[日本語] English
万見
- PDB-7wff: Subcomplexes B,M and L in the Cylic electron transfer supercomple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wff
タイトルSubcomplexes B,M and L in the Cylic electron transfer supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis
要素
  • (NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ...) x 6
  • (Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ...) x 4
  • (Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ...) x 4
  • Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
  • NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
  • NDH dependent flow 6
キーワードELECTRON TRANSPORT / Subcomplex B / subcomplex M / subcomplex L / Arabidopisis / plant / cyclic electron transport supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen / chloroplast membrane / protein histidine kinase binding / P450-containing electron transport chain / chloroplast thylakoid ...NAD(P)H dehydrogenase complex assembly / nitrite reductase complex [NAD(P)H] / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen / chloroplast membrane / protein histidine kinase binding / P450-containing electron transport chain / chloroplast thylakoid / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / ubiquinone biosynthetic process / thylakoid / NADPH dehydrogenase activity / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / plastid / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem I / NADH dehydrogenase activity / : / chloroplast thylakoid membrane / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / photosynthesis / aerobic respiration / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / protein folding / carbohydrate binding / response to oxidative stress / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / : / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 ...Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / : / PsbP, C-terminal / PsbP / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / PsbQ-like domain superfamily / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Cyclophilin-like domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Galactose mutarotase-like domain superfamily / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Beta-grasp domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-SQD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NDH dependent flow 6 / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-SQD / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NDH dependent flow 6 / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Pan, X.W. / Li, M.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770778 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970264 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022
タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana.
著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants.
履歴
登録2021年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-32464
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32464
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
B: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic
C: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
D: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
E: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
F: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
G: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
a: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic
b: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic
c: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic
d: NDH dependent flow 6
e: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
f: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic
g: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
h: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic
i: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic
j: Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)565,36821
ポリマ－562,95117
非ポリマー2,4174
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 6種, 6分子 ABCEFG

#1: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 1 / NDH subunit 1 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 1


分子量: 40041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q37165, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / subunit 2 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 2


分子量: 57018.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A1B1W4Z4, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#3: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 3 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 3


分子量: 13846.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56751, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#5: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 4L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 4L


分子量: 11297.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P26289, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#6: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 5 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 5


分子量: 85300.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56752, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#7: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 6 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 6


分子量: 19218.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95695, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

-
タンパク質 , 3種, 3分子 Ddj

#4: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 56992.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A1B1W4Z0, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#11: タンパク質 NDH dependent flow 6


分子量: 18699.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B3H6Z4
#17: タンパク質 Isoform 2 of Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 5, chloroplastic / Cyclophilin of 20 kDa 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-2 / PPIase CYP20-2 / Rotamase ...Cyclophilin of 20 kDa 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-2 / PPIase CYP20-2 / Rotamase CYP20-2 / Thylakoid lumen PPIase of 20 kDa / TLP20


分子量: 27915.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ASS6, peptidylprolyl isomerase

-
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ... , 4種, 4分子 abce

#8: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / Protein PnsB1 / NAD(P)H DEHYDROGENASE SUBUNIT 48 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 1


分子量: 51080.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S9N6
#9: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / Protein PnsB2 / NAD(P)H DEHYDROGENASE SUBUNIT 45 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 2


分子量: 38048.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94AQ8
#10: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / Protein PnsB3 / NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 4


分子量: 22448.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LU21
#12: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Protein PnsB5 / NAD(P)H dehydrogenase 18


分子量: 23767.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FG89

-
Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ... , 4種, 4分子 fghi

#13: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / PsbP-like protein 2


分子量: 26997.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O80634
#14: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic / PsbQ-like protein 1


分子量: 22183.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XI73
#15: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / PsbQ-like protein 2


分子量: 24811.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SGH4
#16: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4, chloroplastic / FK506-binding protein 16-2 / AtFKBP16-2 / Immunophilin FKBP16-2 / Peptidyl-prolyl cis-trans ...FK506-binding protein 16-2 / AtFKBP16-2 / Immunophilin FKBP16-2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP16-2 / PPIase FKBP16-2 / Rotamase


分子量: 23282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SCY3, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#18: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#20: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136022 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00632900
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89144616
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.19611736
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0485061
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065530

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る