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- PDB-8cwo: Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cwo
タイトルCutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, body domain only in the local refined map
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 13
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / ribosome (リボソーム) / sarecycline / acne (尋常性痤瘡)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S12 signature. / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lomakin, I.B. / Devarkar, S.C. / Bunick, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Almirall, LLC 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of the Cutibacterium acnes 70S ribosome
著者: Lomakin, I.B. / Devarkar, S.C. / Grada, A. / Bunick, C.G.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
H: 30S ribosomal protein S8
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
O: 30S ribosomal protein S15
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
T: 30S ribosomal protein S20
P: 30S ribosomal protein S16
X: 30S ribosomal protein bS22
B: 30S ribosomal protein S2
Y: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)697,95081
ポリマ－696,34615
非ポリマー1,60466
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AY

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 498742.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: GenBank: 2179609306
#15: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 7115.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 DEFHKLOQRTPXB

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23271.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMY9
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 22603.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5L8
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11270.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6L3A1
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14677.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITQ7
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 14194.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I645
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13666.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LJN0
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10102.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I743
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10475.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMS7
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8817.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LI71
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I592
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 15980.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IXM7
#13: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein bS22 / / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein


分子量: 4120.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A533INE0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 31583.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I756

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非ポリマー , 2種, 67分子

#16: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S subunit body domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 30.56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4cryoSPARC3.3.1CTF補正patchCTF
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
8Coot0.9.6 ELモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1モデル精密化
11Coot0.9.6 ELモデル精密化
12cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当Ab-initio
13cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
15cryoSPARC3.3.1３次元再構成Local Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1108852
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70853 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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