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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vy1 | ||||||||||||
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タイトル | Membrane arm of deactive state CI from Q10 dataset | ||||||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / mammalian / mitochondrial / respiratory / complex I | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / gliogenesis / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / gliogenesis / Mitochondrial protein degradation / neural precursor cell proliferation / mitochondrial large ribosomal subunit / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / deoxynucleoside kinase activity / respiratory chain complex I / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / reactive oxygen species metabolic process / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / nuclear speck / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Gu, J.K. / Yang, M.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I. 著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang / ![]() 要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 976.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 792.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 130.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 186.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32191MC ![]() 7v2cC ![]() 7v2dC ![]() 7v2eC ![]() 7v2fC ![]() 7v2hC ![]() 7v2kC ![]() 7v2rC ![]() 7v30C ![]() 7v31C ![]() 7v32C ![]() 7v33C ![]() 7v3mC ![]() 7vb7C ![]() 7vblC ![]() 7vbnC ![]() 7vbpC ![]() 7vbzC ![]() 7vc0C ![]() 7vwjC ![]() 7vwlC ![]() 7vxpC ![]() 7vxsC ![]() 7vxuC ![]() 7vy8C ![]() 7vy9C ![]() 7vyaC ![]() 7vyeC ![]() 7vyfC ![]() 7vygC ![]() 7vyhC ![]() 7vyiC ![]() 7vynC ![]() 7vysC ![]() 7vz1C ![]() 7vz8C ![]() 7vzvC ![]() 7vzwC ![]() 7w00C ![]() 7w0hC ![]() 7w0rC ![]() 7w0yC ![]() 7w1oC ![]() 7w1pC ![]() 7w1tC ![]() 7w1uC ![]() 7w1vC ![]() 7w1zC ![]() 7w20C ![]() 7w2kC ![]() 7w2lC ![]() 7w2rC ![]() 7w2uC ![]() 7w2yC ![]() 7w31C ![]() 7w32C ![]() 7w35C ![]() 7w4cC ![]() 7w4dC ![]() 7w4eC ![]() 7w4fC ![]() 7w4gC ![]() 7w4jC ![]() 7w4kC ![]() 7w4lC ![]() 7w4mC ![]() 7w4nC ![]() 7w4qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase ... , 18種, 18分子 QSUVWYZabcdghnpuvw
#1: タンパク質 | 分子量: 53735.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8088.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 9225.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 14686.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 16911.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 11939.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 11128.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 21587.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 15603.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 21702.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 20944.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 14327.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 12506.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 7044.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 21864.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 20064.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 16356.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 40476.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 5種, 5分子 Xefjo
#6: タンパク質 | 分子量: 17308.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 17384.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 8664.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 12798.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 15117.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 iklmrs
#17: タンパク質 | 分子量: 39077.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O79875, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#19: タンパク質 | 分子量: 10827.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P56632, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#20: タンパク質 | 分子量: 68267.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q71K68, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#21: タンパク質 | 分子量: 19021.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O79882, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#25: タンパク質 | 分子量: 51853.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7IIB7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#26: タンパク質 | 分子量: 35667.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O79874, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-非ポリマー , 6種, 24分子 ![](data/chem/img/PEE.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/PLX.gif)
![](data/chem/img/UQ.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/PLX.gif)
![](data/chem/img/UQ.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#30: 化合物 | ChemComp-PEE / #31: 化合物 | ChemComp-CDL / #32: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | #33: 化合物 | ChemComp-PLX / ( #34: 化合物 | ChemComp-UQ / | #35: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory complex I / タイプ: COMPLEX Entity ID: #1-#2, #5, #7-#8, #10-#12, #14-#16, #19, #23-#24, #27 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193234 / 対称性のタイプ: POINT |