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タイトルStructures of SARS-CoV-2 spike protein alert noteworthy sites for the potential approaching variants.
ジャーナル・号・ページVirol Sin, Vol. 37, Issue 6, Page 938-941, Year 2022
掲載日2022年11月8日
著者Xiaorui Xing / Lei Wang / Zhen Cui / Wangjun Fu / Tao Zheng / Lili Qin / Pingju Ge / Aidong Qian / Nan Wang / Shuai Yuan /
PubMed 要旨• Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more ...• Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more difficult. • The overall structures of the closed state S complex from different variants resemble each other. • Mutations in FPPR may affect the overall structure of the trimeric spike protein.
リンクVirol Sin / PubMed:36368512 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.45 - 4.1 Å
構造データ

33721

7ybh

EMDB-33721, PDB-7ybh:
SARS-CoV-2 lambda variant spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

33722

7ybi

EMDB-33722, PDB-7ybi:
SARS-CoV-2 Mu variant spike (open state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

33723

7ybj

EMDB-33723, PDB-7ybj:
SARS-CoV-2 Mu variant spike(close state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

33724

7ybk

EMDB-33724, PDB-7ybk:
SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

33725

7ybl

EMDB-33725, PDB-7ybl:
SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (close state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

33726

7ybm

EMDB-33726, PDB-7ybm:
SARS-CoV-2 C.1.2 variant spike (Close state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

33727

7ybn

EMDB-33727, PDB-7ybn:
SARS-CoV-2 C.1.2 variant spike (Open state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Lambda / spike / Mu / B.1.620

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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