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- PDB-7unr: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unr
タイトルPseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (composite structure I-A)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • P-site initiator tRNA
  • Translation initiation factor IF-2
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Initiation Factor 2 / 70S ribosome / cryo-EM / translation initiation / initiator tRNA / conformational changes
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / translational initiation / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...translation initiation factor activity / translational initiation / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : ...Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
N-FORMYLMETHIONINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 ...N-FORMYLMETHIONINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Translation initiation factor IF-2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
Bacteriophage sp. (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Basu, R.S. / Sherman, M.B. / Gagnon, M.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136936 米国
Robert A. Welch FoundationH-2032-20200401 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation
著者: Basu, R.S. / Sherman, M.B. / Gagnon, M.G.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: 16S Ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
v: P-site initiator tRNA
w: mRNA
x: Translation initiation factor IF-2
A: 23S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
L: 50S ribosomal protein L13
M: 50S ribosomal protein L14
N: 50S ribosomal protein L15
O: 50S ribosomal protein L16
P: 50S ribosomal protein L17
Q: 50S ribosomal protein L18
R: 50S ribosomal protein L19
S: 50S ribosomal protein L20
T: 50S ribosomal protein L21
U: 50S ribosomal protein L22
V: 50S ribosomal protein L23
W: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L25
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,314,784691
ポリマ－2,298,72057
非ポリマー16,063634
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 avwAB

#1: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 497973.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1839535652
#22: RNA鎖 P-site initiator tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiator Methionine tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBS-tRNAfMet / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 参照: GenBank: 732678099
#23: RNA鎖 mRNA


分子量: 7804.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) Bacteriophage sp. (ファージ)
#25: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 937132.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 110227054
#26: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38596.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1839535652

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27376.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: O82850
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 25887.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE1
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23318.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: O52759
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17650.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF2
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 16189.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HUM9
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17541.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD1
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14190.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE9
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14643.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVY3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11786.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD4
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13654.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF8
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13830.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD0
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13292.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF7
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11591.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE8
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10135.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HV58
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9219.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HXP9
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10106.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE4
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8892.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HUN0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10382.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD9
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9942.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVM1
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8508.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9I5V8

-
タンパク質 , 1種, 1分子 x

#24: タンパク質 Translation initiation factor IF-2


分子量: 91049.641 Da / 分子数: 1 / Fragment: N2 sub-domain of IF2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiation Factor 2
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: infB, PA4744 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q9HV55

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZ12345678

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29641.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22625.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD5
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21673.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD6
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20424.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE7
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19129.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15551.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HUN2
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 17657.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWC7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14925.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWC5
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16058.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVY2
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13435.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE5
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15204.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF4
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15434.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE2
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14533.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: O52761
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12687.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF1
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13055.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HXQ2
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13397.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9I0A2
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11678.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVL6
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 11935.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A1T1HVZ5
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10969.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWD7
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11494.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE6
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21994.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVC4
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9010.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HVL7
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9087.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HTN8
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7213.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWE3
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6489.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF3
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7934.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HUD0
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6807.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HZN4
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6060.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HTN9
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5226.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: P29436
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7387.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9I0A1
#57: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4447.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: Q9HWF6

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非ポリマー , 5種, 834分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#59: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#60: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2-GDP (composite structure I-A)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET28a
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.1.0粒子像選択
2EPU2.11.1画像取得
4cryoSPARC3.1.0CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
10cryoSPARC3.1.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.1.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1.0分類
13cryoSPARC3.1.0３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 878576
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21480 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16SPG

6spg

16SPG1PDBexperimental model
23JCJ

3jcj

13JCJ2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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