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- PDB-8azw: Cryo-EM structure of the plant 60S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8azw
タイトルCryo-EM structure of the plant 60S subunit
要素
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • eL13 (60S ribosomal protein L13)
  • eL14 (60S ribosomal protein L14)
  • eL15 (60S ribosomal protein L15)
  • eL18 (60S ribosomal protein L18)
  • eL19 (60S ribosomal protein L19)
  • eL20 (60S ribosomal protein L18a)
  • eL21 (60S ribosomal protein L21)
  • eL22 (60S ribosomal protein L22)
  • eL24 (60S ribosomal protein L24)
  • eL27 (60S ribosomal protein L27)
  • eL28 (60S ribosomal protein L28)
  • eL29 (60S ribosomal protein L29)
  • eL30 (60S ribosomal protein L30)
  • eL31 (60S ribosomal protein L31)
  • eL32 (60S ribosomal protein L32)
  • eL33 (60S ribosomal protein L35a)
  • eL34 (60S ribosomal protein L34)
  • eL36 (60S ribosomal protein L36)
  • eL37 (60S ribosomal protein L37)
  • eL38 (60S ribosomal protein L38)
  • eL39 (60S ribosomal protein L39)
  • eL40 (60S ribosomal protein L40)
  • eL41 (60S ribosomal protein L41)
  • eL42 (60S ribosomal protein L42)
  • eL43 (60S ribosomal protein L37a)
  • eL6 (60S ribosomal protein L6)
  • eL8 (60S ribosomal protein L7a)
  • nascent chain
  • uL13 (60S ribosomal protein L13a)
  • uL14 (60S ribosomal protein L23)
  • uL15 (60S ribosomal protein L27a)
  • uL16 (60S ribosomal protein L10)
  • uL18 (60S ribosomal protein L5)
  • uL2 (60S ribosomal protein L8)
  • uL22 (60S ribosomal protein L17)
  • uL23 (60S ribosomal protein L23a)
  • uL24 (60S ribosomal protein L26)
  • uL29 (60S ribosomal protein L35)
  • uL3 (60S ribosomal protein L3)
  • uL30 (60S ribosomal protein L7)
  • uL4 (60S ribosomal protein L4)
  • uL5 (60S ribosomal protein L11)
  • uL6 (60S ribosomal protein L9)
キーワードRIBOSOME / Plant / 80S / rRNA Modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6, conserved site-2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L35-like ...: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L35-like / 60S ribosomal protein L30-like / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4-like / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11-1 / 60S ribosomal protein L21-1-like / 60S ribosomal protein L5-like / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L35a-3 / 60S ribosomal protein L8-like / 60S ribosomal protein L31 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L39-3 / 60S ribosomal protein L10-like / 60S ribosomal protein L32-1 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L7-4-like / 60S ribosomal protein L14-1 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L44 / 60S ribosomal protein L6-like isoform X1 / 60S ribosomal protein L27a-3-like / 60S ribosomal protein L24-like / 60S ribosomal protein L22-2-like / 60S ribosomal protein L9-1-like / 60S ribosomal protein L38 / 60S ribosomal protein L17-1-like / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L28-1-like / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L18-2-like / 60S ribosomal protein L13a-4 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L26-1-like / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL23
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Smirnova, J. / Loerke, J. / Kleinau, G. / Schmidt, A. / Buerger, J. / Meyer, E.H. / Mielke, T. / Scheerer, P. / Bock, R. / Spahn, C.M.T. / Zoschke, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)416210002 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution.
著者: Julia Smirnova / Justus Loerke / Gunnar Kleinau / Andrea Schmidt / Jörg Bürger / Etienne H Meyer / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Ralph Bock / Christian M T Spahn / Reimo Zoschke /
要旨: In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are ...In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are well characterized, high-resolution structures of the eukaryotic 80S ribosomes in the cytosol have been lacking. Here the structure of translating tobacco (Nicotiana tabacum) 80S ribosomes was solved by cryo-electron microscopy with a global resolution of 2.2 Å. The ribosome structure includes two tRNAs, decoded mRNA and the nascent peptide chain, thus providing insights into the molecular underpinnings of the cytosolic translation process in plants. The map displays conserved and plant-specific rRNA modifications and the positions of numerous ionic cofactors, and it uncovers the role of monovalent ions in the decoding centre. The model of the plant 80S ribosome enables broad phylogenetic comparisons that reveal commonalities and differences in the ribosomes of plants and those of other eukaryotes, thus putting our knowledge about eukaryotic translation on a firmer footing.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5S rRNA
D: eL13 (60S ribosomal protein L13)
E: eL14 (60S ribosomal protein L14)
F: eL15 (60S ribosomal protein L15)
G: eL18 (60S ribosomal protein L18)
H: eL19 (60S ribosomal protein L19)
I: eL20 (60S ribosomal protein L18a)
J: eL21 (60S ribosomal protein L21)
K: eL22 (60S ribosomal protein L22)
L: eL24 (60S ribosomal protein L24)
M: eL27 (60S ribosomal protein L27)
N: eL28 (60S ribosomal protein L28)
O: eL29 (60S ribosomal protein L29)
P: eL30 (60S ribosomal protein L30)
Q: eL31 (60S ribosomal protein L31)
R: eL32 (60S ribosomal protein L32)
S: eL33 (60S ribosomal protein L35a)
T: eL34 (60S ribosomal protein L34)
U: eL36 (60S ribosomal protein L36)
V: eL37 (60S ribosomal protein L37)
W: eL38 (60S ribosomal protein L38)
X: eL39 (60S ribosomal protein L39)
Y: eL40 (60S ribosomal protein L40)
p: eL41 (60S ribosomal protein L41)
Z: eL42 (60S ribosomal protein L42)
a: eL43 (60S ribosomal protein L37a)
b: eL6 (60S ribosomal protein L6)
c: eL8 (60S ribosomal protein L7a)
d: uL13 (60S ribosomal protein L13a)
e: uL14 (60S ribosomal protein L23)
f: uL15 (60S ribosomal protein L27a)
g: uL16 (60S ribosomal protein L10)
h: uL18 (60S ribosomal protein L5)
j: uL22 (60S ribosomal protein L17)
k: uL23 (60S ribosomal protein L23a)
m: uL24 (60S ribosomal protein L26)
n: uL29 (60S ribosomal protein L35)
o: uL2 (60S ribosomal protein L8)
q: uL30 (60S ribosomal protein L7)
r: uL3 (60S ribosomal protein L3)
s: uL4 (60S ribosomal protein L4)
t: uL5 (60S ribosomal protein L11)
u: uL6 (60S ribosomal protein L9)
l: nascent chain
A: 25S rRNA
B: 5.8S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,992,120207
ポリマ－1,986,17546
非ポリマー5,945161
水79,3744406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area492250 Å2
ΔGint-3585 kcal/mol
Surface area605770 Å2
手法PISA

