PDB-7umz: Cryo-EM structure of rabbit RyR1 in the presence of high Mg2+ and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7umz

タイトル

Cryo-EM structure of rabbit RyR1 in the presence of high Mg2+ and AMP-PCP in nanodisc

要素

Ryanodine receptor 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Ryanodine Receptor / RyR1 / Intracellular Calcium channel / Mg2+ / Inhibition / Excitation-Contraction coupling

機能・相同性

PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Nayak, A.R. / Samso, M.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 AR068431	米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 HL133182	米国
Other private	MDA 352845
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	HSSN261200800001E	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM116789	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM116790	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Interplay between Mg2+ and Ca2+ at multiple sites of the ryanodine receptor
著者: Nayak, A.R. / Rangubpit, W. / Will, A.H. / Hu, Y. / Castro-Hartmann, P. / Lobo, J.J. / Dryden, K. / Lamb, G.D. / Sompornpisut, P. / Samso, M.

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年3月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity_name_com / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length 解説: Polymer backbone linkage / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7umz.cif.gz	2.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7umz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7umz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7umz_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7umz_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7umz_validation.xml.gz	355.4 KB	表示
CIF形式データ	7umz_validation.cif.gz	562.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26610MC 22615C 7k0sC 7k0t C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ryanodine receptor 1

B: Ryanodine receptor 1

C: Ryanodine receptor 1

D: Ryanodine receptor 1

ヘテロ分子

2.18 MDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Negative staining

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Ryanodine receptor 1 分子量: 542887.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate 分子量: 760.076 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	Residues that could not be identified were recorded as UNK. The actual amino acid sequence is ...Residues that could not be identified were recorded as UNK. The actual amino acid sequence is identical to Uniprot P11716.

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Rabbit RyR1 with AMP-PCP and inhibiting Mg2+ / タイプ: COMPLEX 詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein, MSP1E3D1 and POPC. Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 2.26 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: New Zeland White / 細胞内の位置: Sarcoplasmic reticulum membrane / 器官: Skeletal Muscle / Organelle: Sarcoplasmic reticulum
緩衝液	pH: 7.4 詳細: 20 mM MOPS (pH=7.4), 635mM KCl, 2mM DTT, 11.6mM MgCl2, 1mM AMP-PCP
試料	濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein MSP1E3D1 and POPC at a 1:2:50 molar ratio.
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9140
電子光学装置	エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	3.2	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	3.2	CTF補正
7	Coot	0.9.5.8	モデルフィッティング
12	cryoSPARC	3.2	３次元再構成
19	PHENIX	1.20rc4-4425	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 525190

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167778 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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