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- PDB-8b2l: Cryo-EM structure of the plant 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2l
タイトルCryo-EM structure of the plant 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 22
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
  • 5.8S rRNA
  • 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
  • 5S rRNA
  • eL27 (60S ribosomal protein L27)
  • eL28 (60S ribosomal protein L28)
  • eL31 (60S ribosomal protein L31)
  • eL33 (60S ribosomal protein L35a)
  • eL36 (60S ribosomal protein L36)
  • eL6 (60S ribosomal protein L6)
  • guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • mRNA
  • nascent chain
  • tRNA
  • uL13 (60S ribosomal protein L13a)
  • uL15 (60S ribosomal protein L27a)
  • uL16 (60S ribosomal protein L10)
  • uL2 (60S ribosomal protein L8)
  • uL24 (60S ribosomal protein L26)
  • uL3 (60S ribosomal protein L3)
  • uL4 (60S ribosomal protein L4)
  • uL5 (60S ribosomal protein L11)
  • uL6 (60S ribosomal protein L9)
  • ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like
  • ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / Plant / 80S / rRNA Modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein S12e / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S6, eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L35-like / 60S ribosomal protein L30-like / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4-like / 60S ribosomal protein L37a / 40S ribosomal protein S14-2 / 60S ribosomal protein L11-1 / 40S ribosomal protein S2-3-like / 60S ribosomal protein L21-1-like / 60S ribosomal protein L5-like / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S20-2 / 40S ribosomal protein S27 / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L35a-3 / 60S ribosomal protein L8-like / 60S ribosomal protein L31 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S19-3 / 40S ribosomal protein S18 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L39-3 / 60S ribosomal protein L10-like / 60S ribosomal protein L32-1 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-like / 60S ribosomal protein L3 / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L7-4-like / 60S ribosomal protein L14-1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L44 / 60S ribosomal protein L6-like isoform X1 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S9-2-like / 60S ribosomal protein L27a-3-like / 60S ribosomal protein L24-like / 60S ribosomal protein L22-2-like / 40S ribosomal protein S11-like / 40S ribosomal protein S5-like / 40S ribosomal protein S3-2-like / 60S ribosomal protein L9-1-like / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like / 60S ribosomal protein L38 / 40S ribosomal protein S23 / 60S ribosomal protein L17-1-like / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L28-1-like / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S15a-1 / 60S ribosomal protein L18-2-like / 40S ribosomal protein S15-like / 40S ribosomal protein S10-1-like / 60S ribosomal protein L13a-4 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L26-1-like / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Smirnova, J. / Loerke, J. / Kleinau, G. / Schmidt, A. / Buerger, J. / Meyer, E.H. / Mielke, T. / Scheerer, P. / Bock, R. / Spahn, C.M.T. / Zoschke, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)416210002 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution.
著者: Julia Smirnova / Justus Loerke / Gunnar Kleinau / Andrea Schmidt / Jörg Bürger / Etienne H Meyer / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Ralph Bock / Christian M T Spahn / Reimo Zoschke /