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 CAB

#1: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38328.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: 2276356346
#45: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1098268.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)
#46: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 52563.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: 1782605526

+
タンパク質 , 41種, 41分子 DEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefg...

#2: タンパク質 eL13 (60S ribosomal protein L13) / 60S ribosomal protein L13


分子量: 23595.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CSN1
#3: タンパク質 eL14 (60S ribosomal protein L14) / 60S ribosomal protein L14-1


分子量: 15443.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A807
#4: タンパク質 eL15 (60S ribosomal protein L15) / Ribosomal protein L15


分子量: 24228.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D5P7
#5: タンパク質 eL18 (60S ribosomal protein L18) / 60S ribosomal protein L18-2-like


分子量: 20905.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DF55
#6: タンパク質 eL19 (60S ribosomal protein L19) / Ribosomal protein L19


分子量: 25055.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X0I4
#7: タンパク質 eL20 (60S ribosomal protein L18a) / 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21513.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CP52
#8: タンパク質 eL21 (60S ribosomal protein L21) / 60S ribosomal protein L21-1-like


分子量: 18716.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XCW6
#9: タンパク質 eL22 (60S ribosomal protein L22) / 60S ribosomal protein L22-2-like


分子量: 14277.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BSU3
#10: タンパク質 eL24 (60S ribosomal protein L24) / 60S ribosomal protein L24-like


分子量: 18606.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BHF2
#11: タンパク質 eL27 (60S ribosomal protein L27) / 60S ribosomal protein L27


分子量: 15722.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AEL0
#12: タンパク質 eL28 (60S ribosomal protein L28) / 60S ribosomal protein L28-1-like


分子量: 15954.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D1U6
#13: タンパク質 eL29 (60S ribosomal protein L29) / 60S ribosomal protein L29


