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- PDB-8azu: Paired helical tau filaments from high-spin supernatants of aqueo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8azu
タイトルPaired helical tau filaments from high-spin supernatants of aqueous extracts from Alzheimer's disease brains | PHF Tau
要素Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / filaments / tau / PHF / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / main axon / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / main axon / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of long-term synaptic depression / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / dynactin binding / apolipoprotein binding / axolemma / protein polymerization / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / neurofibrillary tangle assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / supramolecular fiber organization / synapse assembly / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / somatodendritic compartment / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / axon cytoplasm / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / response to lead ion / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang, Y. / Stern, M.A. / Meunier, L.A. / Liu, W. / Cai, Y.Q. / Ericsson, M. / Liu, L. / Selkoe, J.D. / Goedert, M. / Scheres, H.W.S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2023
タイトル: Abundant Aβ fibrils in ultracentrifugal supernatants of aqueous extracts from Alzheimer's disease brains.
著者: Andrew M Stern / Yang Yang / Shanxue Jin / Keitaro Yamashita / Angela L Meunier / Wen Liu / Yuqi Cai / Maria Ericsson / Lei Liu / Michel Goedert / Sjors H W Scheres / Dennis J Selkoe /
要旨: Soluble oligomers of amyloid β-protein (Aβ) have been defined as aggregates in supernatants following ultracentrifugation of aqueous extracts from Alzheimer's disease (AD) brains and are believed ...Soluble oligomers of amyloid β-protein (Aβ) have been defined as aggregates in supernatants following ultracentrifugation of aqueous extracts from Alzheimer's disease (AD) brains and are believed to be upstream initiators of synaptic dysfunction, but little is known about their structures. We now report the unexpected presence of Aβ fibrils in synaptotoxic high-speed supernatants from AD brains extracted by soaking in an aqueous buffer. The fibrils did not appear to form during preparation, and their counts by EM correlated with Aβ ELISA quantification. Cryo-EM structures of aqueous Aβ fibrils were identical to those from sarkosyl-insoluble homogenates. The fibrils in aqueous extracts were labeled by lecanemab, an Aβ aggregate-directed antibody reported to improve AD cognitive outcomes. Lecanemab provided protection against aqueous fibril synaptotoxicity. We conclude that fibrils are abundant in aqueous extracts from AD brains and have the same structures as those from plaques. These findings have implications for AD pathogenesis and drug design.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9201
ポリマ－45,9201
非ポリマー00
水00
1
C: Microtubule-associated protein tau
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,5196
ポリマ－275,5196
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.999544, 0.030207), (-0.030207, -0.999544), (1)209.47438, 215.90051, -7.17939
3generate(0.999797, -0.02014), (0.02014, 0.999797), (1)2.1638, -2.12065, -4.78626
4generate(-0.999949, 0.01007), (-0.01007, -0.999949), (1)211.65942, 213.80176, -2.39313
5generate(-0.999949, -0.01007), (0.01007, -0.999949), (1)213.80176, 211.65942, 2.39313
6generate(0.999797, 0.02014), (-0.02014, 0.999797), (1)-2.12065, 2.1638, 4.78626
7generate(0.999189, 0.040271), (-0.040271, 0.999189), (1)-4.19729, 4.36987, 9.57252

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 45919.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Paired helical tau filament in soluble high-molecular weight aggregate fractions extracted from the Alzheimer's disease brain
タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0350 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2022年5月11日
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13REFMACモデル精密化Servalcat
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44535 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 6HRE

6hre


Accession code: 6HRE / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.1→136.284 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / WRfactor Rwork: 0.413 / SU B: 13.241 / SU ML: 0.236 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8206 / Average fsc work: 0.8206 / ESU R: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.413 47394 -
all0.413 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 89.734 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.012577
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016563
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4741.638772
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5771.5791322
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg12.505573
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg4.466102
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.41610115
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg14.8041022
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0650.287
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02630
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0040.0298
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1730.264
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1540.2419
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1580.2257
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0770.2352
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1750.23
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.2220.223
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.1660.2142
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0780.26
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.8947.668295
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.8857.667295
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it14.55711.545367
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other14.53711.577368
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.0710.076282
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other12.0510.129283
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it20.39514.175405
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other20.3714.233406
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it26.209104.473541
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other26.202104.894542
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.1-3.181.04134531.04134530.611.041
3.18-3.2680.65634300.65634300.6860.656
3.268-3.3620.5833450.5833450.7340.58
3.362-3.4660.50931660.50931660.7990.509
3.466-3.5790.46932540.46932540.8040.469
3.579-3.7050.42229440.42229440.8380.422
3.705-3.8450.39529640.39529640.8480.395
3.845-4.0010.37327930.37327930.8550.373
4.001-4.1790.37927050.37927050.8630.379
4.179-4.3830.38125510.38125510.8630.381
4.383-4.620.36724830.36724830.9260.367
4.62-4.90.37722790.37722790.9010.377
4.9-5.2370.33721990.33721990.9470.337
5.237-5.6560.3320040.3320040.8970.33
5.656-6.1950.33318710.33318710.90.333
6.195-6.9250.38316910.38316910.8580.383
6.925-7.9920.40814930.40814930.7990.408
7.992-9.780.47612600.47612600.780.476
9.78-13.7960.4129660.4129660.8910.412
13.796-136.2840.4765430.4765430.9570.476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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