要旨: In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are ...In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are well characterized, high-resolution structures of the eukaryotic 80S ribosomes in the cytosol have been lacking. Here the structure of translating tobacco (Nicotiana tabacum) 80S ribosomes was solved by cryo-electron microscopy with a global resolution of 2.2 Å. The ribosome structure includes two tRNAs, decoded mRNA and the nascent peptide chain, thus providing insights into the molecular underpinnings of the cytosolic translation process in plants. The map displays conserved and plant-specific rRNA modifications and the positions of numerous ionic cofactors, and it uncovers the role of monovalent ions in the decoding centre. The model of the plant 80S ribosome enables broad phylogenetic comparisons that reveal commonalities and differences in the ribosomes of plants and those of other eukaryotes, thus putting our knowledge about eukaryotic translation on a firmer footing.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 40S ribosomal protein S4
k1: 40S ribosomal protein S6
h1: 18S rRNA
l1: 40S ribosomal protein S10-1-like
C1: 40S ribosomal protein S12
D1: 40S ribosomal protein S17-like
E1: 40S ribosomal protein S19-3
F1: 40S ribosomal protein S3a
G1: 40S ribosomal protein S21
H1: 40S ribosomal protein S24
I1: 40S ribosomal protein S25
J1: 40S ribosomal protein S26
K1: 40S ribosomal protein S27
L1: 40S ribosomal protein S28
M1: 40S ribosomal protein S30
N1: ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like
O1: 40S ribosomal protein S7
P1: 40S ribosomal protein S8
Q1: guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
R1: 40S ribosomal protein S20-2
S1: 40S ribosomal protein S14-2
T1: 40S ribosomal protein S23
U1: 40S ribosomal protein S18
V1: 40S ribosomal protein S29
W1: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
X1: 40S ribosomal protein S11-like
Y1: 40S ribosomal protein S15-like
Z1: 40S ribosomal protein SA
a1: 40S ribosomal protein S3-2-like
b1: 40S ribosomal protein S9-2-like
c1: 40S ribosomal protein S2-3-like
d1: 40S ribosomal protein S5-like
e1: 40S ribosomal protein S15a-1
f1: 40S ribosomal protein S16
B1: mRNA
i2: tRNA
W2: tRNA
C3: 5S rRNA
D3: 60S ribosomal protein L13
E3: 60S ribosomal protein L14-1
F3: Ribosomal protein L15
G3: 60S ribosomal protein L18-2-like
H3: Ribosomal protein L19
I3: 60S ribosomal protein L18a
J3: 60S ribosomal protein L21-1-like
K3: 60S ribosomal protein L22-2-like
L3: 60S ribosomal protein L24-like
M3: eL27 (60S ribosomal protein L27)
N3: eL28 (60S ribosomal protein L28)
O3: 60S ribosomal protein L29
P3: 60S ribosomal protein L30-like
Q3: eL31 (60S ribosomal protein L31)
R3: 60S ribosomal protein L32-1
S3: eL33 (60S ribosomal protein L35a)
T3: 60S ribosomal protein L34
U3: eL36 (60S ribosomal protein L36)
V3: Ribosomal protein L37
W3: 60S ribosomal protein L38
X3: 60S ribosomal protein L39-3
Y3: ubiquitin-60S ribosomal protein L40
p3: 60S ribosomal protein L41
Z3: 60S ribosomal protein L44
a3: 60S ribosomal protein L37a
b3: eL6 (60S ribosomal protein L6)
c3: 60S ribosomal protein L7a
d3: uL13 (60S ribosomal protein L13a)
e3: 60S ribosomal protein L23
f3: uL15 (60S ribosomal protein L27a)
g3: uL16 (60S ribosomal protein L10)
h3: 60S ribosomal protein L5-like
j3: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
k3: 60S ribosomal protein L23a
m3: uL24 (60S ribosomal protein L26)
n3: 60S ribosomal protein L35-like
o3: uL2 (60S ribosomal protein L8)
q3: 60S ribosomal protein L7-4-like
r3: uL3 (60S ribosomal protein L3)
s3: uL4 (60S ribosomal protein L4)
t3: uL5 (60S ribosomal protein L11)
u3: uL6 (60S ribosomal protein L9)
l3: nascent chain
A3: 25S rRNA
B3: 5.8S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,262,705373
ポリマ－3,252,15183
非ポリマー10,554290
水122,3586792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 A1k1l1C1D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1O1P1R1S1T1U1V1X1Y1Z1a1b1c1d1e1f1

