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- PDB-8emw: Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in complex with Gbg on liposomes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8emw
タイトルPhospholipase C beta 3 (PLCb3) in complex with Gbg on liposomes
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
キーワードHYDROLASE / PIP2 degradation / IP3 production / DAG production / G protein signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phosphatidylinositol metabolic process / PLC beta mediated events / regulation of systemic arterial blood pressure / phospholipase C activity / phosphatidylinositol phospholipase C activity / postsynaptic cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / phosphatidylinositol metabolic process / PLC beta mediated events / regulation of systemic arterial blood pressure / phospholipase C activity / phosphatidylinositol phospholipase C activity / postsynaptic cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol-mediated signaling / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / molecular function activator activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / molecular adaptor activity / calmodulin binding / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain ...Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / EF-hand domain pair / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Falzone, M.E. / MacKinnon, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM142137 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: activates hydrolysis by recruiting and orienting on the membrane surface.
著者: Maria E Falzone / Roderick MacKinnon /
要旨: catalyze the hydrolysis of phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate [Formula: see text] into [Formula: see text] [Formula: see text] and [Formula: see text]  [Formula: see text]. [Formula: see text] ... catalyze the hydrolysis of phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate [Formula: see text] into [Formula: see text] [Formula: see text] and [Formula: see text]  [Formula: see text]. [Formula: see text] regulates the activity of many membrane proteins, while and lead to increased intracellular Ca levels and activate protein kinase C, respectively. are regulated by G protein-coupled receptors through direct interaction with [Formula: see text] and [Formula: see text] and are aqueous-soluble enzymes that must bind to the cell membrane to act on their lipid substrate. This study addresses the mechanism by which [Formula: see text] activates 3. We show that 3 functions as a slow Michaelis-Menten enzyme ( [Formula: see text] ) on membrane surfaces. We used membrane partitioning experiments to study the solution-membrane localization equilibrium of 3. Its partition coefficient is such that only a small quantity of 3 exists in the membrane in the absence of [Formula: see text] . When [Formula: see text] is present, equilibrium binding on the membrane surface increases 3 in the membrane, increasing [Formula: see text] in proportion. Atomic structures on membrane vesicle surfaces show that two [Formula: see text] anchor 3 with its catalytic site oriented toward the membrane surface. Taken together, the enzyme kinetic, membrane partitioning, and structural data show that [Formula: see text] activates by increasing its concentration on the membrane surface and orienting its catalytic core to engage [Formula: see text] . This principle of activation explains rapid stimulated catalysis with low background activity, which is essential to the biological processes mediated by [Formula: see text], and .
履歴
登録2022年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年9月25日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_naturalsource.id / _em_entity_assembly_recombinant.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,1406
ポリマ－229,1005
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, complex was observed in the structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3 / Phosphoinositide phospholipase C-beta-3 / Phospholipase C-beta-3 / PLC-beta-3


分子量: 138830.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCB3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q01970, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7717.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in complex with Gbg on liposomesCOMPLEXliposomes contain 2DOPE:1POPC:1POPS lipids#1-#30RECOMBINANT
2phospholipase C beta 3 (PLCb3)COMPLEX#11RECOMBINANT
3human G protein beta subunit 1 (Gb1)COMPLEX#21RECOMBINANT
4bovine G protein gamma subunit 2 (Gg2)COMPLEX#31RECOMBINANT
5human G protein beta subunit 1 (Gb1)COMPLEX#21RECOMBINANT
6bovine G protein gamma subunit 2 (Gg2)COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.23 MDaNO
220.138 MDaNO
33
44
55
66
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Homo sapiens (ヒト)9606
66Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
44Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
55Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
66Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Gbg was reconstituted at 1:15 (wt/wt). Final lipid concentration was 17.5 mM. PLCb3 concentration was 0.5 mg/mL
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影平均露光時間: 4.194 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 27454

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11RELION分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1997424 / 詳細: trained model in crYOLO
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121394 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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