+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bg8 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1696 Fab | |||||||||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hansen, G. / Benecke, T. / Vollmer, B. / Gruenewald, K. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses? 著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / ...著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / Zischke, J.-Y. / Cordes, A. / Puppe, W. / Schneider, T. / Hinrichs, I. / Blasczyk, R. / Kleine-Weber, H. / Hoffmann, M. / Hoeper, M. / Kaiser, F.K. / Gonzalez-Hernandez, M. / Armando, F.K. / Ciurkiewicz, M. / Beythien, G. / Poehlmann, S. / Baumgaertner, W. / Gruenewald, K. / Osterhaus, A. / Schulz, T. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bg8.cif.gz | 119.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8bg8.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bg8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bg8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8bg8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bg8_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bg8_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bg8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16026MC 8becC 8bg1C 8bg2C 8bg3C 8bg4C 8bg5C 8bg6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140749.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293ExPi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 28103.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
#3: 抗体 | 分子量: 23701.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241184 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |