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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ag5 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 | |||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / C16 vaccinia virus protein Ku70/Ku80 DNA binding inhibition | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / DNA ligation ...Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / DNA ligation / regulation of smooth muscle cell proliferation / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / IRF3-mediated induction of type I IFN / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / U3 snoRNA binding / positive regulation of neurogenesis / cellular response to fatty acid / hematopoietic stem cell proliferation / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular hyperosmotic salinity response / telomeric DNA binding / positive regulation of catalytic activity / 2-LTR circle formation / site of DNA damage / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / positive regulation of telomerase activity / enzyme activator activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / activation of innate immune response / telomere maintenance / cyclin binding / neurogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / scaffold protein binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription regulator complex / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Rivera-Calzada, A. / Arribas-Bosacoma, R. / Pearl, L.H. / Llorca, O. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inactivation of cytosolic DNA sensing by the vaccinia virus. 著者: Angel Rivera-Calzada / Raquel Arribas-Bosacoma / Alba Ruiz-Ramos / Paloma Escudero-Bravo / Jasminka Boskovic / Rafael Fernandez-Leiro / Antony W Oliver / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / ![]() ![]() 要旨: Detection of cytosolic DNA is a central element of the innate immunity system against viral infection. The Ku heterodimer, a component of the NHEJ pathway of DNA repair in the nucleus, functions as ...Detection of cytosolic DNA is a central element of the innate immunity system against viral infection. The Ku heterodimer, a component of the NHEJ pathway of DNA repair in the nucleus, functions as DNA sensor that detects dsDNA of viruses that replicate in the cytoplasm. Vaccinia virus expresses two proteins, C4 and C16, that inactivate DNA sensing and enhance virulence. The structural basis for this is unknown. Here we determine the structure of the C16 - Ku complex using cryoEM. Ku binds dsDNA by a preformed ring but C16 sterically blocks this access route, abrogating binding to a dsDNA end and its insertion into DNA-PK, thereby averting signalling into the downstream innate immunity system. C4 replicates these activities using a domain with 54% identity to C16. Our results reveal how vaccinia virus subverts the capacity of Ku to recognize viral DNA. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 316.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 737.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15416MC ![]() 8ag3C ![]() 8ag4C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74234.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 85546.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
#3: タンパク質 | 分子量: 42476.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR010, C10L, VACWR209 / プラスミド: pET-52b(+) 詳細 (発現宿主): Original plasmid modified so MCS contains TEV-TwinStrep 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.230 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 13216 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 12495814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152123 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: Initial model for chains C and D was generated using AlphaFold2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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