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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vyh | ||||||||||||
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タイトル | Matrix arm of deactive state CI from Rotenone dataset | ||||||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / mammalian / mitochondrial / respiratory / complex I | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / cardiac muscle tissue development / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport ...RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / cardiac muscle tissue development / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl binding / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / electron transport chain / negative regulation of cell growth / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / nuclear body / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Gu, J.K. / Yang, M.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I. 著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang / ![]() 要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 629.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 510.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 145.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32205MC ![]() 7v2cC ![]() 7v2dC ![]() 7v2eC ![]() 7v2fC ![]() 7v2hC ![]() 7v2kC ![]() 7v2rC ![]() 7v30C ![]() 7v31C ![]() 7v32C ![]() 7v33C ![]() 7v3mC ![]() 7vb7C ![]() 7vblC ![]() 7vbnC ![]() 7vbpC ![]() 7vbzC ![]() 7vc0C ![]() 7vwjC ![]() 7vwlC ![]() 7vxpC ![]() 7vxsC ![]() 7vxuC ![]() 7vy1C ![]() 7vy8C ![]() 7vy9C ![]() 7vyaC ![]() 7vyeC ![]() 7vyfC ![]() 7vygC ![]() 7vyiC ![]() 7vynC ![]() 7vysC ![]() 7vz1C ![]() 7vz8C ![]() 7vzvC ![]() 7vzwC ![]() 7w00C ![]() 7w0hC ![]() 7w0rC ![]() 7w0yC ![]() 7w1oC ![]() 7w1pC ![]() 7w1tC ![]() 7w1uC ![]() 7w1vC ![]() 7w1zC ![]() 7w20C ![]() 7w2kC ![]() 7w2lC ![]() 7w2rC ![]() 7w2uC ![]() 7w2yC ![]() 7w31C ![]() 7w32C ![]() 7w35C ![]() 7w4cC ![]() 7w4dC ![]() 7w4eC ![]() 7w4fC ![]() 7w4gC ![]() 7w4jC ![]() 7w4kC ![]() 7w4lC ![]() 7w4mC ![]() 7w4nC ![]() 7w4qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO
#1: タンパク質 | 分子量: 47265.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F1RVN1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5046.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 23826.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 BCLPQT
#2: タンパク質 | 分子量: 20207.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 17874.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 14442.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 24521.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 44040.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 10567.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 EFHINW
#4: タンパク質 | 分子量: 13812.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9841.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 12949.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 12517.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 17031.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3204.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 3分子 GJM
#6: タンパク質 | 分子量: 10133.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 38840.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 75770.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 10種, 16分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
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![](data/chem/img/ZN.gif)
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![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-SF4 / #20: 化合物 | ChemComp-FMN / | #21: 化合物 | ChemComp-PEE / | #22: 化合物 | ChemComp-PLX / ( | #23: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | #24: 化合物 | ChemComp-NDP / | #25: 化合物 | #26: 化合物 | ChemComp-MG / | #27: 化合物 | ChemComp-CDL / | #28: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory complex I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63623 / 対称性のタイプ: POINT |