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万見
- PDB-8azs: Type I amyloid-beta 42 filaments from high-spin supernatants of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8azs
タイトルType I amyloid-beta 42 filaments from high-spin supernatants of aqueous extracts from Alzheimer's disease brains | ABeta42
要素Amyloid-beta precursor protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / filaments / Abeta42 / amyloid-beta / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport ...amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / signaling receptor activator activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / learning / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / neuron cellular homeostasis / endocytosis / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle / Platelet degranulation / cell-cell junction
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, Y. / Stern, M.A. / Meunier, L.A. / Liu, W. / Cai, Y.Q. / Ericsson, M. / Liu, L. / Selkoe, J.D. / Goedert, M. / Scheres, H.W.S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2023
タイトル: Abundant Aβ fibrils in ultracentrifugal supernatants of aqueous extracts from Alzheimer's disease brains.
著者: Andrew M Stern / Yang Yang / Shanxue Jin / Keitaro Yamashita / Angela L Meunier / Wen Liu / Yuqi Cai / Maria Ericsson / Lei Liu / Michel Goedert / Sjors H W Scheres / Dennis J Selkoe /
要旨: Soluble oligomers of amyloid β-protein (Aβ) have been defined as aggregates in supernatants following ultracentrifugation of aqueous extracts from Alzheimer's disease (AD) brains and are believed ...Soluble oligomers of amyloid β-protein (Aβ) have been defined as aggregates in supernatants following ultracentrifugation of aqueous extracts from Alzheimer's disease (AD) brains and are believed to be upstream initiators of synaptic dysfunction, but little is known about their structures. We now report the unexpected presence of Aβ fibrils in synaptotoxic high-speed supernatants from AD brains extracted by soaking in an aqueous buffer. The fibrils did not appear to form during preparation, and their counts by EM correlated with Aβ ELISA quantification. Cryo-EM structures of aqueous Aβ fibrils were identical to those from sarkosyl-insoluble homogenates. The fibrils in aqueous extracts were labeled by lecanemab, an Aβ aggregate-directed antibody reported to improve AD cognitive outcomes. Lecanemab provided protection against aqueous fibril synaptotoxicity. We conclude that fibrils are abundant in aqueous extracts from AD brains and have the same structures as those from plaques. These findings have implications for AD pathogenesis and drug design.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Amyloid-beta precursor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5201
ポリマ－4,5201
非ポリマー00
水00
1
H: Amyloid-beta precursor protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1216
ポリマ－27,1216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.998529, -0.054218), (0.054218, 0.998529), (1)5.92354, -5.61063, -4.79488
3generate(-0.999632, 0.027119), (-0.027119, -0.999632), (1)209.81227, 215.58147, -2.39744
4generate(-0.999632, -0.027119), (0.027119, -0.999632), (1)215.58147, 209.81227, 2.39744
5generate(0.998529, 0.054218), (-0.054218, 0.998529), (1)-5.61063, 5.92354, 4.79488
6generate(-0.996692, -0.081277), (0.081277, -0.996692), (1)221.0294, 203.73875, 7.19232

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid-beta precursor protein / APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 ...APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 4520.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I amyloid-beta 42 filaments in soluble high-molecular weight aggregate fractions extracted from Alzheimer's disease brain
タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0350 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2022年5月11日
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13REFMACモデル精密化Servalcat
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 178.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37380 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 7Q4B

7q4b


Accession code: 7Q4B / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.9→81.438 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / WRfactor Rwork: 0.327 / SU B: 6.973 / SU ML: 0.13 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8793 / Average fsc work: 0.8793 / ESU R: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3274 22441 -
all0.3274 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 68.479 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.012255
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016247
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3631.59343
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5161.56568
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.203533
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.2041041
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg16.3921010
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0730.239
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02289
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0251
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1880.232
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1830.2182
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.170.2129
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0770.2157
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0670.21
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.1130.26
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.2030.239
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.1586.232135
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.0996.196135
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it12.1549.336167
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other12.5219.398168
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.6817.496120
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other9.6427.524121
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it16.30410.755176
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other16.25810.787177
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it21.68276.156250
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other22.03676.716251
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.9-2.9751.31816771.31816770.6631.318
2.975-3.0570.73815790.73815790.7470.738
3.057-3.1450.62815700.62815700.8190.628
3.145-3.2420.50915570.50915570.8470.509
3.242-3.3480.4314880.4314880.8780.43
3.348-3.4650.3714430.3714430.8790.37
3.465-3.5960.30913440.30913440.9210.309
3.596-3.7420.27413720.27413720.9270.274
3.742-3.9080.26212720.26212720.9290.262
3.908-4.0990.27111870.27111870.9280.271
4.099-4.320.26411460.26411460.9420.264
4.32-4.5810.27411010.27411010.950.274
4.581-4.8960.25610440.25610440.9640.256
4.896-5.2870.2379470.2379470.9690.237
5.287-5.7890.2028950.2028950.9720.202
5.789-6.4680.2448040.2448040.9490.244
6.468-7.4610.3196960.3196960.8790.319
7.461-9.1190.3416040.3416040.8780.341
9.119-12.8160.3554470.3554470.8940.355
12.816-81.4380.4742670.4742670.9170.474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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