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- PDB-8b6h: Cryo-EM structure of cytochrome c oxidase dimer (complex IV) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6h
タイトルCryo-EM structure of cytochrome c oxidase dimer (complex IV) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ...) x 2
  • (SURF1-like protein) x 2
  • (Transmembrane protein, ...) x 12
  • (Zf-Tim10_DDP domain-containing ...) x 2
  • 2-oxoglutarate/malate carrier protein
  • 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
  • ABC transporter
  • Annexin
  • COXBP,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
  • COXTT10
  • COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
  • COXTT22
  • COXTT27
  • COXTT28
  • COXTT9
  • CTF/NF-I domain-containing protein
  • Carrier protein
  • Complex III subunit VII
  • Cullin domain-containing protein
  • Decapping nuclease
  • Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
  • Lysozyme
  • Mobilization protein
  • Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
  • Phage protein
  • Protein phosphatase 2C, putative
  • Structural protein
  • Tim10/DDP family zinc finger protein
  • TraB family protein
  • Transmembrane protein
  • Transposase
  • YflT domain-containing protein
  • Ymf67
  • Ymf68
  • Ymf70
  • Ymf75
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ciliate / mitochondrial / supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / malate transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / succinate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / phosphate ion transmembrane transport / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase ...thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / malate transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / succinate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / phosphate ion transmembrane transport / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / antiporter activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Golgi organization / transmembrane transporter activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / protein transport / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / heme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger ...Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-LPP ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-LPP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ubiquinone-8 / Oxoglutarate/malate translocator protein, putative / Transmembrane protein / SURF1-like protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / SURF1-like protein / Transmembrane protein / Iron-binding zinc finger CDGSH type protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / CTF/NF-I domain-containing protein / Transmembrane protein, putative / Protein phosphatase 2C, putative / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein / Transmembrane protein, putative / Carrier protein / Uncharacterized protein / Tim10/DDP family zinc finger protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / TraB family protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome C oxidase subunit Vb protein / 2-oxoglutarate/malate carrier protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ymf70 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Ymf68 / Ymf67 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Ymf75 / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Tim10/DDP family zinc finger protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Muhleip, A. / Kock Flygaard, R. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip, A. / Flygaard, R.K. / Haapanen, O. / Baradaran, R. / Gruhl, T. / Tobiasson, V. / Marechal, A. / Sharma, V. / Amunts, A.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
DA: Cytochrome c oxidase subunit 1
DB: Cytochrome c oxidase subunit 2
DC: Ymf68
DD: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
DE: Transmembrane protein, putative
DF: Structural protein
DG: Transmembrane protein, putative
DH: Transmembrane protein, putative
DI: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
DJ: Transmembrane protein, putative
DK: CTF/NF-I domain-containing protein
DM: Transmembrane protein, putative
DN: Ymf67
DO: Protein phosphatase 2C, putative
DP: SURF1-like protein
DQ: TraB family protein
DR: Transmembrane protein, putative
DS: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
DT: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial
DU: Carrier protein
DV: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
DW: SURF1-like protein
DX: COXTT9
DY: COXTT10
DZ: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
EA: COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
EB: Transmembrane protein, putative
EC: COXTT27
ED: Ymf75
EE: Mobilization protein
EF: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
EG: COXTT28
EH: Transmembrane protein, putative
EI: Transmembrane protein
EV: Decapping nuclease
EK: Complex III subunit VII
EL: Transmembrane protein, putative
EM: Transmembrane protein, putative
EN: COXTT22
EO: Transmembrane protein, putative
EP: Phage protein
EQ: Transmembrane protein, putative
ER: Lysozyme
ES: Ymf70
ET: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
EU: ABC transporter
EJ: YflT domain-containing protein
EW: Cullin domain-containing protein
EX: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
EY: Annexin
EZ: Transposase
FA: Tim10/DDP family zinc finger protein
Da: Cytochrome c oxidase subunit 1
Db: Cytochrome c oxidase subunit 2
Dc: Ymf68
Dd: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
De: Transmembrane protein, putative
Df: Structural protein
Dg: Transmembrane protein, putative
Dh: Transmembrane protein, putative
Di: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
Dj: Transmembrane protein, putative
Dk: CTF/NF-I domain-containing protein
Dm: Transmembrane protein, putative
Dn: Ymf67
Do: Protein phosphatase 2C, putative
Dp: SURF1-like protein
Dq: TraB family protein
Dr: Transmembrane protein, putative
Ds: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
Dt: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial
Du: Carrier protein
Dv: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
Dw: SURF1-like protein
Dx: COXTT9
Dy: COXTT10
Dz: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
Ea: COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
Eb: Transmembrane protein, putative
Ec: COXTT27
Ed: Ymf75
Ee: Mobilization protein
Ef: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
Eg: COXTT28
Eh: Transmembrane protein, putative
Ei: Transmembrane protein
Ev: Decapping nuclease
Ek: Complex III subunit VII
El: Transmembrane protein, putative
Em: Transmembrane protein, putative
En: COXTT22
Eo: Transmembrane protein, putative
Ep: Phage protein
Eq: Transmembrane protein, putative
Er: Lysozyme
Es: Ymf70
Et: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
Eu: ABC transporter
Ej: YflT domain-containing protein
Ew: Cullin domain-containing protein
Ex: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
Ey: Annexin
Ez: Transposase
Fa: Tim10/DDP family zinc finger protein
Dl: COXBP,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
DL: COXBP,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,468,231351
ポリマ－3,209,322106
非ポリマー258,909245
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 DADaDBDbDDDd