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29971.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DQ51
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28368.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z3Y7
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S10-1-like


分子量: 23121.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DHU6
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15190.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B129
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like


分子量: 16643.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z9G2
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S19-3


分子量: 16034.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y949
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Protein cyc07


分子量: 29782.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: Q285L8
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9307.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A3T4
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15429.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZXI6
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11795.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A076L2E2
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 14540.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CWI7
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9613.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XJK0
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7481.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AS05
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XGJ0
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22121.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z906
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25164.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CZK3
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S20-2


分子量: 13651.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XHL0
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S14-2


分子量: 16375.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAN1
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15771.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C879
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17578.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YM01
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6455.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DPT4
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like


分子量: 17724.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BW10
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S15-like


分子量: 17274.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DFI4
#28: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 35894.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y4M0
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S3-2-like


分子量: 27758.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BXU2
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S9-2-like


分子量: 23103.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B907
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S2-3-like


分子量: 30652.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAX8
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S5-like


分子量: 23373.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BXT5
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S15a-1 isoform X1


分子量: 14815.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DBQ8
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16731.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AU23

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 h1B1i2W2C3A3B3

#3: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 583622.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)
#35: RNA鎖 mRNA


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)
#36: RNA鎖 tRNA


分子量: 24571.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: 19120
#37: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38328.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: 2276356346
#81: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1098268.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)
#82: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 52563.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: 1782605526

-
タンパク質 , 20種, 20分子 N1Q1W1M3N3Q3S3U3Y3b3d3f3g3j3m3o3r3s3t3u3

#16: タンパク質 ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like


分子量: 17739.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C0C1
#19: タンパク質 guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 36061.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4ABX7
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic


分子量: 17099.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZRI7
#47: タンパク質 eL27 (60S ribosomal protein L27)


分子量: 15722.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AEL0
#48: タンパク質 eL28 (60S ribosomal protein L28)


分子量: 15954.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D1U6
#51: タンパク質 eL31 (60S ribosomal protein L31)


分子量: 13894.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y3V5
#53: タンパク質 eL33 (60S ribosomal protein L35a)


分子量: 12959.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XU79
#55: タンパク質 eL36 (60S ribosomal protein L36)


分子量: 12361.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D2I2
#59: タンパク質 ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14717.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X011
#63: タンパク質 eL6 (60S ribosomal protein L6)


分子量: 25536.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B0G2
#65: タンパク質 uL13 (60S ribosomal protein L13a)


分子量: 23525.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DN49
#67: タンパク質 uL15 (60S ribosomal protein L27a)


分子量: 16578.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BFD5
#68: タンパク質 uL16 (60S ribosomal protein L10)


分子量: 25012.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z2D7
#70: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic


分子量: 20136.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CCH0
#72: タンパク質 uL24 (60S ribosomal protein L26)


分子量: 16748.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DPM5
#74: タンパク質 uL2 (60S ribosomal protein L8)


分子量: 28220.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XXQ5
#76: タンパク質 uL3 (60S ribosomal protein L3)


分子量: 44507.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZLI9
#77: タンパク質 uL4 (60S ribosomal protein L4)


分子量: 44706.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X0M5
#78: タンパク質 uL5 (60S ribosomal protein L11)


分子量: 20794.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAW1
#79: タンパク質 uL6 (60S ribosomal protein L9)


分子量: 22057.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C068

+
60S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 D3E3G3I3J3K3L3O3P3R3T3W3X3p3Z3a3c3e3h3k3n3q3

#38: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23595.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CSN1
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L14-1


分子量: 15443.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A807
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L18-2-like


分子量: 20905.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DF55
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21513.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CP52
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L21-1-like


分子量: 18716.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XCW6
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L22-2-like


分子量: 14277.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BSU3
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L24-like


分子量: 18606.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BHF2
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7132.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YR12
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L30-like


分子量: 12420.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3WZ09
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L32-1


分子量: 15665.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z2X4
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13788.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P41098
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8101.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C4G8
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L39-3


分子量: 6503.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YR32
#60: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P62121
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 12037.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AVP7
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10280.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X5Y9
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29432.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D668
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 15040.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XSQ1
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L5-like


分子量: 34627.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XE16
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / L25


分子量: 17321.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: Q07761
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L35-like


分子量: 14352.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3WY31
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L7-4-like


分子量: 28148.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A5Z2

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 F3H3V3

#40: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24228.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D5P7
#42: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 25055.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X0I4
#56: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10879.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DN51

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 l3

#80: タンパク質・ペプチド nascent chain


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)

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非ポリマー , 6種, 7082分子

#83: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#84: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#85: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#86: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#88: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 27 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335291 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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