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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ybn | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 C.1.2 variant spike (Open state) | ||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Lambda / spike | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.82 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Fu, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Virol Sin / 年: 2022 タイトル: Structures of SARS-CoV-2 spike protein alert noteworthy sites for the potential approaching variants. 著者: Xiaorui Xing / Lei Wang / Zhen Cui / Wangjun Fu / Tao Zheng / Lili Qin / Pingju Ge / Aidong Qian / Nan Wang / Shuai Yuan / 要旨: • Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more ...• Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more difficult. • The overall structures of the closed state S complex from different variants resemble each other. • Mutations in FPPR may affect the overall structure of the trimeric spike protein. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ybn.cif.gz | 562.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ybn.ent.gz | 456.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ybn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ybn_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ybn_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ybn_validation.xml.gz | 91.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ybn_validation.cif.gz | 134.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7ybn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7ybn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33727MC 7ybhC 7ybiC 7ybjC 7ybkC 7yblC 7ybmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141172.438 Da / 分子数: 3 / 変異: A892P, A899P, A942P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 lambda variant spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212138 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3.82 Å |