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- PDB-8b6f: Cryo-EM structure of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex-I) f... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6f
タイトルCryo-EM structure of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex-I) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
要素
  • (Acyl carrier ...) x 2
  • (Gamma-carbonic ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase subunit ...) x 5
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase ...) x 7
  • (Transmembrane protein, ...) x 11
  • 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
  • 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
  • ATP synthase subunit e, mitochondrial
  • Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
  • CHCH domain-containing protein
  • COX assembly mitochondrial protein
  • CX9C domain-containing protein
  • Complex I-MNLL
  • DnaJ domain protein
  • ETC complex I subunit motif protein
  • GRAM domain protein
  • Lipid-A-disaccharide synthase
  • NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
  • NADH dehydrogenase, putative
  • ND1b
  • NDUA13
  • NDUB10
  • NDUB15
  • NDUB4
  • NDUB6
  • NDUB8
  • NDUPH2
  • NDUTT15
  • NDUTT16
  • NDUTT17
  • PH domain-containing protein
  • RNase III domain-containing protein
  • Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
  • Thioredoxin
  • Transcription factor apfi protein, putative
  • Transmembrane protein
  • Ymf57
  • Ymf58
  • Ymf62
  • Ymf65
  • Zinc-finger protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ciliate / mitochondrial / complex-I / supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / lipid A biosynthetic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / lipid A biosynthetic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respirasome / chloroplast thylakoid membrane / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / chloroplast / mitochondrial membrane / electron transport chain / phospholipid binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / ribosome / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / : / Dynactin subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. ...Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / : / Dynactin subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Hexapeptide repeat / Soluble ligand binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / SLBB domain / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / Thioredoxin / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / Trimeric LpxA-like superfamily / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / Beta-grasp domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-LPP / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-LPP / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Transmembrane protein, putative / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase, putative / Gamma-carbonic anhydrase / Transmembrane protein / Transcription factor apfi protein, putative / Transmembrane protein, putative / Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Zinc-finger protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein / Transmembrane protein / Thioredoxin / Transmembrane protein, putative / DnaJ domain protein / lipid-A-disaccharide synthase / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / Gamma-carbonic anhydrase / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Uncharacterized protein / ETC complex I subunit motif protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Ymf62 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 5 / NADH dehydrogenase subunit 9 / Ymf58 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / Ymf65 / NADH dehydrogenase subunit 7 / NADH dehydrogenase subunit 2 / NADH dehydrogenase subunit 10 / Ymf57 / GRAM domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muhleip, A. / Kock Flygaard, R. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip, A. / Flygaard, R.K. / Haapanen, O. / Baradaran, R. / Gruhl, T. / Tobiasson, V. / Marechal, A. / Sharma, V. / Amunts, A.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: Lipid-A-disaccharide synthase
A1: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
A2: DnaJ domain protein
A3: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
A4: RNase III domain-containing protein
A5: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
A6: Transmembrane protein, putative
A7: CX9C domain-containing protein
A8: NDUTT15
A9: Transmembrane protein, putative
AA: NADH dehydrogenase subunit 5
AB: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit
AC: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
AD: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
AE: NADH dehydrogenase subunit 7
AF: Ymf65
AG: Transcription factor apfi protein, putative
AH: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
AI: NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit
AJ: Ymf62
AK: Gamma-carbonic anhydrase
AL: NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative
AM: Gamma-carbonic anhydrase
AN: ETC complex I subunit motif protein
AO: NADH dehydrogenase subunit 9
AP: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
AQ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
AR: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
AS: NADH dehydrogenase, putative
AT: NADH dehydrogenase subunit 10
AU: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit
AV: Acyl carrier protein
AW: Acyl carrier protein
AX: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
AY: Ymf58
AZ: Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
B0: Transmembrane protein, putative
B1: ATP synthase subunit e, mitochondrial
B2: GRAM domain protein
B3: Transmembrane protein, putative
B4: Transmembrane protein, putative
B5: Transmembrane protein, putative
B6: ND1b
BA: Transmembrane protein
BB: Transmembrane protein, putative
BC: NDUB8
BD: Transmembrane protein, putative
BE: NDUPH2
BF: NDUB10
BG: NDUA13
BH: NADH dehydrogenase subunit 2
BI: 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
BJ: Thioredoxin
BK: COX assembly mitochondrial protein
BL: Transmembrane protein, putative
BM: Transmembrane protein, putative
BN: PH domain-containing protein
BO: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
BP: NDUB6
BQ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
BR: Zinc-finger protein
BS: NDUB4
BT: NDUB15
BU: NDUTT16
BV: NDUTT17
BW: CHCH domain-containing protein
BX: Transmembrane protein, putative
BY: Ymf57
BZ: Complex I-MNLL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,780,504146
ポリマ－1,714,12569
非ポリマー66,37977
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 36種, 36分子 A0A1A2A3A4A5A7A8AFAGAJANASAYAZB1B2B6BABCBEBFBGBIBJBKBNBPBRBS...

#1: タンパク質 Lipid-A-disaccharide synthase


分子量: 59307.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22E24, lipid-A-disaccharide synthase
#2: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein


分子量: 41375.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MLH2
#3: タンパク質 DnaJ domain protein


分子量: 36878.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DR7
#4: タンパク質 Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II


分子量: 36709.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24HK5
#5: タンパク質 RNase III domain-containing protein


分子量: 35409.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LUQ4
#6: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial


分子量: 33201.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIJ7
#8: タンパク質 CX9C domain-containing protein


分子量: 28412.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MMF4
#9: タンパク質 NDUTT15


分子量: 25493.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#16: タンパク質 Ymf65


分子量: 43146.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951A3
#17: タンパク質 Transcription factor apfi protein, putative


分子量: 39793.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8Q7
#20: タンパク質 Ymf62


分子量: 30448.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y2
#24: タンパク質 ETC complex I subunit motif protein


分子量: 24277.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23ND5
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase, putative


分子量: 20167.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M2Y3
#35: タンパク質 Ymf58


分子量: 13509.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z5
#36: タンパク質 Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein


分子量: 12157.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MA77
#38: タンパク質 ATP synthase subunit e, mitochondrial


分子量: 11283.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22E95
#39: タンパク質 GRAM domain protein


分子量: 10920.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X4R4
#43: タンパク質 ND1b


分子量: 7238.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#44: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 24823.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIE0
#46: タンパク質 NDUB8


分子量: 24150.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M855
#48: タンパク質 NDUPH2


分子量: 22446.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KE0
#49: タンパク質 NDUB10


分子量: 22167.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KG0
#50: タンパク質 NDUA13


分子量: 21045.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M2U4
#52: タンパク質 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein


分子量: 19564.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W11
#53: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 19540.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22AI5
#54: タンパク質 COX assembly mitochondrial protein


分子量: 17078.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M1N8
#57: タンパク質 PH domain-containing protein


分子量: 15785.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22SC4
#59: タンパク質 NDUB6


分子量: 15444.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q231G0
#61: タンパク質 Zinc-finger protein


分子量: 15141.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MK02
#62: タンパク質 NDUB4


分子量: 14410.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MG29
#63: タンパク質 NDUB15


分子量: 14963.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#64: タンパク質 NDUTT16


分子量: 15334.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#65: タンパク質 NDUTT17


分子量: 13983.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
#66: タンパク質 CHCH domain-containing protein


分子量: 13747.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIM0
#68: タンパク質 Ymf57


分子量: 12473.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951C2
#69: タンパク質 Complex I-MNLL


分子量: 12103.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W63

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Transmembrane protein, ... , 11種, 11分子 A6A9B0B3B4B5BBBDBLBMBX

#7: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 29389.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24C39
#10: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26545.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24F24
#37: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 11451.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MI60
#40: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 9942.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VD20
#41: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8787.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DC2
#42: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8445.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIK1
#45: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24419.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22Z32
#47: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 23971.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LT77
#55: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22HE4
#56: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15831.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M9B3
#67: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 13340.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22T55

-
NADH dehydrogenase subunit ... , 5種, 5分子 AAAEAOATBH

#11: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 88179.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 51227.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951B1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 23830.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 10


分子量: 18324.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951B4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#51: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 20899.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q951B2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase ... , 7種, 7分子 ABACAHAIALAUAX

#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit


分子量: 80580.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KA9
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 58690.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950X9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#18: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 32636.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Y3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#19: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 31216.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MEP0
#22: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative


分子量: 28053.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MDW5
#31: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit


分子量: 17381.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LT42
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14416.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 6種, 6分子 ADAPAQARBOBQ

#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 52313.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q23KE4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 22890.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VDQ6
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 22698.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q233X7
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 21642.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MK61
#58: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 15689.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23B10
#60: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 15193.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MAF0

-
Gamma-carbonic ... , 2種, 2分子 AKAM

#21: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 28216.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22XU5
#23: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 25395.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M6S0

-
Acyl carrier ... , 2種, 2分子 AVAW

#32: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 16249.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22XT6
#33: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 15428.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MD12

-
非ポリマー , 13種, 77分子

#70: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#71: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#72: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#73: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#74: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#75: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#76: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#77: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#78: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#79: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#80: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#81: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#82: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase complex (complex-I) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#69 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.52 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 25.66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138746 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003119625
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66161117
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.05446200
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03916910
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00320116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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