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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z8l | ||||||||||||
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タイトル | Cytoplasmic dynein light intermediate chain (B1) bound to the motor domain (A2). | ||||||||||||
![]() | (Cytoplasmic dynein 1 ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Dynein / dynactin / cargo transport / activating adaptor / cytoskeleton | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / dynein heavy chain binding / establishment of spindle localization / axonemal dynein complex / positive regulation of spindle assembly / dynein complex / P-body assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity ...positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / dynein heavy chain binding / establishment of spindle localization / axonemal dynein complex / positive regulation of spindle assembly / dynein complex / P-body assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / nuclear migration / centrosome localization / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / cytoplasmic microtubule organization / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / axon cytoplasm / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / mitotic spindle organization / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / azurophil granule lumen / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell cortex / microtubule / cell division / centrosome / Neutrophil degranulation / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||||||||
![]() | Chaaban, S. / Carter, A.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding. 著者: Sami Chaaban / Andrew P Carter / ![]() 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 504.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 332.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14556MC ![]() 7z8fC ![]() 7z8gC ![]() 7z8hC ![]() 7z8iC ![]() 7z8jC ![]() 7z8kC ![]() 7z8mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytoplasmic dynein 1 ... , 2種, 2分子 fq
#1: タンパク質 | 分子量: 533055.125 Da / 分子数: 1 / 変異: E1518K, R1567K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q14204 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54173.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O43237 |
-非ポリマー , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: 20 second incubation |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 88715 詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 53 movie frames |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105050 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |