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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bvw | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Mammalian PIC / +1 nucleosome / transcription initiation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / ventricular system development ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / ventricular system development / hair follicle maturation / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / hair cell differentiation / snRNA transcription by RNA polymerase II / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / phosphatase activator activity / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / UV protection / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription factor TFIIF complex / DNA 5'-3' helicase / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / G protein-coupled receptor internalization / adult heart development / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / male pronucleus / female pronucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / germinal vesicle / DNA 3'-5' helicase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Viral Messenger RNA Synthesis / hematopoietic stem cell proliferation / 3'-5' DNA helicase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription factor TFIID complex / bone mineralization / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / spinal cord development / protein acetylation / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Sus scrofa (ブタ) unidentified adenovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Abril-Garrido, J. / Dienemann, C. / Grabbe, F. / Velychko, T. / Lidschreiber, M. / Wang, H. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of transcription reduction by a promoter-proximal +1 nucleosome. 著者: Julio Abril-Garrido / Christian Dienemann / Frauke Grabbe / Taras Velychko / Michael Lidschreiber / Haibo Wang / Patrick Cramer / 要旨: At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further ...At active human genes, the +1 nucleosome is located downstream of the RNA polymerase II (RNA Pol II) pre-initiation complex (PIC). However, at inactive genes, the +1 nucleosome is found further upstream, at a promoter-proximal location. Here, we establish a model system to show that a promoter-proximal +1 nucleosome can reduce RNA synthesis in vivo and in vitro, and we analyze its structural basis. We find that the PIC assembles normally when the edge of the +1 nucleosome is located 18 base pairs (bp) downstream of the transcription start site (TSS). However, when the nucleosome edge is located further upstream, only 10 bp downstream of the TSS, the PIC adopts an inhibited state. The transcription factor IIH (TFIIH) shows a closed conformation and its subunit XPB contacts DNA with only one of its two ATPase lobes, inconsistent with DNA opening. These results provide a mechanism for nucleosome-dependent regulation of transcription initiation. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 8bvw.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bvw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 8bvw_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bvw_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bvw_validation.xml.gz | 212.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bvw_validation.cif.gz | 360.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16274MC 8byqC 8bz1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-General transcription ... , 9種, 9分子 023456QRW
#1: タンパク質 | 分子量: 88090.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC3, XPB, XPBC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32780 |
#4: タンパク質 | 分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92759 |
#5: タンパク質 | 分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13888 |
#6: タンパク質 | 分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13889 |
#7: タンパク質 | 分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, C6orf175, TTDA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6ZYL4 |
#26: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269 |
#27: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
#31: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083 |
-タンパク質 , 9種, 13分子 1789Oaebfcgdh
#2: タンパク質 | 分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase | ||||||
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#8: タンパク質 | 分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P51948 | ||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 39090.344 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7, CAK, CAK1, CDKN7, MO15, STK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase | ||||||
#10: タンパク質 | 分子量: 37695.473 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P51946 | ||||||
#25: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20226 | ||||||
#35: タンパク質 | 分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / Mutation: G103A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The mutation reported is found to occur spontaneous when expressing histones in E. coli. 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #36: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #37: タンパク質 | 分子量: 14093.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The mutation reported is found to occur spontaneous when expressing histones in E. coli. 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897 #38: タンパク質 | 分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
-DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 ABCEFGIK
#11: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2, DNA-directed RNA polymerase |
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#12: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase |
#13: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#17: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
#19: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#21: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4 |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#14: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#18: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MUVX
#23: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase |
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#29: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52655 |
#30: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52657 |
#32: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#24: DNA鎖 | 分子量: 67222.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) |
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#28: DNA鎖 | 分子量: 67405.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) |
-Unassigned peptide, likely ... , 2種, 2分子 YZ
#33: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#34: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-非ポリマー , 3種, 19分子
#39: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||
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#40: 化合物 | ChemComp-ZN / #41: 化合物 | ChemComp-MG / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 41.58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 41517 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4667603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188832 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |