タンパク質 H2B


分子量: 20937.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 Breast cancer type 1 susceptibility protein / RING finger protein 53 / RING-type E3 ubiquitin transferase BRCA1


分子量: 10626.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA1, RNF53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38398, RING-type E3 ubiquitin transferase
#8: タンパク質 BRCA1-associated RING domain protein 1 / BARD-1 / RING-type E3 ubiquitin transferase BARD1


分子量: 10348.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99728, RING-type E3 ubiquitin transferase
#9: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a


分子量: 16657.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D3, hCG_2028213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45604.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45145.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #9, #1-#3, #5-#6, #4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68006 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415439
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74222124
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d31.9994149
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422524
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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