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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wsv | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the N-terminal deletion mutant of human pannexin-1 in a nanodisc | ||||||||||||
要素 | Pannexin-1 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ATP release channel / vertebrate innexin homolog | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / oogenesis / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kuzuya, M. / Hirano, H. / Hayashida, K. / Watanabe, M. / Kobayashi, K. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y. / Oshima, A. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Signal / 年: 2022 タイトル: Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids. 著者: Maki Kuzuya / Hidemi Hirano / Kenichi Hayashida / Masakatsu Watanabe / Kazumi Kobayashi / Tohru Terada / Md Iqbal Mahmood / Florence Tama / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / Atsunori Oshima / 要旨: Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and ...Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and its regulation by the amino terminus in phospholipids. The wild-type channel has an amino-terminal funnel in the pore, but in the presence of the inhibitor probenecid, a cytoplasmically oriented amino terminus and phospholipids obstruct the pore. Functional analysis using whole-cell patch-clamp and oocyte voltage clamp showed that PANX1 lacking the amino terminus did not open and had a dominant negative effect on channel activity, thus confirming that the amino-terminal domain played an essential role in channel opening. These observations suggest that dynamic conformational changes in the amino terminus of human PANX1 are associated with lipid movement in and out of the pore. Moreover, the data provide insight into the gating mechanism of PANX1 and, more broadly, other large-pore channels. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wsv.cif.gz | 371.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wsv.ent.gz | 303.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wsv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wsv_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wsv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wsv_validation.xml.gz | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wsv_validation.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45955.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX1, MRS1, UNQ2529/PRO6028 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RD7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heptamar of N-terminal deleted human pannexin-1 in a nanodisc タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 was used. | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA KF80 / 凍結剤: ETHANE 詳細: Blot for 10 seconds at room temperature followed by plunge freezing. Humidity and temperature are not controlled. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3000SFF |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 30000 X / 倍率(補正後): 40600 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Calibrated defocus min: 1400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3500 nm / Cs: 1.6 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: HELIUM / 試料ホルダーモデル: JEOL / 最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3587 |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3005895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98796 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 344.6 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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