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 80578.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y4
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 72388.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y9
#4: タンパク質 Cytochrome C oxidase subunit Vb protein


分子量: 75431.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23FF5

+
タンパク質 , 34種, 68分子 DCDcDFDfDKDkDNDnDODoDPDpDQDqDSDsDUDuDVDvDWDwDXDxDYDyDZDzEAEa...

#3: タンパク質 Ymf68


分子量: 72782.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y6
#6: タンパク質 Structural protein


分子量: 27946.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q24I72
#11: タンパク質 CTF/NF-I domain-containing protein


分子量: 116812.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22CI1
#13: タンパク質 Ymf67


分子量: 54538.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y7
#14: タンパク質 Protein phosphatase 2C, putative


分子量: 53011.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22FX8
#15: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 47087.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7M1Q4
#16: タンパク質 TraB family protein


分子量: 45064.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23DP7
#18: タンパク質 Oxoglutarate/malate translocator protein, putative


分子量: 40434.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: A4VDV3
#20: タンパク質 Carrier protein


分子量: 37095.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22ZA6
#21: タンパク質 2-oxoglutarate/malate carrier protein


分子量: 36132.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23M99
#22: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 35794.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7LTZ4
#23: タンパク質 COXTT9


分子量: 29865.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7LY65
#24: タンパク質 COXTT10


分子量: 28101.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7MD70
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial


分子量: 27034.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7X4J9
#26: タンパク質 COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein


分子量: 25953.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7M3P9
#28: タンパク質 COXTT27


分子量: 23368.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#29: タンパク質 Ymf75


分子量: 23325.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951A7
#30: タンパク質 Mobilization protein


分子量: 23257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23F08
#31: タンパク質 Iron-binding zinc finger CDGSH type protein


分子量: 21476.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7M8P0
#32: タンパク質 COXTT28


分子量: 11121.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#34: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 20025.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7MKT6
#35: タンパク質 Decapping nuclease


分子量: 10242.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7LVX0
#36: タンパク質 Complex III subunit VII


分子量: 19882.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q230X6
#39: タンパク質 COXTT22


分子量: 17701.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7MFV5
#41: タンパク質 Phage protein


分子量: 14740.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q24C97
#43: タンパク質 Lysozyme


分子量: 12273.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7M9E7
#44: タンパク質 Ymf70


分子量: 10891.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y0
#46: タンパク質 ABC transporter


分子量: 10418.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7LTF1
#47: タンパク質 YflT domain-containing protein


分子量: 19979.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7M8Y9
#48: タンパク質 Cullin domain-containing protein


分子量: 8965.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22N23
#50: タンパク質 Annexin


分子量: 8155.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q233U0
#51: タンパク質 Transposase


分子量: 8081.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22A35
#52: タンパク質 Tim10/DDP family zinc finger protein


分子量: 8008.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7X3D6
#53: タンパク質 COXBP,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein


分子量: 58697.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22RF2

-
Transmembrane protein, ... , 12種, 24分子 DEDeDGDgDHDhDJDjDMDmDRDrEBEbEHEhELElEMEmEOEoEQEq

#5: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15618.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7XCY5
#7: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 12786.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23DS4
#8: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16427.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7MGF9
#10: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26601.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7WZP1
#12: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 57814.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22PJ5
#17: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 41307.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23DG8
#27: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24701.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: I7LZX8
#33: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 20388.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23D87
#37: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18801.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23VY4
#38: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18600.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22DP8
#40: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15588.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23TE5
#42: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14344.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q22W32

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ... , 2種, 4分子 DIDiDTDt

#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 28666.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7X287
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 37552.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q23DZ5

-
Zf-Tim10 DDP domain-containing ... , 2種, 4分子 ETEtEXEx

#45: タンパク質 Zf-Tim10_DDP domain-containing protein


分子量: 10435.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q231A8
#49: タンパク質 Zf-Tim10_DDP domain-containing protein


分子量: 8354.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: W7XDM6

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非ポリマー , 15種, 245分子

#54: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#55: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#56: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#57: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#58: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#59: 化合物...
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#60: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#63: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#64: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#65: 化合物
ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#66: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#67: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#68: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome c oxidase dimer (complex-IV) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 25.66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138746 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002220544
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.462295092
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.44486984
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05929348
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00336004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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