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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a1s | |||||||||
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タイトル | Structure of murine perforin-2 (Mpeg1) pore in twisted form | |||||||||
要素 | Macrophage-expressed gene 1 protein | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / pore forming protein / MACPF / beta-barrel / immunity | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane ...dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu, X. / Ni, T. / Zhang, P. / Gilbert, R. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of perforin-2 in isolation and assembled on a membrane suggest a mechanism for pore formation. 著者: Xiulian Yu / Tao Ni / George Munson / Peijun Zhang / Robert J C Gilbert / 要旨: Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a ...Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a pore-forming structure upon acidification; but its mechanism of conformational transition has been debated. Here we used cryo-electron microscopy, tomography and subtomogram averaging to determine structures of PFN2 in pre-pore and pore conformations in isolation and bound to liposomes. In isolation and upon acidification, the pre-assembled complete pre-pore rings convert to pores in both flat ring and twisted conformations. On membranes, in situ assembled PFN2 pre-pores display various degrees of completeness; whereas PFN2 pores are mainly incomplete arc structures that follow the same subunit packing arrangements as found in isolation. Both assemblies on membranes use their P2 β-hairpin for binding to the lipid membrane surface. Overall, these structural snapshots suggest a molecular mechanism for PFN2 pre-pore to pore transition on a targeted membrane, potentially using the twisted pore as an intermediate or alternative state to the flat conformation, with the capacity to cause bilayer distortion during membrane insertion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a1s.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a1s.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8a1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a1s_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a1s_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a1s_validation.xml.gz | 238.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a1s_validation.cif.gz | 357.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15086MC 8a1dC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71359.812 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mpeg1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1L314 #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: murine perforin-2 ectodomain in twisted pore form / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 3.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116274 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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