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万見
- PDB-7wsv: Cryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pann... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wsv
タイトルCryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 in a nanodisc
要素Pannexin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP release channel / vertebrate innexin homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion transmembrane transport / monoatomic anion channel activity / gap junction ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion transmembrane transport / monoatomic anion channel activity / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / oogenesis / response to ATP / The NLRP3 inflammasome / monoatomic cation transport / response to ischemia / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium channel activity / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell signaling / protease binding / scaffold protein binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kuzuya, M. / Hirano, H. / Hayashida, K. / Watanabe, M. / Kobayashi, K. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y. / Oshima, A.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20ae0101051 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP20H03165 日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)JP20am0101118 日本
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2022
タイトル: Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids.
著者: Maki Kuzuya / Hidemi Hirano / Kenichi Hayashida / Masakatsu Watanabe / Kazumi Kobayashi / Tohru Terada / Md Iqbal Mahmood / Florence Tama / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / Atsunori Oshima /
要旨: Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and ...Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and its regulation by the amino terminus in phospholipids. The wild-type channel has an amino-terminal funnel in the pore, but in the presence of the inhibitor probenecid, a cytoplasmically oriented amino terminus and phospholipids obstruct the pore. Functional analysis using whole-cell patch-clamp and oocyte voltage clamp showed that PANX1 lacking the amino terminus did not open and had a dominant negative effect on channel activity, thus confirming that the amino-terminal domain played an essential role in channel opening. These observations suggest that dynamic conformational changes in the amino terminus of human PANX1 are associated with lipid movement in and out of the pore. Moreover, the data provide insight into the gating mechanism of PANX1 and, more broadly, other large-pore channels.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2022年2月16日ID: 7F8Q
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32768
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pannexin-1
B: Pannexin-1
C: Pannexin-1
D: Pannexin-1
E: Pannexin-1
F: Pannexin-1
G: Pannexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,6887
ポリマ－321,6887
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1chain "G"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PHESERA1 - 293
d_21ens_1PHESERB1 - 293
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d_41ens_1PHESERD1 - 293
d_51ens_1PHESERE1 - 293
d_61ens_1PHESERF1 - 293
d_71ens_1PHESERG1 - 293

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.613629934666, 0.789591833343, 0.00174355977602), (-0.789593600655, 0.613626920307, 0.00198707783369), (0.00049908521397, -0.00259603408276, 0.999996505754)-39.8047144705, 116.157760875, 0.260206785406
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4given(-0.90715832828, -0.420779400902, -0.00290915939509), (0.420785177567, -0.907158603104, -0.00176157732477), (-0.00189783352169, -0.00282216069371, 0.999994216802)229.173607694, 146.780154921, 0.549443069318
5given(-0.246244026463, -0.969192986796, 0.00536970910728), (0.969199894614, -0.246215758733, 0.00541889584657), (-0.00392984884864, 0.00653869223313, 0.999970900473)218.224593051, 27.4460860183, -0.292758491147
6given(0.612714368642, -0.79030289823, -0.00155932968714), (0.790300666127, 0.612704158045, 0.00429788711385), (-0.00244122485927, -0.00386571647991, 0.999989548274)116.270376641, -39.6699957499, 0.761742176078

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要素

#1: タンパク質
Pannexin-1


分子量: 45955.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX1, MRS1, UNQ2529/PRO6028 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RD7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 was used.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acidHEPES1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 3.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA KF80 / 凍結剤: ETHANE
詳細: Blot for 10 seconds at room temperature followed by plunge freezing. Humidity and temperature are not controlled.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3000SFF
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / 倍率（補正後）: 40600 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Calibrated defocus min: 1400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 1.6 mm
試料ホルダ凍結剤: HELIUM / 試料ホルダーモデル: JEOL / 最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3587
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
9RELION3初期オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 3005895
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98796 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 344.6 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 94.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316807
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.717222799
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04212716
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00382751
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.83232184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708508705703
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0998668770296
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710370377874
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0655880660261
ens_1d_6AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709184332723
ens_1d_7AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710600012715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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