分子量: 7132.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YR12
#14: タンパク質 eL30 (60S ribosomal protein L30) / 60S ribosomal protein L30-like


分子量: 12420.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3WZ09
#15: タンパク質 eL31 (60S ribosomal protein L31) / 60S ribosomal protein L31


分子量: 13894.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y3V5
#16: タンパク質 eL32 (60S ribosomal protein L32) / 60S ribosomal protein L32-1


分子量: 15665.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z2X4
#17: タンパク質 eL33 (60S ribosomal protein L35a) / 60S ribosomal protein L35a-3


分子量: 12959.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XU79
#18: タンパク質 eL34 (60S ribosomal protein L34) / 60S ribosomal protein L34


分子量: 13788.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P41098
#19: タンパク質 eL36 (60S ribosomal protein L36) / 60S ribosomal protein L36


分子量: 12361.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D2I2
#20: タンパク質 eL37 (60S ribosomal protein L37) / Ribosomal protein L37


分子量: 10879.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DN51
#21: タンパク質 eL38 (60S ribosomal protein L38) / 60S ribosomal protein L38


分子量: 8101.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C4G8
#22: タンパク質 eL39 (60S ribosomal protein L39) / 60S ribosomal protein L39-3


分子量: 6503.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YR32
#23: タンパク質 eL40 (60S ribosomal protein L40) / 60S ribosomal protein L40


分子量: 14717.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)
#25: タンパク質 eL42 (60S ribosomal protein L42) / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12037.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AVP7
#26: タンパク質 eL43 (60S ribosomal protein L37a) / 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10280.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X5Y9
#27: タンパク質 eL6 (60S ribosomal protein L6) / 60S ribosomal protein L6-like isoform X1


分子量: 25536.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B0G2
#28: タンパク質 eL8 (60S ribosomal protein L7a) / 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29432.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4D668
#29: タンパク質 uL13 (60S ribosomal protein L13a) / 60S ribosomal protein L13a-4


分子量: 23525.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DN49
#30: タンパク質 uL14 (60S ribosomal protein L23) / 60S ribosomal protein L23


分子量: 15040.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XSQ1
#31: タンパク質 uL15 (60S ribosomal protein L27a) / 60S ribosomal protein L27a-3-like


分子量: 16578.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BFD5
#32: タンパク質 uL16 (60S ribosomal protein L10) / 60S ribosomal protein L10-like


分子量: 25012.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z2D7
#33: タンパク質 uL18 (60S ribosomal protein L5) / 60S ribosomal protein L5-like


分子量: 34627.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XE16
#34: タンパク質 uL22 (60S ribosomal protein L17) / 50S ribosomal protein L22 / chloroplastic


分子量: 20136.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CCH0
#35: タンパク質 uL23 (60S ribosomal protein L23a) / 60S ribosomal protein L23a / L25


分子量: 17321.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: Q07761
#36: タンパク質 uL24 (60S ribosomal protein L26) / 60S ribosomal protein L26-1-like


分子量: 16748.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DPM5
#37: タンパク質 uL29 (60S ribosomal protein L35) / 60S ribosomal protein L35-like


分子量: 14352.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3WY31
#38: タンパク質 uL2 (60S ribosomal protein L8) / 60S ribosomal protein L8-like


分子量: 28220.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XXQ5
#39: タンパク質 uL30 (60S ribosomal protein L7) / 60S ribosomal protein L7-4-like


分子量: 28148.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A5Z2
#40: タンパク質 uL3 (60S ribosomal protein L3) / 60S ribosomal protein L3


分子量: 44507.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZLI9
#41: タンパク質 uL4 (60S ribosomal protein L4) / 60S ribosomal protein L4-like


分子量: 44706.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3X0M5
#42: タンパク質 uL5 (60S ribosomal protein L11) / 60S ribosomal protein L11-1


分子量: 20794.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAW1
#43: タンパク質 uL6 (60S ribosomal protein L9) / 60S ribosomal protein L9-1-like


分子量: 22057.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C068

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 pl

#24: タンパク質・ペプチド eL41 (60S ribosomal protein L41) / 60S ribosomal protein L41


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P62121
#44: タンパク質・ペプチド nascent chain


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)

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非ポリマー , 6種, 4567分子

#47: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#48: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#51: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 27 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335291 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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