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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8grm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / PRC1 / Ring1B / Bmi1 / H2AK119 / H2AK119-UbcH5c-Ub / Nucleosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I ...histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / anterior/posterior axis specification / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MLL1 complex / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / CENP-A containing nucleosome / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Packaging Of Telomere Ends / ubiquitin ligase complex / energy homeostasis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Maturation of protein E / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Inhibition of DNA recombination at telomere / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / Meiotic synapsis / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / RNA Polymerase I Promoter Opening / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Regulation of pyruvate metabolism / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Pexophagy / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN localization / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / DNA methylation / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Translesion synthesis by POLK / neuron projection morphogenesis / SUMOylation of transcription cofactors / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Condensation of Prophase Chromosomes / Translesion synthesis by POLI / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Ai, H.S. / Zebin, T. / Zhihend, D. / Jiakun, T. / Liying, Z. / Jia-Bin, L. / Man, P. / Liu, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem / 年: 2023 タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination. 著者: Ai, H.S. / Tong, Z. / Deng, Z. / Tian, J. / Zhang, L. / Sun, M. / Du, Y. / Xu, Z. / Shi, Q. / Liang, L. / Zheng, Q. / Li, J.B. / Pan, M. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8grm.cif.gz | 439.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8grm.ent.gz | 332.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8grm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8grm_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8grm_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8grm_validation.xml.gz | 45.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8grm_validation.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/8grm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34207MC 8grqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 7種, 10分子 AEBFCGMNOP
#1: タンパク質 | 分子量: 11562.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC102839401, LOC102825049, LOC102826576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I9KHI6 #2: タンパク質 | 分子量: 9704.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q2SS86 #3: タンパク質 | 分子量: 11995.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908 #6: タンパク質 | | 分子量: 11865.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IB93 #7: タンパク質 | | 分子量: 11530.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99496 #10: タンパク質 | | 分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47 #11: タンパク質 | | 分子量: 16575.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-Histone H2B type 1- ... , 2種, 2分子 DH
#4: タンパク質 | 分子量: 10736.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC12, H2BFT, HIRIP1, HIST1H2BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60814 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 10607.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC12, H2BFT, HIRIP1, HIST1H2BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60814 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#8: DNA鎖 | 分子量: 44217.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#9: DNA鎖 | 分子量: 44992.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 1種, 4分子
#12: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of PRC1 and H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151276 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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