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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7unv | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() translational initiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Basu, R.S. / Sherman, M.B. / Gagnon, M.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation 著者: Basu, R.S. / Sherman, M.B. / Gagnon, M.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26634MC ![]() 7unqC ![]() 7unrC ![]() 7untC ![]() 7unuC ![]() 7unwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2 collected on Gatan K3 in Super Resolution [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 avwAB
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 497973.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 24846.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiator Methionine tRNA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#23: RNA鎖 | ![]() 分子量: 7804.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#25: RNA鎖 | ![]() 分子量: 937132.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#26: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38596.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 27376.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: O82850 |
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#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 25887.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWE1 |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 23318.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: O52759 |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 17650.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWF2 |
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 16189.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HUM9 |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 17541.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWD1 |
#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 14190.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWE9 |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 14643.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HVY3 |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 11786.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWD4 |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 13654.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWF8 |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 13830.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWD0 |
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 13292.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWF7 |
#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 11591.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWE8 |
#15: タンパク質 | ![]() 分子量: 10135.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HV58 |
#16: タンパク質 | ![]() 分子量: 9219.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HXP9 |
#17: タンパク質 | ![]() 分子量: 10106.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWE4 |
#18: タンパク質 | ![]() 分子量: 8892.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HUN0 |
#19: タンパク質 | ![]() 分子量: 10382.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HWD9 |
#20: タンパク質 | ![]() 分子量: 9942.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9HVM1 |
#21: タンパク質 | ![]() 分子量: 8508.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: Q9I5V8 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 x
#24: タンパク質 | 分子量: 91049.641 Da / 分子数: 1 / Fragment: N2 sub-domain of IF2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiation Factor 2 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: infB, PA4744 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZ12345678
-非ポリマー , 5種, 894分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | ChemComp-FME / | ![]() #60: 化合物 | ChemComp-GCP / | #61: 化合物 | #62: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 878576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73337 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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