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- PDB-8de6: Oligomeric C9 in complex with aE11 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8de6
タイトルOligomeric C9 in complex with aE11 Fab
要素
  • Complement component C9
  • aE11 Fab VH
  • aE11 Fab VL
キーワードIMMUNE SYSTEM / Membrane Attack Complex / Complement Component 9 / polyC9 / aE11
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response ...cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. ...Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Complement component C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bayly-Jones, C.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP180100040 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT150100049 オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The neoepitope of the complement C5b-9 Membrane Attack Complex is formed by proximity of adjacent ancillary regions of C9.
著者: Charles Bayly-Jones / Bill H T Ho / Corinna Lau / Eleanor W W Leung / Laura D'Andrea / Christopher J Lupton / Susan M Ekkel / Hariprasad Venugopal / James C Whisstock / Tom E Mollnes / ...著者: Charles Bayly-Jones / Bill H T Ho / Corinna Lau / Eleanor W W Leung / Laura D'Andrea / Christopher J Lupton / Susan M Ekkel / Hariprasad Venugopal / James C Whisstock / Tom E Mollnes / Bradley A Spicer / Michelle A Dunstone /
要旨: The Membrane Attack Complex (MAC) is responsible for forming large β-barrel channels in the membranes of pathogens, such as gram-negative bacteria. Off-target MAC assembly on endogenous tissue is ...The Membrane Attack Complex (MAC) is responsible for forming large β-barrel channels in the membranes of pathogens, such as gram-negative bacteria. Off-target MAC assembly on endogenous tissue is associated with inflammatory diseases and cancer. Accordingly, a human C5b-9 specific antibody, aE11, has been developed that detects a neoepitope exposed in C9 when it is incorporated into the C5b-9 complex, but not present in the plasma native C9. For nearly four decades aE11 has been routinely used to study complement, MAC-related inflammation, and pathophysiology. However, the identity of C9 neoepitope remains unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of aE11 in complex with polyC9 at 3.2 Å resolution. The aE11 binding site is formed by two separate surfaces of the oligomeric C9 periphery and is therefore a discontinuous quaternary epitope. These surfaces are contributed by portions of the adjacent TSP1, LDLRA, and MACPF domains of two neighbouring C9 protomers. By substituting key antibody interacting residues to the murine orthologue, we validated the unusual binding modality of aE11. Furthermore, aE11 can recognise a partial epitope in purified monomeric C9 in vitro, albeit weakly. Taken together, our results reveal the structural basis for MAC recognition by aE11.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月25日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年1月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年1月25日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: aE11 Fab VH
F: aE11 Fab VL
A: Complement component C9
B: aE11 Fab VH
I: aE11 Fab VL
C: Complement component C9
G: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,66919
ポリマ－249,8047
非ポリマー1,86512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 EBFI

#1: 抗体 aE11 Fab VH


分子量: 15219.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Papain-treated IgG / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma
#2: 抗体 aE11 Fab VL


分子量: 13927.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Papain-digested IgG / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 ACG

#3: タンパク質 Complement component C9


分子量: 63836.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hepatocytes / 遺伝子: C9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02748
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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糖 , 2種, 9分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9 / タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment of aE11 generated by proteolytic cleavage of aE11 IgG antibody, in complex with recombinant human C9 incubated at 37 degrees Celsius to form homo-oligomeric C9.
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 Expi / プラスミド: pSecTag
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMhepes bufferHEPES1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 52.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 0-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 48248
対称性点対称性: C22 (22回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10061 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 163 / プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16DLW

6dlw

16DLW1PDBexperimental model
23BAE

3bae

13BAE2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0113501
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8818225
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7235068
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0581980
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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