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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a5o | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / chromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / telomere maintenance via recombination ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / ascospore wall assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / actin cortical patch / regulation of TOR signaling / Swr1 complex / telomere maintenance via recombination / kinetochore assembly / mitotic recombination / Ino80 complex / regulation of metabolic process / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / DNA duplex unwinding / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / chromosome, centromeric region / protein secretion / subtelomeric heterochromatin formation / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / double-strand break repair / chromatin organization / histone binding / chromosome, telomeric region / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / cytoskeleton / DNA repair / chromatin binding / DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kunert, F. / Metzner, F.J. / Eustermann, S. / Jung, J. / Woike, S. / Schall, K. / Kostrewa, D. / Hopfner, K.P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex. 著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner / 要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a5o.cif.gz | 347.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a5o.ent.gz | 265.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a5o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a5o_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a5o_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a5o_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a5o_validation.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15179MC 8a5aC 8a5dC 8a5pC 8a5qC 8atfC 8av6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 GUVWX
#1: タンパク質 | 分子量: 72170.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: INO80, YGL150C, G1880 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P53115, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 100322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP8, YOR141C, YOR3348C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12386 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41735.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ACT1, ABY1, END7, YFL039C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60010 |
#4: タンパク質 | 分子量: 54894.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP4, ACT3, YJL081C, J1012 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P80428 |
#5: タンパク質 | 分子量: 13111.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IES4, YOR189W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08561 |
-非ポリマー , 2種, 6分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47.37 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250000 / 対称性のタイプ: POINT |