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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b6l | ||||||||||||
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| タイトル | Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / membrane protein complex / protein translocation / N-glycosylation / signal peptide insertion | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum quality control compartment ...oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum quality control compartment / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein insertion into ER membrane / oligosaccharyltransferase complex / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / protein targeting to ER / : / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / XBP1(S) activates chaperone genes / glycoprotein biosynthetic process / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / protein N-linked glycosylation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / endoplasmic reticulum organization / epithelial cell apoptotic process / epidermal growth factor binding / azurophil granule membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / Regulation of CDH1 posttranslational processing and trafficking to plasma membrane / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / intracellular membrane-bounded organelle / protein secretion / transmembrane protein transporter activity / blastocyst development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / response to type II interferon / ERAD pathway / rough endoplasmic reticulum / endomembrane system / response to cytokine / post-translational protein modification / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / T cell activation / protein modification process / regulation of protein stability / calcium channel activity / enzyme activator activity / melanosome / ER-Phagosome pathway / ribosome binding / Maturation of spike protein / in utero embryonic development / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body / inflammatory response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gemmer, M. / Fedry, J.M.M. / Forster, F.G. | ||||||||||||
| 資金援助 | European Union, オランダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane. 著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster / ![]() 要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8b6l.cif.gz | 717 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8b6l.ent.gz | 583.8 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8b6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 15870MC ![]() 8b6zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
-Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 ABC
| #1: タンパク質 | 分子量: 52304.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61619 |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P60468 |
| #3: タンパク質 | 分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P60059 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D
| #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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-Translocon-associated protein subunit ... , 4種, 4分子 EFGH
| #5: タンパク質 | 分子量: 32263.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43307 |
|---|---|
| #6: タンパク質 | 分子量: 20154.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43308 |
| #7: タンパク質 | 分子量: 21106.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNL2 |
| #8: タンパク質 | 分子量: 19015.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51571 |
-Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 5種, 5分子 IKMOP
| #9: タンパク質 | 分子量: 80607.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)参照: UniProt: P46977, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
|---|---|
| #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4196.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C6T2 |
| #13: タンパク質 | 分子量: 12503.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61803 |
| #15: タンパク質 | 分子量: 68656.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04843 |
| #16: タンパク質 | 分子量: 69347.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04844 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 JLN
| #10: タンパク質 | 分子量: 16844.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRP0 |
|---|---|
| #12: タンパク質 | 分子量: 9083.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61165 |
| #14: タンパク質 | 分子量: 50854.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39656 |
-詳細
| Has protein modification | Y |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Translocon complex embedded in its native membrane and bound to cytosolic ribosomes Entity ID: all / 由来: NATURAL |
|---|---|
| 分子量 | 実験値: NO |
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 緩衝液 | pH: 7.4 |
| 試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: ER-derived vesicles decorated with cytosolic ribosomes. |
| 試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil |
| 急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: Manual plunger |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 79000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
| 試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
| 撮影 | 平均露光時間: 0.7 sec. / 電子線照射量: 2.3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 8 |
| 画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 7-7 |
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解析
| EMソフトウェア |
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| EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 600 Å / B: 600 Å / C: 600 Å / 空間群名: C1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTF補正 | 詳細: Estimation and correction in WARP/M / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42215 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EM volume selection | 手法: Template matching / Num. of tomograms: 869 / Num. of volumes extracted: 134350 Reference model: Subtomogram average of ER membrane-associated ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |
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Homo sapiens (ヒト)
オランダ, 3件
引用





















PDBj








FIELD EMISSION GUN